第二代測(cè)序技術(shù)為生物學(xué)家提供了海量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),許多新的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中,應(yīng)用最為廣泛的是基于基因注釋的富集分析方法,而這一方法的局限性在于,它只是觀察基因集本身的功能,并沒有考慮基因之間的相互作用也會(huì)對(duì)生物表型造成影響,并且這種分析方法無法解釋實(shí)驗(yàn)中觀察到的新的生物表型。為此,我們探索了新的分析方法,通過衡量基因集之間的相互作用強(qiáng)弱來判斷兩個(gè)基因集是否具有功能上的關(guān)聯(lián),從而描述待分析基因集的功能。基因集功能關(guān)聯(lián)分析方法需要一個(gè)對(duì)生物完整相互作用組有足夠覆蓋度的功能相互作用網(wǎng)絡(luò)。在果蠅、線蟲、酵母中,通過實(shí)驗(yàn)得到的分子相互作用數(shù)量較多,足以覆蓋大部分的生命活動(dòng)。而在人類、擬南芥、水稻、小鼠等物種中,實(shí)驗(yàn)得到的分子相互作用數(shù)量較少,不足以覆蓋生命活動(dòng)的重要通路。為此,我們使用的是通過預(yù)測(cè)得到的分子相互作用網(wǎng)絡(luò),以其為依據(jù)來構(gòu)建基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具。為了獲得高質(zhì)量的預(yù)測(cè)分子相互作用網(wǎng)絡(luò),我們通過整合側(cè)面證據(jù)的方法,建立了具有一定覆蓋度的人類分子相互作用網(wǎng)絡(luò)。通過這種方式建立的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)具有很高的準(zhǔn)確性及特異性。以此為依據(jù),我們建立了人類分子相互作用在線資源數(shù)據(jù)庫,以供生物學(xué)家使...

【文章頁數(shù)】：110 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
致謝
摘要
Abstract
縮寫、術(shù)語表
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 分子相互作用
        1.2.1 通過實(shí)驗(yàn)獲得的分子相互作用
        1.2.2 通過預(yù)測(cè)得到的分子相互作用
    1.3 高通量測(cè)序技術(shù)
        1.3.1 高通量測(cè)序技術(shù)分類
        1.3.2 高通量技術(shù)應(yīng)用
        1.3.3 表達(dá)譜高通量數(shù)據(jù)分析方法
    1.4 生物學(xué)在線資源網(wǎng)站建立方法
        1.4.1 Java
        1.4.2 Java EE及JavaServr Faces
        1.4.3 JavaScript及AJAX
        1.4.4 ORACLE數(shù)據(jù)庫
        1.4.5 分布式計(jì)算
    1.5 課題目的
    1.6 研究策略
    1.7 論文結(jié)構(gòu)
第二章 人類預(yù)測(cè)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)的建立
    2.1 引言
    2.2 預(yù)測(cè)人類分子相互作用網(wǎng)絡(luò)建立流程概覽
    2.3 建立統(tǒng)一的分子標(biāo)識(shí)符
        2.3.1 使用數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站提供的在線工具或映射關(guān)系文件
        2.3.2 使用BioMart在線標(biāo)識(shí)符映射數(shù)據(jù)庫
        2.3.3 使用Blast工具進(jìn)行序列匹配及篩選
    2.4 建立訓(xùn)練例子集
        2.4.1 正例子集
        2.4.2 負(fù)例子集
    2.5 側(cè)面證據(jù)
        2.5.1 共表達(dá)
        2.5.2 結(jié)構(gòu)域相互作用
        2.5.3 功能注釋相關(guān)性
        2.5.4 共進(jìn)化
        2.5.5 同源相互作用
        2.5.6 側(cè)面證據(jù)的特征強(qiáng)度評(píng)估
    2.6 建立預(yù)測(cè)模型
    2.7 評(píng)估預(yù)測(cè)模型的質(zhì)量
    2.8 本章小結(jié)
第三章 基因集功能關(guān)聯(lián)分析
    3.1 引言
    3.2 基因集功能關(guān)聯(lián)分析
        3.2.1 基因集功能關(guān)聯(lián)分析理論
        3.2.2 基因集功能關(guān)聯(lián)分析公式
    3.3 Gene Ontology生物途徑網(wǎng)絡(luò)分析
    3.4 基因功能預(yù)測(cè)
    3.5 案例研究
    3.6 本章小結(jié)
第四章 人類分子相互作用在線資源的建立
    4.1 引言
    4.2 平臺(tái)架構(gòu)
    4.3 平臺(tái)界面及使用
        4.3.1 蛋白質(zhì)信息查詢及結(jié)果展示頁面
        4.3.2 分子相互作用查詢及結(jié)果展示頁面
        4.3.3 同源相互作用查詢及結(jié)果展示頁面
        4.3.4 序列比對(duì)查詢及結(jié)果展示頁面
        4.3.5 標(biāo)識(shí)符在線轉(zhuǎn)換工具
        4.3.6 生物途徑信息
        4.3.7 生物途徑功能關(guān)聯(lián)
        4.3.8 蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)
        4.3.9 基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具
        4.3.10 分子相互作用及生物途徑功能關(guān)聯(lián)用戶收藏夾
        4.3.11 分子相互作用數(shù)據(jù)文件下載
        4.3.12 其他信息
    4.4 本章小結(jié)
第五章 多物種的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具
    5.1 引言
    5.2 平臺(tái)架構(gòu)
    5.3 網(wǎng)站界面
    5.4 網(wǎng)站功能
        5.4.1 在線標(biāo)識(shí)符轉(zhuǎn)換工具
        5.4.2 多物種的基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具內(nèi)容介紹
    5.5 其他物種中基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具的應(yīng)用
        5.5.1 基因集功能關(guān)聯(lián)分析工具在酵母中的應(yīng)用
        5.5.2 microRNA功能預(yù)測(cè)
    5.6 本章小結(jié)
第六章 結(jié)論及展望
    6.1 結(jié)論
    6.2 展望
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3791446