青枯雷爾氏菌（Ralstonia solanacearum）是世界十大植物病原細(xì)菌之一,因其寄主種類多、分布范圍廣且具有豐富的遺傳多樣性而被認(rèn)為是一個(gè)多變的復(fù)合種。青枯雷爾氏菌種下具有豐富的多態(tài)性,包括表型多態(tài)性、寄生多態(tài)性、遺傳多態(tài)性等,其基因組內(nèi)部極大的變異可能性是其表現(xiàn)如此多態(tài)性的重要原因。煙草作為青枯雷爾氏菌的寄主之一,常受到青枯雷爾氏菌侵染危害。在我國(guó),煙草種植面積廣泛,跨越多個(gè)地理區(qū)域,其生長(zhǎng)的氣候、生態(tài)環(huán)境多種多樣。而發(fā)生青枯病的煙區(qū)也較多,近年來,由于環(huán)境、氣候、種植結(jié)構(gòu)調(diào)整等方面的原因,該病的危害范圍有逐漸向高緯度高海拔冷涼地區(qū)蔓延之勢(shì);并且,據(jù)報(bào)道在酸化區(qū)域該病害發(fā)生較為嚴(yán)重。但是,具體的非生物因子與菌株遺傳進(jìn)化及多態(tài)性的關(guān)系仍然不清楚,有待進(jìn)一步探索。同時(shí),菌株長(zhǎng)期在酸環(huán)境或冷涼環(huán)境中會(huì)表現(xiàn)怎樣的適應(yīng)性,其適應(yīng)性進(jìn)化過程會(huì)有怎樣的表型響應(yīng)及分子機(jī)制尚需進(jìn)行深入研究�；诖吮尘�,本學(xué)位研究論文首先在全國(guó)14個(gè)種植區(qū)選取代表野生型菌株分析了菌株種下遺傳多樣性及進(jìn)化情況,并以實(shí)驗(yàn)進(jìn)化（experimental evolution）結(jié)合基因組重測(cè)序的方法具體分析了青枯雷爾... 

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 青枯雷爾氏菌的多態(tài)性及與環(huán)境因子的關(guān)系
        1.1 青枯雷爾氏菌的多態(tài)性
        1.2 影響青枯雷爾氏菌生長(zhǎng)及多態(tài)性的環(huán)境因子
        1.3 目前青枯病的主要防控對(duì)策及其缺陷
    2 青枯雷爾氏菌的遺傳特性及進(jìn)化機(jī)制
        2.1 青枯雷爾氏菌的基因組及致病調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
        2.2 青枯雷爾氏菌的進(jìn)化機(jī)制
    3 進(jìn)化及適應(yīng)性的研究方法
        3.1 細(xì)菌自然群體的適應(yīng)性研究
        3.2 實(shí)驗(yàn)進(jìn)化—研究自然過程和分子功能的重要工具
        3.3 實(shí)驗(yàn)進(jìn)化在青枯雷爾氏菌中的應(yīng)用
    4 本研究的目的與意義
        4.1 研究的科學(xué)問題
        4.2 研究思路與總體框架
        4.3 技術(shù)路線
第二章 煙草青枯雷爾氏菌的遺傳多樣性及群體進(jìn)化分析
    第一節(jié) 煙草青枯雷爾氏菌遺傳多樣性分析
        1 材料與方法
            1.1 供試菌株
            1.2 供試試劑及儀器
            1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2 結(jié)果與分析
            2.1 菌株egl擴(kuò)增及序列變種分析
            2.2 序列變種與海拔區(qū)域的關(guān)系
            2.3 序列變種在不同植煙生態(tài)區(qū)的分布情況
        3 討論
        4 小結(jié)
    第二節(jié) 煙草青枯雷爾氏菌基因組遺傳進(jìn)化分析
        1 材料與方法
            1.1 供試菌株
            1.2 菌株的重測(cè)序數(shù)據(jù)分析
            1.3 測(cè)序菌株的基因組分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 基于SNP的進(jìn)化分析和群體結(jié)構(gòu)分析
            2.2 基于SNP的進(jìn)化分析與菌株序列變種的關(guān)系
            2.3 不同區(qū)域間菌株進(jìn)化關(guān)系分析
            2.4 全國(guó)煙草青枯雷爾氏菌基因組受到陽(yáng)性選擇的基因情況
        3 討論
        4 小結(jié)
第三章 酸與低溫脅迫下青枯雷爾氏菌的適應(yīng)性監(jiān)測(cè)及響應(yīng)特性評(píng)價(jià)
    第一節(jié) 青枯雷爾氏菌菌株的長(zhǎng)期繼代培養(yǎng)及適應(yīng)性監(jiān)測(cè)
        1 材料與方法
            1.1 供試菌株
            1.2 供試試劑及儀器
            1.3 長(zhǎng)期繼代培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
            1.4 長(zhǎng)期繼代培養(yǎng)過程菌株適應(yīng)性監(jiān)測(cè)方法
            1.5 數(shù)據(jù)分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 不同因子影響下原始青枯雷爾氏菌菌株的生長(zhǎng)情況
            2.2 酸環(huán)境下菌株長(zhǎng)期繼代培養(yǎng)過程中的適應(yīng)性監(jiān)測(cè)
            2.3 相對(duì)低溫環(huán)境下菌株長(zhǎng)期繼代培養(yǎng)過程中的適應(yīng)性監(jiān)測(cè)
        3 討論
        4 小結(jié)
    第二節(jié) 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株適應(yīng)脅迫后的響應(yīng)特性評(píng)價(jià)
        1 材料與方法
            1.1 供試菌株
            1.2 供試試劑及儀器
            1.3 菌株基礎(chǔ)特性評(píng)價(jià)方法
        2 結(jié)果與分析
            2.1 長(zhǎng)期酸脅迫后青枯雷爾氏菌菌株的基礎(chǔ)特性評(píng)價(jià)
            2.2 長(zhǎng)期低溫影響后青枯雷爾氏菌菌株的基礎(chǔ)特性評(píng)價(jià)
        3 討論
        4 小結(jié)
第四章 青枯雷爾氏菌響應(yīng)酸及溫度脅迫的分子機(jī)制研究
    第一節(jié) 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株響應(yīng)脅迫后的基因組重測(cè)序分析
        1 材料與方法
            1.1 供試菌株
            1.2 供試試劑及儀器
            1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2 結(jié)果與分析
            2.1 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株基因組重測(cè)序基本信息
            2.2 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株基因組變異檢測(cè)與分析
            2.3 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株變異基因篩選及注釋
            2.4 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株變異基因序列驗(yàn)證
        3 討論
        4 小結(jié)
    第二節(jié) 青枯雷爾氏菌響應(yīng)脅迫關(guān)鍵基因的功能驗(yàn)證
        1 材料與方法
            1.1 供試材料
            1.2 供試試劑及儀器
            1.3 實(shí)驗(yàn)方法
            1.4 數(shù)據(jù)分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 缺失信號(hào)肽蛋白基因(spp)對(duì)青枯雷爾氏菌的影響
            2.2 缺失pehR對(duì)青枯雷爾氏菌菌株的影響
        3 討論
        4 小結(jié)
第五章 青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株對(duì)不同逆境的響應(yīng)研究
    1 材料與方法
        1.1 供試菌株
        1.2 供試試劑及儀器
        1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        1.4 數(shù)據(jù)分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 酸適應(yīng)青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株的溫度適應(yīng)性評(píng)價(jià)
        2.2 溫度適應(yīng)青枯雷爾氏菌實(shí)驗(yàn)菌株的貧瘠營(yíng)養(yǎng)及酸適應(yīng)性評(píng)價(jià)
        2.3 青枯雷爾氏菌適應(yīng)脅迫后的藥劑敏感性評(píng)價(jià)
    3 討論
    4 小結(jié)
第六章 主要結(jié)果和結(jié)論、創(chuàng)新點(diǎn)及研究展望
    1 主要結(jié)果與結(jié)論
    2 創(chuàng)新點(diǎn)
    3 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附表1 供試青枯雷爾氏菌菌株相關(guān)基礎(chǔ)信息
    附表2 用于序列變種分析相關(guān)參考序列(egl)的菌株信息
    附表3 全國(guó)煙草青枯雷爾氏菌供試菌株基因組信息
    附表4 酸適應(yīng)實(shí)驗(yàn)菌株的變異注釋
    附表5 溫度響應(yīng)實(shí)驗(yàn)菌株的變異情況統(tǒng)計(jì)
致謝
在讀期間發(fā)表論文及參加科研項(xiàng)目情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物醫(yī)學(xué)的新概念——土壤免疫[J]. 丁偉,李石力.  植物醫(yī)生. 2019(02)
[2]植物醫(yī)學(xué)的新概念——生物屏障[J]. 丁偉,劉曉姣.  植物醫(yī)生. 2019(01)
[3]土壤酸化及其調(diào)控研究進(jìn)展[J]. 徐仁扣.  土壤. 2015(02)
[4]青枯菌三型分泌系統(tǒng)研究進(jìn)展[J]. 張勇,李牧原,羅鋒.  微生物學(xué)報(bào). 2015(06)
[5]湖北恩施地區(qū)煙草青枯菌的生理分化研究[J]. 劉海龍,黎妍妍,嚴(yán)亞琴,鄭露,李錫宏,黃俊斌.  中國(guó)煙草科學(xué). 2014(05)
[6]增施礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)對(duì)煙草青枯病的控病效果及其作用機(jī)理[J]. 鄭世燕,丁偉,杜根平,楊亮,劉曉姣,張永強(qiáng).  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(06)
[7]茄科作物青枯病研究進(jìn)展[J]. 喬俊卿,陳志誼,劉郵洲,劉永鋒,梁雪杰,張磊.  植物病理學(xué)報(bào). 2013(01)
[8]福建煙草青枯菌演化型及生化變種鑒定研究[J]. 徐進(jìn),顧鋼,潘哲超,吳畏,許景升,張昊,陳順輝,馮潔.  中國(guó)煙草學(xué)報(bào). 2010(06)
[9]基因組水平的插入和缺失變異研究進(jìn)展[J]. 張閣,黃原.  生命科學(xué). 2010(09)
[10]重慶地區(qū)煙草青枯病菌生理小種的初步鑒定[J]. 鄒陽(yáng),肖崇剛.  煙草科技. 2008(05)

博士論文
[1]有機(jī)酸類根系分泌物影響煙草青枯病發(fā)生的機(jī)制研究[D]. 李石力.西南大學(xué) 2017

碩士論文
[1]青枯雷爾氏菌致病因子的分子特性及其調(diào)控研究[D]. 劉穎.西南大學(xué) 2017
[2]溫濕度對(duì)煙草青枯病發(fā)生的影響及調(diào)控技術(shù)研究[D]. 劉憲臣.西南大學(xué) 2014



本文編號(hào)：3681424