復雜疾�。ò┌Y、房顫、糖尿病以及高血壓等）一般是指由多個基因變異及環(huán)境因素相互作用引起的疾病。迄今為止,許多復雜疾病的發(fā)病機理還不甚清楚。因此,識別復雜疾病相關的重要生物標志物和分子生物特征有助于理解疾病的發(fā)生與發(fā)展機理,能夠為疾病的診斷、治療和預后提供幫助。胃癌是一種發(fā)病率和死亡率較高的消化系統(tǒng)惡性腫瘤,而房顫是一種會增加心血管并發(fā)癥風險的常見心律失常。癌癥與房顫不僅存在共同的危險因素,如果兩種疾病共存,它們還會相互影響,并增加另一種疾病的風險。為此,本文基于微陣列表達譜數(shù)據(jù),采用生物信息學的方法與工具,先分別針對胃癌和房顫開展了相關的重要生物標志物和分子生物特征識別研究,然后比較了這兩種復雜疾病的分子生物特征,為理解胃癌與房顫在分子水平上的病理關系奠定理論與技術基礎。主要研究內容如下:（1）基于僅包含疾病樣本表達譜的胃癌分子亞型相關重要mRNA標志物和分子生物特征識別。采用三種胃癌亞型（侵入型、增殖型和代謝型）的mRNA表達譜數(shù)據(jù),首先分別構建三種亞型相關的全基因組共表達網(wǎng)絡;然后采用層次聚類將共表達網(wǎng)絡劃分為功能子網(wǎng)絡;接著從子網(wǎng)絡中提取亞型相關的關鍵mRNA集,并對每種亞型的關... 

【文章頁數(shù)】：116 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
主要縮略詞表
第一章 緒論
    1.1 研究工作的背景與意義
    1.2 國內外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 復雜疾病相關的重要生物標志物識別方法研究現(xiàn)狀
        1.2.2 胃癌相關生物標志物及分子生物特征研究現(xiàn)狀
        1.2.3 房顫相關生物標志物及分子生物特征研究現(xiàn)狀
    1.3 本文的主要研究內容與創(chuàng)新
    1.4 本論文的結構安排
第二章 相關背景知識與理論基礎
    2.1 胃癌與房顫的分類及兩種疾病的關系
        2.1.1 胃癌的分型
        2.1.2 房顫的分類
        2.1.3 胃癌與房顫的關系
    2.2 微陣列技術與轉錄表達譜
    2.3 相關統(tǒng)計分析技術
    2.4 相關生物信息學分析工具與數(shù)據(jù)庫
    2.5 本章小結
第三章 基于僅包含疾病樣本表達譜的胃癌分子亞型相關重要mRNA標志物和分子生物特征識別
    3.1 引言
    3.2 研究材料和方法
        3.2.1 胃癌分子亞型mRNA表達譜數(shù)據(jù)
        3.2.2 構建胃癌分子亞型相關的全基因組共表達網(wǎng)絡
        3.2.3 識別胃癌分子亞型相關的關鍵mRNA集
        3.2.4 基于關鍵mRNAs的胃癌分子亞型分子生物特征分析
        3.2.5 mRNA的差異表達分析
    3.3 結果與分析
        3.3.1 不同胃癌分子亞型的全基因組共表達網(wǎng)絡及網(wǎng)絡特征
        3.3.2 不同胃癌分子亞型相關的關鍵mRNA集比較
        3.3.3 胃癌分子亞型的分子生物特征與比較
    3.4 本章小結
第四章 結合lncRNA和 mRNA轉錄表達譜的瓣膜性心臟病伴房顫相關重要lncRNA標志物和分子生物特征識別
    4.1 引言
    4.2 研究材料和方法
        4.2.1 研究材料
        4.2.2 lncRNA和 mRNA微陣列表達譜的生成
        4.2.3 篩選差異表達lncRNAs和 mRNAs
        4.2.4 挖掘差異表達lncRNAs的亞類
        4.2.5 基于lncRNA和轉錄因子介導的調控識別lncRNA相關的三元體
        4.2.6 預測lncRNAs相關的mRNAs與藥物靶向關系
        4.2.7 基于差異表達mRNAs的疾病相關分子生物特征識別
    4.3 結果與分析
        4.3.1 被識別的差異表達lncRNAs和 mRNAs
        4.3.2 差異表達lncRNAs的亞類分析結果
        4.3.3 被識別的lncRNA相關三元體
        4.3.4 lncRNAs相關的mRNAs與藥物的靶向關系預測結果
        4.3.5 瓣膜性心臟病伴房顫相關的分子生物特征
    4.4 本章小結
第五章 基于mRNA轉錄表達譜的胃癌與房顫相關重要生物標志物和分子生物特征識別與比較
    5.1 引言
    5.2 研究材料和方法
        5.2.1 胃癌和房顫的mRNA轉錄表達譜數(shù)據(jù)
        5.2.2 篩選差異表達mRNAs
        5.2.3 基于構建的PPI網(wǎng)絡識別疾病相關的重要生物標志物
        5.2.4 基于差異表達mRNAs的疾病相關分子生物特征分析
        5.2.5 比較與分析胃癌和房顫的重要生物標志物與分子生物特征
    5.3 結果與分析
        5.3.1 被識別的疾病相關差異表達mRNAs
        5.3.2 基于PPI網(wǎng)絡識別的胃癌和房顫相關重要生物標志物
        5.3.3 胃癌和房顫相關的分子生物特征
        5.3.4 胃癌和房顫相關的重要生物標志物比較
        5.3.5 胃癌和房顫的分子生物特征比較
    5.4 本章小結
第六章 總結與展望
    6.1 總結
    6.2 后續(xù)工作展望
致謝
參考文獻
攻讀博士學位期間取得的成果
附表


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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[5]復雜疾病連鎖不平衡分析及誘變小鼠模型研究[D]. 唐煒.上海交通大學 2008

碩士論文
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本文編號：3681016