豬德爾塔冠狀病毒免疫應(yīng)答的初步評(píng)價(jià)及感染LLC-PK細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間：2021-07-20 22:56
豬德爾塔冠狀病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV）是一種新型的豬腸道冠狀病毒,可感染不同日齡豬,但新生仔豬更易感,感染后主要表現(xiàn)出嚴(yán)重腹瀉、嘔吐、脫水等臨床癥狀。2012年,在中國香港首次報(bào)道了PDCoV。然而,PDCoV疫情的爆發(fā)卻發(fā)生在2014年美國俄亥俄州。隨后,在美國養(yǎng)豬州迅速蔓延和傳播,造成新生仔豬3040%的死亡率。近年來,PDCoV已在多個(gè)國家豬場(chǎng)中流行,包括中國、加拿大、日本、韓國、泰國、墨西哥等國家。當(dāng)前,由于尚不清楚PDCoV傳播和致病機(jī)制,并且缺乏有效的疫苗和防控措施,給多個(gè)國家造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失,對(duì)養(yǎng)豬業(yè)仍然是一個(gè)嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)�；诖�,本研究對(duì)PDCoV開展以下幾方面的研究,以期為提高PDCoV快速診斷、闡明致病機(jī)制和疫苗的研發(fā)等奠定基礎(chǔ)。1.PDCoV LFD-RPA快速檢測(cè)方法的建立參照GenBank中已公布的PDCoV N基因保守序列（GenBank登入號(hào):KJ481931）設(shè)計(jì)特異性引物和探針,建立重組酶聚合酶擴(kuò)增結(jié)合側(cè)流層析試紙條（Recombinase polymerase amplificatio...
【文章來源】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：118 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
PDCoV基因組結(jié)構(gòu)示意圖[2,19]
甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆博士學(xué)位論文8結(jié)果顯示沒有呼吸道相關(guān)組織感染的跡象，因此發(fā)生氣溶膠傳播的機(jī)制可能是通過糞便-口腔途徑攝入氣溶膠病毒[82]。盡管糞便-口腔途徑是PDCoV傳播的主要方式，但其傳播能力取決于豬接種劑量和年齡[83]。與PEDV傳播相似，PDCoV感染豬腹瀉糞便和/或嘔吐物和其它受污染的食物或載體，如受污染的運(yùn)輸車輛、飼料和飼料箱可能是病毒的主要傳播源[84,85]。此外，另一個(gè)主要的傳播源是PDCoV攜帶者，如處于亞臨床癥狀的感染母豬和斷奶仔豬，它們通常沒有明顯的臨床癥狀，卻往往容易被忽略。因此，美國農(nóng)業(yè)部強(qiáng)調(diào)PDCoV疾病控制措施中包括劃定外部來源和農(nóng)場(chǎng)之間的隔離線，清潔和消毒谷倉和設(shè)備，確保替代動(dòng)物為陰性，加強(qiáng)人員以及運(yùn)輸車輛的生物安全程序。有研究表明，PDCoV可能是利用氨基肽酶（AminopeptidseN,APN）保守區(qū)域感染多種物種的細(xì)胞系，以促進(jìn)其在不同物種間傳播，包括豬、小牛和雞[46,86,87]�；赟和N基因序列分析，PDCoV與亞洲豹貓的CoVs基因最為相似。目前，還不清楚δ冠狀病毒是如何在小型哺乳動(dòng)物（如亞洲豹貓和中國雪貂獾）和家豬之間傳播的。Woo等[2]提出了以蝙蝠為α和β冠狀病毒基因來源宿主，鳥類是γ和δ冠狀病毒基因來源宿主的CoV進(jìn)化模型。由于PDCoV是一種潛在的人畜共患病原體，對(duì)其在人類中流行及其對(duì)人類疾病影響的研究仍在繼續(xù)[87]。當(dāng)然，對(duì)PDCoV有效的治療方法和疫苗的研發(fā)才是阻止其傳播和感染的關(guān)鍵手段。圖1-2PDCoV引進(jìn)和傳播途徑[80]Fig.1-2IntroductionandtransmissionofPDCoV
豬德爾塔冠狀病毒免疫應(yīng)答的初步評(píng)價(jià)及感染LLC-PK細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)分析21圖1-3基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)流程Fig.1-3Experimentalflowofproteomicsbasedonmassspectrometry5.2蛋白質(zhì)組學(xué)在冠狀病毒研究中的應(yīng)用近年來，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常作為檢測(cè)蛋白質(zhì)間的相互作用、蛋白質(zhì)差異表達(dá)譜、蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)和蛋白復(fù)雜調(diào)控機(jī)制的有效工具[118,119]。此外，隨著生物信息學(xué)和質(zhì)譜技術(shù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)中大規(guī)模數(shù)據(jù)處理的有效性和速度得到顯著的提高，這使得蛋白質(zhì)組學(xué)越來越廣泛應(yīng)用于病毒學(xué)的研究中，如PEDV、TGEV、SADS-CoV、流感病毒（influenzavirus）和口蹄疫病毒（footandmouthdiseasevirus）[120-124]。病毒感染可引起宿主細(xì)胞蛋白表達(dá)水平變化，從而影響宿主細(xì)胞的正常生理功能，并決定病毒的致病性。因此，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)為研究宿主與病毒之間的相互作用提供了一種有效的途徑，利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究病毒感染后蛋白差異表達(dá)譜有助于進(jìn)一步揭示病毒與宿主細(xì)胞的相互作用及其致病機(jī)制[125]。通常來說，冠狀病毒感染宿主細(xì)胞主要引起轉(zhuǎn)錄模式、細(xì)胞周期、細(xì)胞骨架、凋亡途徑、免疫系統(tǒng)和應(yīng)激反應(yīng)的改變，并可能引起炎癥反應(yīng)[126]。Chen等[127]分別從PEDV感染和未感染新生仔豬中分離出血清外泌體，進(jìn)而應(yīng)用Label-free結(jié)合LC-MS/MS定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)分析蛋白差異表達(dá)譜。與未感染血清外泌體相比，PEDV感染組外泌體血清中共鑒定出89個(gè)差異表達(dá)蛋白（Differentiallyexpressedproteins,DEPs），有10個(gè)補(bǔ)體蛋白存在于PEDV感染豬血清外泌體中，
本文編號(hào)：3293766
【文章來源】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：118 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
PDCoV基因組結(jié)構(gòu)示意圖[2,19]
甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆博士學(xué)位論文8結(jié)果顯示沒有呼吸道相關(guān)組織感染的跡象，因此發(fā)生氣溶膠傳播的機(jī)制可能是通過糞便-口腔途徑攝入氣溶膠病毒[82]。盡管糞便-口腔途徑是PDCoV傳播的主要方式，但其傳播能力取決于豬接種劑量和年齡[83]。與PEDV傳播相似，PDCoV感染豬腹瀉糞便和/或嘔吐物和其它受污染的食物或載體，如受污染的運(yùn)輸車輛、飼料和飼料箱可能是病毒的主要傳播源[84,85]。此外，另一個(gè)主要的傳播源是PDCoV攜帶者，如處于亞臨床癥狀的感染母豬和斷奶仔豬，它們通常沒有明顯的臨床癥狀，卻往往容易被忽略。因此，美國農(nóng)業(yè)部強(qiáng)調(diào)PDCoV疾病控制措施中包括劃定外部來源和農(nóng)場(chǎng)之間的隔離線，清潔和消毒谷倉和設(shè)備，確保替代動(dòng)物為陰性，加強(qiáng)人員以及運(yùn)輸車輛的生物安全程序。有研究表明，PDCoV可能是利用氨基肽酶（AminopeptidseN,APN）保守區(qū)域感染多種物種的細(xì)胞系，以促進(jìn)其在不同物種間傳播，包括豬、小牛和雞[46,86,87]�；赟和N基因序列分析，PDCoV與亞洲豹貓的CoVs基因最為相似。目前，還不清楚δ冠狀病毒是如何在小型哺乳動(dòng)物（如亞洲豹貓和中國雪貂獾）和家豬之間傳播的。Woo等[2]提出了以蝙蝠為α和β冠狀病毒基因來源宿主，鳥類是γ和δ冠狀病毒基因來源宿主的CoV進(jìn)化模型。由于PDCoV是一種潛在的人畜共患病原體，對(duì)其在人類中流行及其對(duì)人類疾病影響的研究仍在繼續(xù)[87]。當(dāng)然，對(duì)PDCoV有效的治療方法和疫苗的研發(fā)才是阻止其傳播和感染的關(guān)鍵手段。圖1-2PDCoV引進(jìn)和傳播途徑[80]Fig.1-2IntroductionandtransmissionofPDCoV
豬德爾塔冠狀病毒免疫應(yīng)答的初步評(píng)價(jià)及感染LLC-PK細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)分析21圖1-3基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)流程Fig.1-3Experimentalflowofproteomicsbasedonmassspectrometry5.2蛋白質(zhì)組學(xué)在冠狀病毒研究中的應(yīng)用近年來，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常作為檢測(cè)蛋白質(zhì)間的相互作用、蛋白質(zhì)差異表達(dá)譜、蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)和蛋白復(fù)雜調(diào)控機(jī)制的有效工具[118,119]。此外，隨著生物信息學(xué)和質(zhì)譜技術(shù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)中大規(guī)模數(shù)據(jù)處理的有效性和速度得到顯著的提高，這使得蛋白質(zhì)組學(xué)越來越廣泛應(yīng)用于病毒學(xué)的研究中，如PEDV、TGEV、SADS-CoV、流感病毒（influenzavirus）和口蹄疫病毒（footandmouthdiseasevirus）[120-124]。病毒感染可引起宿主細(xì)胞蛋白表達(dá)水平變化，從而影響宿主細(xì)胞的正常生理功能，并決定病毒的致病性。因此，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)為研究宿主與病毒之間的相互作用提供了一種有效的途徑，利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究病毒感染后蛋白差異表達(dá)譜有助于進(jìn)一步揭示病毒與宿主細(xì)胞的相互作用及其致病機(jī)制[125]。通常來說，冠狀病毒感染宿主細(xì)胞主要引起轉(zhuǎn)錄模式、細(xì)胞周期、細(xì)胞骨架、凋亡途徑、免疫系統(tǒng)和應(yīng)激反應(yīng)的改變，并可能引起炎癥反應(yīng)[126]。Chen等[127]分別從PEDV感染和未感染新生仔豬中分離出血清外泌體，進(jìn)而應(yīng)用Label-free結(jié)合LC-MS/MS定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)分析蛋白差異表達(dá)譜。與未感染血清外泌體相比，PEDV感染組外泌體血清中共鑒定出89個(gè)差異表達(dá)蛋白（Differentiallyexpressedproteins,DEPs），有10個(gè)補(bǔ)體蛋白存在于PEDV感染豬血清外泌體中，
本文編號(hào)：3293766
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