塞內(nèi)卡病毒qPCR、ddPCR方法的建立及標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的制備研究
發(fā)布時(shí)間:2021-06-16 06:30
塞內(nèi)卡病毒(Seneca Valley virus,SVV),在遺傳上與小RNA病毒科、心病毒屬病毒關(guān)系相近,臨床上能引起豬的鼻吻、蹄冠狀帶部位出現(xiàn)水皰樣病變,偶見腹瀉癥狀,病情急促,新生仔豬病死率高,我國(guó)現(xiàn)已出現(xiàn)多省份豬場(chǎng)感染SVV的病例,豬群感染SVV后表現(xiàn)的臨床癥狀與口蹄疫、豬水皰病、水泡性口炎、豬水泡疹等病毒感染后癥狀非常相似,在臨床癥狀上常常引起混淆。如果未能對(duì)以上幾種疫病及時(shí)作出準(zhǔn)確的鑒別診斷,將導(dǎo)致防控措施采取不當(dāng),養(yǎng)殖成本大大提高。在我國(guó),2016年首次分離到了SVV。國(guó)內(nèi)外對(duì)SVV感染的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)已經(jīng)開發(fā)了電子顯微鏡、免疫組化、RT-PCR等檢測(cè)方法。數(shù)字PCR(dPCR)技術(shù)作為建立在qPCR檢測(cè)方法的基礎(chǔ)上的核酸絕對(duì)定量的新技術(shù),與此前發(fā)展起來(lái)的qPCR核酸相對(duì)定量方法比較,其定量方法更加靈敏和準(zhǔn)確度更高,而且不需要建立標(biāo)準(zhǔn)曲線可直接判斷結(jié)果。核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是驗(yàn)證SVV檢測(cè)方法、檢測(cè)試劑是否科學(xué)、可靠的關(guān)鍵,也是實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制的重要手段,因此核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制可為精準(zhǔn)化疫病防控提供技術(shù)保障。國(guó)內(nèi)針對(duì)塞內(nèi)卡病毒檢測(cè)方法的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)十分匱乏,各級(jí)檢測(cè)機(jī)構(gòu)缺少核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。...
【文章來(lái)源】:甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁(yè)數(shù)】:102 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
FMDVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-1RT-PCRamplificationofFMDV
塞內(nèi)卡病毒qPCR、ddPCR方法的建立及標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的制備研究13圖2-1FMDVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-1RT-PCRamplificationofFMDV注:M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.FMDV擴(kuò)增條帶Note:M.proteinrelativemolecularmassstandard;1.FMDVamplificationband圖2-2SVVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-2RT-PCRamplificationofSVV注:M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.SVV擴(kuò)增條帶Note:M.proteinrelativemolecularmassstandard;1.SVVamplificationband2.2FMDV/SVV二重qPCR反應(yīng)條件的優(yōu)化優(yōu)化的25μLPCR反應(yīng)體系中,F(xiàn)MDV/SVVP1/P2、P3/P4終濃度各0.4μmol/L,Probe-P5終濃度為0.6μmol/L,Probe-P6終濃度為0.7μmol/L,2.5mmol/LdNTPs2μL,10×ExTaq酶緩沖液2.5μL,5U/μLExTaqDNA酶0.25μL,1.0×105拷貝/μL的cDNA模板各2μL,補(bǔ)足去離子水至終體積25μL。優(yōu)化的PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃,5min;94℃15s,60℃30s,40個(gè)循環(huán)。結(jié)果判定:陰性對(duì)照的檢測(cè)結(jié)果應(yīng)無(wú)特定的擴(kuò)增曲線,且Ct值>33.0或無(wú),陽(yáng)性對(duì)照的Ct值應(yīng)≤30.0,且出現(xiàn)特定的擴(kuò)增曲線,判定檢測(cè)結(jié)果成立。在檢測(cè)結(jié)果成立的前提下,若樣品檢測(cè)結(jié)果Ct值≤30.0,而且出現(xiàn)特定的擴(kuò)增曲線,判定為陽(yáng)性;Ct值>33.0或無(wú),并且無(wú)特定的擴(kuò)增曲線,則判定為陰性;30.0<Ct值≤33.0且有特定擴(kuò)增曲線的樣品判定為可疑,擴(kuò)增曲線如圖所示。
甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)2015屆獸醫(yī)博士學(xué)位論文14圖2-3FMDV/SVV二重qPCR的擴(kuò)增曲線Fig.2-3ThekineticcurvefordoubleqPCRofFMDV-T/FMDV-A注:1.FMDV陽(yáng)性對(duì)照;2.SVV陽(yáng)性對(duì)照;3,陰性對(duì)照Note:1.FMDpositivecontrol;2.FMD/Apositivecontrol;3-4.Negativecontro2.3敏感性試驗(yàn)二重qPCR檢測(cè)FMDV和SVV最低檢出限均為1.0×101拷貝/μL,101~106拷貝/μL模板范圍內(nèi)的擴(kuò)增曲線有很好的線性關(guān)系,如圖所示。圖2-4FMDV敏感性試驗(yàn)結(jié)果Fig.2-4SensitivitytestforFMDVqPCR注:1~7.1.0×106~1.0拷貝/μL的FMDVcDNA;8.陰性對(duì)照Note:1~7.ReprecentsFMDVcDNAwas1.0×106-1.0copies/μLrespectively;8.Negativecontrol
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豫北塞尼卡谷病毒VP1基因的擴(kuò)增和序列分析[J]. 周玲玲,林正丹,時(shí)志琪,馬園園,張慢. 今日畜牧獸醫(yī). 2019(10)
[2]非洲豬瘟病毒國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,楊林,辛盛鵬,宋曉暉,董浩,劉洋,韓燾,高旭年,李爾華,鐘鳳然,陳亞娜,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2019(09)
[3]非洲豬瘟病毒微滴數(shù)字PCR檢測(cè)方法的建立[J]. 原霖,董浩,倪建強(qiáng),劉洋,陳亞娜,楊林,宋曉暉,王傳彬. 畜牧與獸醫(yī). 2019(07)
[4]高致病性豬繁殖與呼吸綜合征病毒國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,李爾華,董浩,陳亞娜,鞠厚斌,張紅麗,王林,宋曉暉,楊林,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[5]塞內(nèi)卡病毒熒光定量RT-PCR檢測(cè)方法的建立及初步應(yīng)用[J]. 王淑娟,王東方,趙月龍,謝彩華,趙雪麗,馬震原,王華俊,楊朋霞,閆若潛. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[6]豬繁殖與呼吸綜合征病毒歐洲株國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,鐘鳳然,董浩,陳亞娜,孫圣福,柴方紅,宋曉暉,翟新驗(yàn),楊林,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(04)
[7]健康豬體內(nèi)塞尼卡病毒的分離和鑒定[J]. 張志,張麗麗,張美晶,劉爽,張峰,董雅琴,張慧,崔進(jìn),吳發(fā)興,李曉成. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(04)
[8]一種塞內(nèi)卡病毒實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)方法的建立[J]. 王秀明,陳君彥,魏學(xué)峰,劉國(guó)英,關(guān)平原,范秀麗,張貴剛,武瑾賢,王艷杰,劉建奇. 畜牧獸醫(yī)科學(xué)(電子版). 2019(04)
[9]豬繁殖與呼吸綜合征病毒美洲經(jīng)典株國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,高旭年,董浩,陳亞娜,閆若潛,蘭德松,宋曉暉,吳佳俊,楊林,王傳彬. 畜牧與獸醫(yī). 2018(11)
[10]豬圓環(huán)病毒1型微滴數(shù)字PCR定量檢測(cè)方法的建立[J]. 原霖,訾占超,亢文華,李曉霞,汪葆玥,王靜,韓燾,陳亞娜,倪建強(qiáng),翟新驗(yàn). 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(11)
本文編號(hào):3232562
【文章來(lái)源】:甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)甘肅省
【文章頁(yè)數(shù)】:102 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
FMDVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-1RT-PCRamplificationofFMDV
塞內(nèi)卡病毒qPCR、ddPCR方法的建立及標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的制備研究13圖2-1FMDVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-1RT-PCRamplificationofFMDV注:M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.FMDV擴(kuò)增條帶Note:M.proteinrelativemolecularmassstandard;1.FMDVamplificationband圖2-2SVVRT-PCR擴(kuò)增Fig.2-2RT-PCRamplificationofSVV注:M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.SVV擴(kuò)增條帶Note:M.proteinrelativemolecularmassstandard;1.SVVamplificationband2.2FMDV/SVV二重qPCR反應(yīng)條件的優(yōu)化優(yōu)化的25μLPCR反應(yīng)體系中,F(xiàn)MDV/SVVP1/P2、P3/P4終濃度各0.4μmol/L,Probe-P5終濃度為0.6μmol/L,Probe-P6終濃度為0.7μmol/L,2.5mmol/LdNTPs2μL,10×ExTaq酶緩沖液2.5μL,5U/μLExTaqDNA酶0.25μL,1.0×105拷貝/μL的cDNA模板各2μL,補(bǔ)足去離子水至終體積25μL。優(yōu)化的PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃,5min;94℃15s,60℃30s,40個(gè)循環(huán)。結(jié)果判定:陰性對(duì)照的檢測(cè)結(jié)果應(yīng)無(wú)特定的擴(kuò)增曲線,且Ct值>33.0或無(wú),陽(yáng)性對(duì)照的Ct值應(yīng)≤30.0,且出現(xiàn)特定的擴(kuò)增曲線,判定檢測(cè)結(jié)果成立。在檢測(cè)結(jié)果成立的前提下,若樣品檢測(cè)結(jié)果Ct值≤30.0,而且出現(xiàn)特定的擴(kuò)增曲線,判定為陽(yáng)性;Ct值>33.0或無(wú),并且無(wú)特定的擴(kuò)增曲線,則判定為陰性;30.0<Ct值≤33.0且有特定擴(kuò)增曲線的樣品判定為可疑,擴(kuò)增曲線如圖所示。
甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)2015屆獸醫(yī)博士學(xué)位論文14圖2-3FMDV/SVV二重qPCR的擴(kuò)增曲線Fig.2-3ThekineticcurvefordoubleqPCRofFMDV-T/FMDV-A注:1.FMDV陽(yáng)性對(duì)照;2.SVV陽(yáng)性對(duì)照;3,陰性對(duì)照Note:1.FMDpositivecontrol;2.FMD/Apositivecontrol;3-4.Negativecontro2.3敏感性試驗(yàn)二重qPCR檢測(cè)FMDV和SVV最低檢出限均為1.0×101拷貝/μL,101~106拷貝/μL模板范圍內(nèi)的擴(kuò)增曲線有很好的線性關(guān)系,如圖所示。圖2-4FMDV敏感性試驗(yàn)結(jié)果Fig.2-4SensitivitytestforFMDVqPCR注:1~7.1.0×106~1.0拷貝/μL的FMDVcDNA;8.陰性對(duì)照Note:1~7.ReprecentsFMDVcDNAwas1.0×106-1.0copies/μLrespectively;8.Negativecontrol
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豫北塞尼卡谷病毒VP1基因的擴(kuò)增和序列分析[J]. 周玲玲,林正丹,時(shí)志琪,馬園園,張慢. 今日畜牧獸醫(yī). 2019(10)
[2]非洲豬瘟病毒國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,楊林,辛盛鵬,宋曉暉,董浩,劉洋,韓燾,高旭年,李爾華,鐘鳳然,陳亞娜,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2019(09)
[3]非洲豬瘟病毒微滴數(shù)字PCR檢測(cè)方法的建立[J]. 原霖,董浩,倪建強(qiáng),劉洋,陳亞娜,楊林,宋曉暉,王傳彬. 畜牧與獸醫(yī). 2019(07)
[4]高致病性豬繁殖與呼吸綜合征病毒國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,李爾華,董浩,陳亞娜,鞠厚斌,張紅麗,王林,宋曉暉,楊林,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[5]塞內(nèi)卡病毒熒光定量RT-PCR檢測(cè)方法的建立及初步應(yīng)用[J]. 王淑娟,王東方,趙月龍,謝彩華,趙雪麗,馬震原,王華俊,楊朋霞,閆若潛. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(05)
[6]豬繁殖與呼吸綜合征病毒歐洲株國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,鐘鳳然,董浩,陳亞娜,孫圣福,柴方紅,宋曉暉,翟新驗(yàn),楊林,王傳彬. 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(04)
[7]健康豬體內(nèi)塞尼卡病毒的分離和鑒定[J]. 張志,張麗麗,張美晶,劉爽,張峰,董雅琴,張慧,崔進(jìn),吳發(fā)興,李曉成. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(04)
[8]一種塞內(nèi)卡病毒實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)方法的建立[J]. 王秀明,陳君彥,魏學(xué)峰,劉國(guó)英,關(guān)平原,范秀麗,張貴剛,武瑾賢,王艷杰,劉建奇. 畜牧獸醫(yī)科學(xué)(電子版). 2019(04)
[9]豬繁殖與呼吸綜合征病毒美洲經(jīng)典株國(guó)家核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制[J]. 原霖,高旭年,董浩,陳亞娜,閆若潛,蘭德松,宋曉暉,吳佳俊,楊林,王傳彬. 畜牧與獸醫(yī). 2018(11)
[10]豬圓環(huán)病毒1型微滴數(shù)字PCR定量檢測(cè)方法的建立[J]. 原霖,訾占超,亢文華,李曉霞,汪葆玥,王靜,韓燾,陳亞娜,倪建強(qiáng),翟新驗(yàn). 中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(11)
本文編號(hào):3232562
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