本文關鍵詞：改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組表達分析研究

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【摘要】：基于高通量測序的RNA-Seq(RNA-sequencing)是用于轉(zhuǎn)錄組研究的一種新技術,針對該技術在轉(zhuǎn)錄組表達分析研究中存在的讀段多源映射和讀段非均勻分布等難點,提出一個改進的轉(zhuǎn)錄組表達研究方法 LDASeqII(Improvement of latent Dirichlet allocation for sequencing data)。模型利用剪接異構(gòu)體結(jié)構(gòu)信息對參數(shù)進行約束并進行外顯子讀段數(shù)目歸一化處理,解決了讀段非均勻分布下的多源映射問題。通過引入"偽外顯子"和"偽轉(zhuǎn)錄本"分別處理接合區(qū)讀段和噪聲讀段。將模型應用到真實數(shù)據(jù)集上,并與原LDASeq(Latent Dirichlet allocation for sequencing data)模型和目前流行的Cufflinks與RSEM(RNA-Seq by expectation maximization)方法進行對比。結(jié)果顯示,改進方法獲得了更為準確的轉(zhuǎn)錄本及基因表達水平計算結(jié)果。
【作者單位】： 南京航空航天大學計算機科學與技術學院;
【關鍵詞】： 基因表達 RNA-Seq 轉(zhuǎn)錄組表達 多源映射 非均勻性
【基金】：國家自然科學基金(61170152)資助項目 中央高校基本科研業(yè)務費專項(CXZZ11_0217)資助項目
【分類號】：Q78
【正文快照】： 引言RNA-Seq(RNA sequencing)是基于高通量測序技術對轉(zhuǎn)錄組進行研究的一種新方法,具有信噪比高、分辨率高和所需樣本少等優(yōu)勢,可以用來檢測和量化任何物種的轉(zhuǎn)錄片段[1-2],近年來在轉(zhuǎn)錄組研究中得到大量應用。RNA-Seq數(shù)據(jù)處理過程主要分為3個方面:(1)將讀段映射到參考基因組

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