海洋微生物具有生物量大,豐富多樣,遺傳信息復(fù)雜等特點,在全球生物地球化學(xué)過程中起著至關(guān)重要的作用。海洋微生物群落的研究對于我們理解微生物的生物量、多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能等方面至關(guān)重要。在西北太平洋海域,有關(guān)微生物宏基因組的研究還只有零星開展。本論文采用宏基因組測序法對西北太平洋開闊海域不同水團的表層浮游微生物群落結(jié)構(gòu)進行了分析,并引用已發(fā)表的16S rRNA數(shù)據(jù)探討不同季節(jié)浮游微生物的地理分布。對夏季西北太平洋表層浮游微生物群落宏基因組學(xué)進行研究,一共獲得743531條組裝序列(contigs),涉及44個門類,6000多種微生物,而春季的表層浮游微生物群落涉及22個門類。并發(fā)現(xiàn)藍細菌(Cyanobacteria),變形菌(Proteobacteria),擬桿菌(Bacteroidetes)和放線菌(Actinobacteria)是西北太平洋表層微生物群落的主要類群,占群落組成的95%以上。此外,春季時,不同水團間群落結(jié)構(gòu)存在明顯的差異,原綠球藻(Prochlorococcus)和假交替單胞菌(Pseudoalteromonas)主要分布于寡營養(yǎng)鹽的副熱帶逆流區(qū),黃桿菌(Flavobac...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１．１第一代測序技術(shù)原理圖（來源??ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｖｃｅ．ｂｉｏｎｉｎｊａ．ｃｏｍ．ａｕ／ａｏｓ－３－ｈｅｒｅｄｉｔｙ／ｍｏｌｅｃｕｌａｒ－ｂｉｏｌｏｇｙ－ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ／ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ｈｔｍｌ）

?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???同環(huán)境的海洋生態(tài)系統(tǒng)正經(jīng)歷著不同的變化，這對未來海洋環(huán)境的監(jiān)測和氣候的預(yù)測??有著重要作用。??１．１宏基因組學(xué)技術(shù)及其應(yīng)用??１丄１?ＤＮＡ測序技術(shù)??１．第一代測序技術(shù)??以Ｓａｎｇｅｒ法為代表的測序方法稱為第一代測序技術(shù)，同時也叫鏈終止法（ｃｈａ....

圖１．１．４納米孔測序原理圖（圖ａ來源百度百科，圖ｂ來源于牛津納米孔公司官網(wǎng)??ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｌａｂｉｏｔｅｃｈ．ｅｕ／ｍｅｄｉｃａｌ／ｏｘｆｏｒｄ－ｎａｎｏｐｏｒｅ－ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ－ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ／）

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圖２．１西北太平洋研宄海域內(nèi)的流系及采樣站位

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圖２．２宏基因組數(shù)據(jù)分析流程??Ｆｉｇｕｒｅ?２．２?Ｆｌｏｗ?ｏｆ?ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃ?ｄａｔａ?ａｎａｌｙｓｉｓ．??表２．２．２宏基因組原始數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果??

?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???８．?Ｂｉｎｓ重組?Ｒｅａｓｓｅｍｂｌｅｄ?物種注釋??原始數(shù)據(jù)?裝?—Ｂｉｎｓ?信息??１?＾?ｔ?Ｉ??１．＿質(zhì)控?？質(zhì)控信息?ＲｅｆｉｎｅｄＢｉｎｓ?９．?Ｂｉｎｓ去重?功冗釋??＇?信息??注釋信息??｜?ＮＳ＇Ｓ＼??質(zhì)控數(shù)據(jù)?、Ｉｆ?齡—功....

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