內(nèi)蒙古長蝽總科Lygaeoidea昆蟲(昆蟲綱:半翅目:異翅亞目)DNA條形碼研究
發(fā)布時(shí)間:2024-01-21 14:52
長蝽總科Lygaeoidea,隸屬于昆蟲綱Insecta半翅目Hemiptera異翅亞目Heteroptera蝽次目Pentatomorpha。廣泛分布于內(nèi)蒙古各地,其中大多數(shù)種類為經(jīng)濟(jì)害蟲,可對農(nóng)田、草原和森林構(gòu)成較大威脅。多數(shù)種類體色暗、體型微小,形態(tài)學(xué)特征相似,物種鑒定有一定難度,分類關(guān)系存在爭議。本研究首次利用DNA條形碼對內(nèi)蒙古長蝽總科昆蟲進(jìn)行分類研究,擴(kuò)增長蝽總科COI基因序列96條并從GeneBank數(shù)據(jù)庫中下載31條,共127條序列,隸屬于6科27屬39種,分析了長蝽總科COI基因序列的特征,探究了COI基因作為DNA條形碼在長蝽總科昆蟲物種鑒定中的適用性,采用鄰接法(NJ)、最大簡約法(MP)、貝葉斯推論法(BI)討論長蝽總科系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,并對谷子小長蝽Nysius ericae6個(gè)不同地理種群之間的遺傳關(guān)系進(jìn)行分析。主要研究結(jié)果如下:通過GeneBank數(shù)據(jù)庫和BOLD數(shù)據(jù)庫相似度比對,并與形態(tài)學(xué)鑒定相結(jié)合,發(fā)現(xiàn)Lamproplax picea為中國新紀(jì)錄種,大鹽長蝽Henestaris halophilus為內(nèi)蒙古新紀(jì)錄種,Emblethis vicarius和E...
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
一、引言
1.1 長蝽總科昆蟲研究概況
1.1.1 長蝽總科昆蟲研究進(jìn)展
1.1.2 長蝽總科昆蟲的分類系統(tǒng)
1.1.3 長蝽總科昆蟲的經(jīng)濟(jì)意義
1.2 DNA條形碼概述
1.2.1 DNA條形碼技術(shù)的提出
1.2.2 DNA條形碼的發(fā)展
1.2.3 DNA條形碼原理和技術(shù)流程
1.2.4 DNA條形碼技術(shù)的優(yōu)勢
1.2.5 DNA條形碼的應(yīng)用
1.2.6 DNA條形碼在昆蟲中的應(yīng)用研究現(xiàn)狀
1.3 研究的目的與意義
二、材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 標(biāo)本來源
2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 標(biāo)本的采集與鑒定
2.2.2 DNA的提取
2.2.3 凝膠電泳檢測DNA
2.2.4 COI基因PCR擴(kuò)增
2.2.5 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測及測序
2.2.6 數(shù)據(jù)處理
三、結(jié)果與分析
3.1 形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果
3.2 總DNA提取結(jié)果
3.3 PCR擴(kuò)增及測序結(jié)果
3.4 序列比對與物種確定
3.5 序列收集
3.6 序列特征分析
3.6.1 堿基組成
3.6.2 堿基替換分析
3.6.3 密碼子使用頻率與氨基酸組成分析
3.7 DNA條形碼物種鑒定分析
3.7.1 遺傳距離及NJ樹分析
3.7.2 Taxon DNA分析
3.7.3 jMOTU分析
3.7.4 ABGD分析
3.7.5 PTP分析
3.8 長蝽總科昆蟲系統(tǒng)發(fā)育分析
3.8.1 發(fā)育信號檢測
3.8.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
3.9 谷子小長蝽Nysius ericae不同地理種群的遺傳分析
四、結(jié)論
五、討論
5.1 DNA條形碼在物種劃分上有效性
5.2 DNA條形碼與傳統(tǒng)分類方法結(jié)合鑒定物種
5.3 基于COI序列的系統(tǒng)發(fā)育
5.4 谷子小長蝽Nysius ericae的遺傳多樣性
參考文獻(xiàn)
附錄
附錄1 部分COI基因序列
附錄2 GeneBank下載序列信息
附錄3 長蝽總科氨基酸組成表
附錄4 Cluster結(jié)果
附錄5 jMOTU分子種劃分結(jié)果
附錄6 ABGD鑒定結(jié)果
附錄7 PTP鑒定結(jié)果
致謝
本文編號:3882197
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
一、引言
1.1 長蝽總科昆蟲研究概況
1.1.1 長蝽總科昆蟲研究進(jìn)展
1.1.2 長蝽總科昆蟲的分類系統(tǒng)
1.1.3 長蝽總科昆蟲的經(jīng)濟(jì)意義
1.2 DNA條形碼概述
1.2.1 DNA條形碼技術(shù)的提出
1.2.2 DNA條形碼的發(fā)展
1.2.3 DNA條形碼原理和技術(shù)流程
1.2.4 DNA條形碼技術(shù)的優(yōu)勢
1.2.5 DNA條形碼的應(yīng)用
1.2.6 DNA條形碼在昆蟲中的應(yīng)用研究現(xiàn)狀
1.3 研究的目的與意義
二、材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 標(biāo)本來源
2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 標(biāo)本的采集與鑒定
2.2.2 DNA的提取
2.2.3 凝膠電泳檢測DNA
2.2.4 COI基因PCR擴(kuò)增
2.2.5 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測及測序
2.2.6 數(shù)據(jù)處理
三、結(jié)果與分析
3.1 形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果
3.2 總DNA提取結(jié)果
3.3 PCR擴(kuò)增及測序結(jié)果
3.4 序列比對與物種確定
3.5 序列收集
3.6 序列特征分析
3.6.1 堿基組成
3.6.2 堿基替換分析
3.6.3 密碼子使用頻率與氨基酸組成分析
3.7 DNA條形碼物種鑒定分析
3.7.1 遺傳距離及NJ樹分析
3.7.2 Taxon DNA分析
3.7.3 jMOTU分析
3.7.4 ABGD分析
3.7.5 PTP分析
3.8 長蝽總科昆蟲系統(tǒng)發(fā)育分析
3.8.1 發(fā)育信號檢測
3.8.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
3.9 谷子小長蝽Nysius ericae不同地理種群的遺傳分析
四、結(jié)論
五、討論
5.1 DNA條形碼在物種劃分上有效性
5.2 DNA條形碼與傳統(tǒng)分類方法結(jié)合鑒定物種
5.3 基于COI序列的系統(tǒng)發(fā)育
5.4 谷子小長蝽Nysius ericae的遺傳多樣性
參考文獻(xiàn)
附錄
附錄1 部分COI基因序列
附錄2 GeneBank下載序列信息
附錄3 長蝽總科氨基酸組成表
附錄4 Cluster結(jié)果
附錄5 jMOTU分子種劃分結(jié)果
附錄6 ABGD鑒定結(jié)果
附錄7 PTP鑒定結(jié)果
致謝
本文編號:3882197
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