哺乳動(dòng)物中,Ⅱ型干擾素（Type II Interferon）是機(jī)體免疫細(xì)胞受到干擾素誘生劑刺激后所產(chǎn)生的一類糖蛋白,在抵抗胞內(nèi)細(xì)菌感染和病毒的過程中發(fā)揮著重要的作用。目前自然界中共發(fā)現(xiàn)兩種Ⅱ型干擾素——IFN-γ和IFN-γrel,其中IFN-γrel為魚類所特有。魚類IFN-γ與低等脊椎動(dòng)物IFN-γ的同源性較高,對(duì)其進(jìn)化歷史的研究較為完整。然而,關(guān)于IFN-γrel的起源、在魚類進(jìn)化過程中的地位和分歧變化、與受體之間的協(xié)同進(jìn)化關(guān)系、與IFN-γ進(jìn)化歷史的分析比較等問題尚未弄清。因此,本論文將圍繞上述問題全面探討魚類Ⅱ型干擾素及其受體的進(jìn)化。首先,本文通過對(duì)魚類現(xiàn)有的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行全面的分析考察,補(bǔ)充并完善了硬骨魚綱中的Ⅱ型干擾素及其受體的基因信息。如在亞洲龍魚（Scleropages formosus）基因組中發(fā)現(xiàn)了IFN-γrel,這是首次在最原始的真骨魚（teleostei）中找到IFN-γrel基因存在的證據(jù)。其次,本文使用最大似然法和貝葉斯法對(duì)進(jìn)化節(jié)點(diǎn)魚類Ⅱ型干擾素及其受體進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生重建,結(jié)果表明IFN-γrel的進(jìn)化歷史在真骨魚進(jìn)化早期和晚期有著顯著的不同,與IFN-... 

【文章頁數(shù)】：149 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 研究工作背景和研究進(jìn)展
        1.1.1 魚類進(jìn)化和基因復(fù)制研究
        1.1.2 Ⅱ型干擾素及其受體的結(jié)構(gòu)和功能
    1.2 本論文相關(guān)研究方法簡介
        1.2.1 分子系統(tǒng)發(fā)生學(xué)概述
        1.2.2 協(xié)同系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系研究概述
        1.2.3 選擇壓力分析研究概述
    1.3 本文研究內(nèi)容與意義
第二章 魚類Ⅱ型干擾素及其受體的序列分析
    2.1 實(shí)驗(yàn)方法與技術(shù)
        2.1.1 魚類Ⅱ型干擾素及其受體序列的獲取
        2.1.2 魚類Ⅱ型干擾素及其受體序列的預(yù)測
        2.1.3 魚類進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種的選取
    2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.2.1 魚類Ⅱ型干擾素及其受體基因序列信息的分析
        2.2.2 魚類Ⅱ型干擾素及其受體基因座的分析
        2.2.3 魚類Ⅱ型干擾素及其受體基因結(jié)構(gòu)的分析
    2.3 分析與討論
第三章 魚類Ⅱ型干擾素及其受體的系統(tǒng)發(fā)生分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)
        3.1.1 多序列比對(duì)算法的選擇與設(shè)置
        3.1.2 多序列比對(duì)結(jié)果保守區(qū)域的選擇
        3.1.3 系統(tǒng)發(fā)生重建軟件的選擇與設(shè)置
    3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.2.1 魚類Ⅱ型干擾素及其受體氨基酸多序列比對(duì)結(jié)果
        3.2.2 基于貝葉斯信息標(biāo)準(zhǔn)法(BIC)的進(jìn)化模型擬合度測量結(jié)果分析
        3.2.3 魚類Ⅱ型干擾素及其受體的系統(tǒng)發(fā)生重建
    3.3 分析與討論
第四章 魚類Ⅱ型干擾素及其受體協(xié)同系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系的研究
    4.1 實(shí)驗(yàn)方法與技術(shù)
        4.1.1 整體擬合法協(xié)同發(fā)生參數(shù)設(shè)置
        4.1.2 基于事件法協(xié)同發(fā)生參數(shù)設(shè)置
    4.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.2.1 整體擬合法協(xié)同系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系分析
        4.2.2 基于事件法協(xié)同系統(tǒng)發(fā)生分析
    4.3 分析與討論
第五章 魚類Ⅱ型干擾素的選擇壓力分析
    5.1 實(shí)驗(yàn)方法與技術(shù)
        5.1.1 選擇壓力分析模型的選擇
        5.1.2 核苷酸序列替換飽和度分析
        5.1.3 基于蛋白編碼序列的系統(tǒng)發(fā)生重建
    5.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        5.2.1 魚類Ⅱ型干擾素多序列比對(duì)結(jié)果與替換飽和度檢測
        5.2.2 魚類Ⅱ型干擾素編碼序列的系統(tǒng)發(fā)生重建
        5.2.3 IFNγ與 IFNγrel的氨基酸選擇壓力分析
    5.3 分析與討論
第六章 全文總結(jié)與展望
    6.1 全文總結(jié)
    6.2 后續(xù)工作展望
致謝
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間取得的成果
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[4]基于距離矩陣的進(jìn)化樹構(gòu)建方法研究[D]. 朱雯.湖南大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3662901