非編碼RNA指能轉(zhuǎn)錄但不編碼蛋白質(zhì)的RNA,包括miRNA、lncRNA、核酶、核糖開關等,其中很多是結構性非編碼RNA。它們通常承擔著生物體中重要的基因調(diào)節(jié)功能,且與生物體疾病發(fā)生與進展緊密相關。目前發(fā)現(xiàn)結構性非編碼RNA的手段主要分為兩大類:實驗方法和生物信息學方法。利用實驗方法發(fā)現(xiàn)ncRNA通常是針對已經(jīng)了解比較清楚的ncRNA進行功能性的驗證。隨著諸多基因組的測序工作相繼完成,相應各類數(shù)據(jù)庫的建立和不斷豐富完善,使得大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和預測ncRNA的研究中成為可能和必要。隨著生物信息學領域的快速發(fā)展,大量的生信工具被開發(fā),這些工具應用于非編碼RNA研究方向,學者們可以在短時間內(nèi)發(fā)現(xiàn)更多的非編碼RNA。本研究將結合使用生物信息學方法和生物化學方法,從三個方向展開工作,1,利用改進的生物信息學流水線（CM-line）發(fā)現(xiàn)藻類結構性ncRNA;2,用Infernal發(fā)現(xiàn)藻類核酶和核糖開關的變異體;3,探索基于核酶底物的特異性利用高通量測序發(fā)現(xiàn)新核酶的方法。利用改進的生物信息學流水線（CM-line）發(fā)現(xiàn)藻類結構性ncRNA,綜合利用現(xiàn)有的生物信息學工具,根據(jù)序列相似度對藻類基因組的非編碼區(qū)... 

【文章來源】：華僑大學福建省

【文章頁數(shù)】：90 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

1利用改進的生物信息學流水線（CM-line）發(fā)現(xiàn)藻類結構性非編碼RNA工作流程

162.5實驗結果與分析本部分工作一共篩選得到6026個更具功能性潛力的藻類結構性非編碼RNA，并針對其中的26個motif分析其上下游基因，可能的蛋白質(zhì)互作位點，推測出相應的潛在生物學功能。接下來將展示部分藻類全新結構性非編碼RNA的主要信息。圖2.5.1部分藻類非編碼RNA二級結構如圖2.5.1，展示了在利用改進的生物信息學流水線（CM-line）在硅藻基因組內(nèi)發(fā)現(xiàn)的部分結構性非編碼RNA，它們共同的特點是在多個藻類物種中保持良好的二級結構，且環(huán)上存在保守核苷酸，是潛在的功能性非編碼RNA。

17圖2.5.2diatom1366motif二級結構如圖2.5.2所示，Diatom1366motif的共結構模型基于5個藻類物種中的5條序列，它的二級結構包括三個獨立的莖環(huán)結構，其中1號莖環(huán)為經(jīng)典的共變異配對加高度保守的環(huán)。這樣的結構在結構性非編碼RNA中是非常好的信號，表明這段的二級結構在多物種中保持良好，環(huán)上完全保守的核苷酸則是天然的功能作用位點�；蚪M注釋信息顯示，diatom1366motif在含油硅藻、偽矮海鏈藻和三角褐指藻中位于5’-UTR，提示我們它可能參與所在基因表達水平的調(diào)控。圖2.7.3diatom1652motif二級結構如圖2.5.3所示Diatom1652的共結構模型基于5個藻類物種中的5條序列，它的二級結構包括三個莖和三個內(nèi)部環(huán)。根據(jù)RBPmap預測，以人類蛋白結合經(jīng)驗來看，其中內(nèi)部環(huán)3中含有SRSF5蛋白的RNA結合位點5’-UCAGUGG。SRSF5是富含精氨酸的剪接因子5，它在RNA可變剪接中發(fā)揮作用，并可以調(diào)節(jié)可變剪接位點的選擇。同時，diatom1652序列位于多肽結合位點附近，且在多物種中保持相似性。因此，diatom1652可能通過

【參考文獻】：
期刊論文
[1]非編碼RNA及其研究進展[J]. 秦云霞,田娥,劉志昕,曾華金.  生物技術通報. 2004(05)



本文編號：3600147