背景:多發(fā)性硬化（MS）是一種自身免疫介導(dǎo)的以中樞神經(jīng)系統(tǒng)炎性脫髓鞘病變?yōu)橹饕攸c(diǎn)的疾病。目前病因及發(fā)病機(jī)制尚不十分清楚,臨床無法治愈。許多研究證實(shí)適應(yīng)性免疫在該病的發(fā)病機(jī)理上有著關(guān)鍵的作用,且主要由T細(xì)胞介導(dǎo)。研究多發(fā)性硬化患者外周血T細(xì)胞中差異表達(dá)基因及信號(hào)通路,可以為尋找和證實(shí)多發(fā)性硬化致病機(jī)理提供了理論依據(jù)。目的:找到多發(fā)性硬化患者外周血T細(xì)胞中發(fā)生差異變化的致病相關(guān)基因及關(guān)鍵通路。方法:首先,我們從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載了多發(fā)性硬化轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)系列GSE43591,GSE13732,GSE32988,共包含了42個(gè)患者T細(xì)胞試驗(yàn)樣本和35個(gè)健康對(duì)照樣本的基因芯片數(shù)據(jù);以及miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)系列GSE43590,包括6例多發(fā)性硬化患者和6例對(duì)照組的外周血T細(xì)胞樣本。其次,我們?cè)赗軟件中使用limma包等篩選鑒定出差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）,并進(jìn)行了層次聚類分析及主成分分析。再次,將三個(gè)轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)系列中每?jī)蓚�(gè)數(shù)據(jù)系列的表達(dá)上調(diào)DEGs組和表達(dá)下調(diào)DEGs組的DEGs進(jìn)行交集,得到了77個(gè)上調(diào)DEGs和61個(gè)... 

【文章來源】：西南醫(yī)科大學(xué)四川省

【文章頁(yè)數(shù)】：85 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

主成分分析的3D圖

西南醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文19在獲得DEGs的表達(dá)值之后，對(duì)DEGs進(jìn)行層次聚類分析(圖2)。如圖3的熱圖所示，三個(gè)轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)系列GSE43591、GSE13732、GSE32988的差異表達(dá)基因，以及miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)系列GSE43590中差異表達(dá)的miRNA，可以清楚地區(qū)分出實(shí)驗(yàn)樣本和對(duì)照樣本。圖3四個(gè)數(shù)據(jù)集的熱圖Figure3.HeatmapsoffourGEOdatasets.4候選DEGs基因本體論及通路富集分析利用多種在線數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件，包括DAVID,PATHER,Reactome,3DEGs的層次聚類分析

西南醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文22圖4用所有的候選差異表達(dá)基因(DEGs)富集得到的前10位基因本體(GO)條目及通路。Figure4.Thetop10ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingallcandidateDEGs.圖5用表達(dá)上調(diào)的候選差異表達(dá)基因(DEGs)富集得到的前10位基因本體(GO)條目及通路。Figure5.Thetop10ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingup-regulatedcandidateDEGs.


本文編號(hào)：3571009