Pachyneuron的分類地位為膜翅目,小蜂總科,金小蜂科。目前國際最新分類系統(tǒng)記錄有60種,中國共記錄19種。該屬為世界廣布種,在各動物地理區(qū)系中均有分布。本文針對楔緣金小蜂個體微小,外部形態(tài)不易觀察及其非同源相似性等使其種類鑒定困難等諸多問題,在Pachyneuron成蟲形態(tài)學初步鑒定的基礎上,利用分子數(shù)據(jù)進行分子系統(tǒng)發(fā)育研究,以探究楔緣金小蜂屬內(nèi)各個種之間分類及進化關(guān)系,從而驗證分子數(shù)據(jù)是否可以指導楔緣金小蜂的分類,促進楔緣金小蜂在生防中的應用。本文主要研究楔緣金小蜂屬的150頭標本,選用線粒體基因組中的編碼細胞色素氧化酶I的基因以及核糖體DNA中的轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)II和分別編碼28S rRNA和18S rRNA的基因片段展開初步探究,對基因序列進行整合分析并結(jié)合ABGD、jMOTU劃分結(jié)果對Pachyneuron進行系統(tǒng)發(fā)育研究及其分類驗證。實驗得到楔緣金小蜂屬的COI基因序列133條,28S rDNA序列145條,18S rDNA序列20條,ITS2基因150條。對所得數(shù)據(jù)進行基因序列基本分析,使用jMOTU及ABGD劃分分子可操作分類單元,并且基于NJ法、MP法及其BI法構(gòu)建系... 

【文章來源】：河北大學河北省

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

線粒體基因組成

楔緣金小蜂研究綜述7圖1-2核基因組成Fig1-2Nucleargenecomposition18SrDNA是所有細胞所共有的成分，全長約2kb，18SrDNA編碼核糖體小亞基RNA，結(jié)構(gòu)相對保守，其各個部分的演化速度不同，可以用于不同階元發(fā)育樹的構(gòu)建，因而其在系統(tǒng)發(fā)育中的應用受到了普遍關(guān)注(Giribetetal,2001)。目前應用于高級分類階元（目、科等）中的分子標記較多(柳娟娟等，2007;沙忠利等，2006;Ohnishietal,2003)。此外，也可應用于族、亞族、屬等分類階元關(guān)系的構(gòu)建(Sanchisetal,2000)。28SrDNA全長約為4-5kb，該基因編碼核糖體大亞基，結(jié)構(gòu)相對保守，較18SrDNA變異性大。由保守區(qū)和12個高變區(qū)組成(Hancocketal,1998)，各個高變區(qū)基因進化發(fā)育速率不同，使其不同部分可為不同的分類階元提供大量的進化發(fā)育信息。目前，28SrDNA在膜翅目應用較多(趙琳琳等,2019;Dowtonetal,2001;Babcock,2001;Jiangetal,2015;Zhangetal,2008)。轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（internaltranscribedspacer,ITS）全長約1.0-1.5kb，分為兩部分（如圖1-2所示），18SrDNA和5.8SrDNA之間的片段為ITS1，5.8SrDNA和28SrDNA之間的片段為ITS2。轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)基因在完成轉(zhuǎn)錄之后，其產(chǎn)物被切除，不再參加后續(xù)的翻譯過程，不會對最終結(jié)果產(chǎn)生影響，所以其不會被自然選擇所影響，變異速率相對較快，在低級分類屬群中的進化研究中得到廣泛的應用(DeBarroetal,2000;Viviani,2019;Chenetal,2017)。其中，ITS2基因兩端序列十分保守，方便設計引物進行PCR實驗，進一步加強了其在進化研究實踐中的應用。其次ITS2基因種間差異性較大及種內(nèi)序列相對保守，因此能相對較好的應用于屬內(nèi)的系統(tǒng)進化研究中�；贗TS2基因的這些特性，使其成為區(qū)分形態(tài)上鑒定困難的寄生蜂類昆蟲的優(yōu)先選擇基因(Viviani,2019)。

材料和方法23圖2-1ABGD分析的相關(guān)參數(shù)設置Fig2-1RelevantparametersofABGDjMOTU和ABGD運算結(jié)果對物種界定提出參考依據(jù)。2.3.5核苷酸替代模型選擇用jModelTest確定各基因片段的核苷酸替代模型。打開jModelTest軟件，打開比對好的序列，點擊analysis中的Computelikelihoodscores在彈出的Likelihoodsettings窗口設置numberofsubstitutionsschemes為3，其余設置默認，點擊ComputeLikelihoods。運算完成之后，點擊Analysis中的DoBiccalculations…查看最優(yōu)化的核苷酸替換模型，以便后續(xù)建系統(tǒng)發(fā)育樹使用。其中蛋白編碼序列，需對第一位點，第二位點，第三位點分別做最優(yōu)模型選擇。2.3.6系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建基于楔緣金小蜂屬種間基因相似度較高的特點，本文主要使用NJ法、MP法以及BI法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。NJ樹構(gòu)建NJ樹用MEGA軟件直接獲得。用MEGA軟件打開上述比對好fas文件，點擊分析，選擇序列的類型，點擊窗口主頁面的系統(tǒng)發(fā)育，選擇建立NJ樹，在分析參數(shù)對話框中，設置Bootstrap重復數(shù)設置為1000，置換類型設為Nucleotide，模型/方法設為Kimura


本文編號：3348851