新疆羊痘病毒分離株ANK基因家族序列分析及其缺失對宿主細胞轉(zhuǎn)錄水平的影響
發(fā)布時間:2021-03-27 22:08
羊痘是由羊痘病毒引起羊的一種急性、接觸性傳染病,在世界范圍流行。羊痘病毒含有5個ANK基因,推測其與病毒的宿主范圍有關(guān),本論文對5株新疆羊痘病毒分離株及疫苗株的ANK基因序列進行比較分析,并在缺失ANK基因的情況下研究其對病毒復(fù)制和宿主細胞的影響。得到結(jié)果如下:1.成功克隆6株羊痘病毒ANK基因30個,經(jīng)測序及序列分析表明,ANK基因138共有55個核苷酸產(chǎn)生突變,導致25個氨基酸產(chǎn)生突變;ANK基因140共有44個核苷酸產(chǎn)生突變,導致17個氨基酸產(chǎn)生突變;ANK基因141.2共有40個核苷酸產(chǎn)生突變,導致23個氨基酸產(chǎn)生突變;ANK基因145共有55個核苷酸產(chǎn)生突變,導致26個氨基酸產(chǎn)生突變。從遺傳進化樹來看,新疆株與印度株親緣關(guān)系最接近,特別是ANK010基因,新疆株直接與印度毒株獨立聚于一支,與其他毒株有明顯差異。對于其他4個ANK基因,各新疆株均與其他參考株分別聚成GTPV和SPPV兩個種系,且同種系中新疆株與印度株仍然較為親近。不同的是新疆分離株GTPV-SS,其5個ANK基因均與SPPV種系聚于一簇,推測該毒株可能是SSPV跨物種傳播給山羊的結(jié)果。2.本研究成功制備了綿羊睪...
【文章來源】:塔里木大學新疆維吾爾自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:99 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
Thx,SS,KS,YM,M1,M2毒株ANK基因010,138,140,141.2,145電泳圖
塔里木大學碩士學位論文第2章6株新疆羊痘病毒分離株ANK基因序列分析21圖2-1Thx,SS,KS,YM,M1,M2毒株ANK基因010,138,140,141.2,145電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:2000bp,泳道1-6:目的基因PCR結(jié)果2.2.2ANK基因010、138、140、141.2和145克隆的菌液PCR檢測(部分)圖2-2Thx株ANK基因010菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:2000bp,泳道1-24:Thx株ANK基因010菌液PCR電泳結(jié)果,其中2-8泳道,10-24泳道為陽性結(jié)果
塔里木大學碩士學位論文第2章6株新疆羊痘病毒分離株ANK基因序列分析22圖2-3Thx株ANK基因141.2菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:8000bp,泳道1-12:Thx株ANK基因141.2菌液PCR電泳結(jié)果,其中1,3,5,7泳道為陽性結(jié)果圖2-4Thx株ANK基因145菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:8000bp,泳道1-7:Thx株ANK基因145菌液PCR電泳結(jié)果,其中3-7泳道為陽性結(jié)果2.2.3ANK010、138、140、141.2和145序列分析序列比對結(jié)果表明,由于核苷酸的插入或缺失,一些ANK基因呈現(xiàn)移碼突變,不能正常編碼氨基酸。KS株的ANK基因138(第142位插入A),M1菌株ANK基因141.2(第724位插入A),M2菌株的ANK基因140(分別在28、37位缺失A),YM疫苗株ANK基因138(分別在142位插入A)、140(插入C,并缺失T在1451、1460位)和141.2(在第790、806位缺失T)。此外,在不同的病毒株中,例如ANK基因010(KS和M1株),ANK基因138(SS、M1和M2株或KS和YM株),ANK基因140(SS和M1株),ANK基因141.2(Thx和KS株)和ANK基因145(SS、M1和M2株)都有100%相似的核苷酸序列。6個新疆株和GTPV印度/P62參考株的ANK基因(010,138,140,141.2,145)分別達到97.18-100%,96.22-99.74%,96.33-99.93%,96.33-99.93%,95.67-99.78%的核苷酸相似性,氨基酸相似性分別為96.2-100%,96.2%-99.8%,96.2-100%,93.8-99.8%,92.7-99.6%(詳見表2-6)。對這些ANK基
本文編號:3104316
【文章來源】:塔里木大學新疆維吾爾自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:99 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
Thx,SS,KS,YM,M1,M2毒株ANK基因010,138,140,141.2,145電泳圖
塔里木大學碩士學位論文第2章6株新疆羊痘病毒分離株ANK基因序列分析21圖2-1Thx,SS,KS,YM,M1,M2毒株ANK基因010,138,140,141.2,145電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:2000bp,泳道1-6:目的基因PCR結(jié)果2.2.2ANK基因010、138、140、141.2和145克隆的菌液PCR檢測(部分)圖2-2Thx株ANK基因010菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:2000bp,泳道1-24:Thx株ANK基因010菌液PCR電泳結(jié)果,其中2-8泳道,10-24泳道為陽性結(jié)果
塔里木大學碩士學位論文第2章6株新疆羊痘病毒分離株ANK基因序列分析22圖2-3Thx株ANK基因141.2菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:8000bp,泳道1-12:Thx株ANK基因141.2菌液PCR電泳結(jié)果,其中1,3,5,7泳道為陽性結(jié)果圖2-4Thx株ANK基因145菌液PCR電泳圖注:泳道M:DNA分子量標記,DL:8000bp,泳道1-7:Thx株ANK基因145菌液PCR電泳結(jié)果,其中3-7泳道為陽性結(jié)果2.2.3ANK010、138、140、141.2和145序列分析序列比對結(jié)果表明,由于核苷酸的插入或缺失,一些ANK基因呈現(xiàn)移碼突變,不能正常編碼氨基酸。KS株的ANK基因138(第142位插入A),M1菌株ANK基因141.2(第724位插入A),M2菌株的ANK基因140(分別在28、37位缺失A),YM疫苗株ANK基因138(分別在142位插入A)、140(插入C,并缺失T在1451、1460位)和141.2(在第790、806位缺失T)。此外,在不同的病毒株中,例如ANK基因010(KS和M1株),ANK基因138(SS、M1和M2株或KS和YM株),ANK基因140(SS和M1株),ANK基因141.2(Thx和KS株)和ANK基因145(SS、M1和M2株)都有100%相似的核苷酸序列。6個新疆株和GTPV印度/P62參考株的ANK基因(010,138,140,141.2,145)分別達到97.18-100%,96.22-99.74%,96.33-99.93%,96.33-99.93%,95.67-99.78%的核苷酸相似性,氨基酸相似性分別為96.2-100%,96.2%-99.8%,96.2-100%,93.8-99.8%,92.7-99.6%(詳見表2-6)。對這些ANK基
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