目的:通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選膽管癌的潛在生物學(xué)標(biāo)記,為膽管癌早期診斷、治療及預(yù)后提供可能靶點(diǎn)。方法:從高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)（Gene Expression Omnibus,GEO）中下載膽管癌的3個(gè)基因芯片數(shù)據(jù)集及3個(gè)Micro RNA芯片數(shù)據(jù)集并篩選得到差異表達(dá)基因（Differentially expressed genes,DEGs）及差異表達(dá)微小核糖核酸（differentially expressed Micro RNAs,DEMs）。利用生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)DAVIA（Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery）對(duì)DEGs進(jìn)行基因本體（gene ontology,GO）注釋及KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。進(jìn)一步構(gòu)建DEGs的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（proteinprotein interaction network,PPI）并篩選核心網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)軟件預(yù)測(cè)DEMs的靶基因并與DEGs取交集后得到核心基因及與其對(duì)應(yīng)的Micro RNA。通過(guò)基因表... 

【文章來(lái)源】：重慶醫(yī)科大學(xué)重慶市

【文章頁(yè)數(shù)】：37 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

DEGs和DEMs的交集圖

重慶醫(yī)科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文10生物合成與PPAR信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)（biosynthesisofaminoacidsandPPARsignaling）（圖2）。圖2DEGs的GO注釋及KEGG通路富集Figure2GOandKEGGpathwayenrichmentanalysisofDEGsinCHOLsamples

重慶醫(yī)科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文112.3PPI構(gòu)建使用STRING在線數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建DEGs的PPI并使用軟件Cytoscape對(duì)其進(jìn)行可視化呈現(xiàn)（圖3-A），使用Cytoscape中的MCODE插件篩選出核心網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行可視化呈現(xiàn)（圖3-B）。諸如APOA1,HP,FGG等參與構(gòu)建核心網(wǎng)絡(luò)的基因的GO注釋和KEGG通路分析顯示這些基因富集于PPAR信號(hào)通路（PPARsignalingpath-way）、補(bǔ)體（Complement）和凝血級(jí)聯(lián)（coagulationcascades）（圖4）。圖3DEGs的PPI網(wǎng)絡(luò)及PPI核心網(wǎng)絡(luò)Figure3PPInetworkandthemostsignificantmoduleofDEGs2.4DEMs的靶基因預(yù)測(cè)對(duì)2個(gè)DEMs（Has-miR-1-3p，Has-miR-125a-5p）分別使用MirDIP、miRTarBase和miRDB三個(gè)在線軟件同時(shí)進(jìn)行預(yù)測(cè)。Has-miR-1-3p的靶基因分別有1320個(gè)（mirDIP）、418個(gè)（miRDB）、1009個(gè)（miRTarBase），并且對(duì)三個(gè)結(jié)果取交集后得到137個(gè)共同靶基因（圖5-A）。Has-miR-125a-5p的靶基因分別有1389個(gè)（mirDIP）、479個(gè)（miRDB）、306個(gè)（miRTarBase），同樣對(duì)三個(gè)結(jié)果取交集后得到50個(gè)共同靶基因（圖5-B）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]DC-CIK細(xì)胞免疫治療對(duì)膽管癌術(shù)后患者免疫功能影響的研究[D]. 金奎.蘇州大學(xué) 2013



本文編號(hào)：3057402