目的:篩選公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因芯片以獲得不同動(dòng)脈粥樣硬化（Atherosclerosis,AS）階段時(shí)的測(cè)序數(shù)據(jù);分別分析篩選出AS形成與進(jìn)展時(shí)期的關(guān)鍵基因及潛在機(jī)制,進(jìn)一步探究不同時(shí)期時(shí)AS斑塊中炎癥細(xì)胞的浸潤(rùn)情況。方法:設(shè)置納入排除標(biāo)準(zhǔn),對(duì)GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫(kù)及ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因芯片進(jìn)行檢索篩選,獲取不同AS階段時(shí)的mRNA轉(zhuǎn)錄測(cè)序數(shù)據(jù)。根據(jù)納入的芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)分組,將其分為正常對(duì)照組、動(dòng)脈粥樣硬化組（AS組）;早期AS組、進(jìn)展期AS組。采用limma R軟件包對(duì)比分析正常對(duì)照組與動(dòng)脈粥樣硬化組之間基因的差異表達(dá)情況,獲得差異基因。采用R語(yǔ)言程序包將差異基因進(jìn)行可視化處理,繪制相應(yīng)的熱圖和火山圖。使用DAVID數(shù)據(jù)分析平臺(tái)（https://david-d.ncifcrf.gov/summary.jsp）對(duì)差異基因進(jìn)行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析,探究基因富集的信號(hào)通路、細(xì)胞功能和生物學(xué)過(guò)程。使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)（htt... 

【文章來(lái)源】：南昌大學(xué)江西省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：103 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.兩芯片標(biāo)準(zhǔn)化前后的箱線圖

第3章結(jié)果15圖2.GSE43292芯片AS組較正常血管組的DEGs的火山圖及熱圖注：圖2A為GSE43292芯片的火山圖，紅色的點(diǎn)代表相對(duì)高表達(dá)的基因（Log2(FC)>1且adjust.P<0.05），綠色的點(diǎn)代表相對(duì)低表達(dá)的基因（Log2(FC)<-1且adjust.P<0.05）；圖2B為GSE43292芯片差異基因的熱圖，橫坐標(biāo)為樣本，縱坐標(biāo)代表基因名，顏色越紅代表相對(duì)高表達(dá)，綠色代表相對(duì)低表達(dá)。

GSE28829芯片中進(jìn)展期AS組較早期AS組DEGs的火山圖（A）及熱圖（B）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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