目的:胃癌是消化道最常見的惡性腫瘤,我國胃癌發(fā)病率及死亡率顯著高于其他國家,嚴(yán)重威脅人類健康。由于早期胃癌無特異性改變,大多數(shù)患者在發(fā)現(xiàn)時(shí)已經(jīng)處于進(jìn)展期。手術(shù)、輔助放化療的快速發(fā)展在一定程度上提高了胃癌患者的生存期,但由于化學(xué)藥物抗性等原因胃癌患者的5年生存率低于30%。因此尋找預(yù)測胃癌患者預(yù)后及治療效果的生物標(biāo)志物顯得尤為重要。長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200個(gè)核苷酸大小的RNA,因開放閱讀框序列的部分或全部缺失而不具備蛋白質(zhì)編碼能力。但近年來的研究表明,lncRNA具有廣泛的生物學(xué)功能,在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中扮演著重要的作用,可以調(diào)控腫瘤細(xì)胞的增殖、分化、侵襲以及轉(zhuǎn)移等多種生物學(xué)過程,有望成為腫瘤診斷及預(yù)后新的生物標(biāo)志物和潛在的治療靶點(diǎn)。目前尚沒有特異性的指標(biāo)來預(yù)測胃癌患者的預(yù)后,但在人體的組織及體液中均可檢測到lncRNA的表達(dá),具有組織和細(xì)胞特異性,而且lncRNA的種類繁多,但其功能及作用機(jī)制尚不清楚。本文旨在通過生物信息學(xué)方法篩選胃癌與癌旁組織中差異表達(dá)的lncRNA,構(gòu)建基于lncRNA的胃癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型,同... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

胃癌差異性表達(dá)lncRNA的火山圖

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文基于TCGA數(shù)據(jù)庫篩選胃癌預(yù)后相關(guān)的長鏈非編碼RNA及預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的建立11圖250個(gè)胃癌差異性表達(dá)lncRNA的熱圖（紅色表示在組織中呈高表達(dá)的lncRNA，綠色表示在組織中呈低表達(dá)的lncRNA，黑色代表在組織中表達(dá)無差異）2胃癌lncRNA預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的構(gòu)建為了確定與胃癌患者預(yù)后有關(guān)的lncRNA，將得到的1272個(gè)差異性表達(dá)的lncRNA聯(lián)合TCGA數(shù)據(jù)庫中的生存資料，通過R語言中的“survival”包對(duì)差異性表達(dá)的lncRNA做單因素Cox回歸分析，以P<0.05為篩選標(biāo)準(zhǔn)得到了與胃癌患者預(yù)后有關(guān)的68個(gè)lncRNA，詳見表1。為了減少數(shù)據(jù)的過度擬合，從而篩選與胃癌患者預(yù)后更相關(guān)的lncRNA，通過R語言中的“survival”包和“glmnet”包對(duì)單因素分析得到的lncRNA進(jìn)一步行LASSO回歸分析，當(dāng)λ取最小值時(shí)，共篩選出了25個(gè)與胃癌患者的預(yù)后更相關(guān)的lncRNA，分別是AC007991.4、AC125608.1、AL353801.1、LINC00955、AC025465.4、AF274855.1、AL445434.1、LINC01060、AC034236.3、AL022313.4、AL499627.1、LINC02108、AC079385.3、AL049833.2、AP001136.1、LINC02266、AC090809.1、AL109615.2、C8orf87、AC100797.1、AL122125.1、CASK-AS1、AC110772.1、AL160408.4、LINC00626，詳見圖3A和3B。對(duì)LASSO回歸分析所得到的25個(gè)lncRNA進(jìn)行多因素Cox回歸分析，通過R語言中的“survival”包計(jì)算每個(gè)lncRNA的危險(xiǎn)比及95%的置信區(qū)間，通過對(duì)多因素回歸分析中得到的lncRNA回歸系數(shù)進(jìn)行提取，由此建立基于25個(gè)lncRNA的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型。繪制森林圖對(duì)其進(jìn)行可視化，如圖4所示。

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文基于TCGA數(shù)據(jù)庫篩選胃癌預(yù)后相關(guān)的長鏈非編碼RNA及預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的建立13AB圖3基于LASSO構(gòu)建胃癌預(yù)后模型（A：在LASSO模型中進(jìn)行參數(shù)選擇的交叉驗(yàn)證；B：25個(gè)lncRNA的LASSO回歸系數(shù)譜）圖425個(gè)預(yù)后相關(guān)lncRNA的多因素回歸分析的森林圖（HR>1，表明該lncRNA與患者的生存呈負(fù)相關(guān)；HR<1，表明該lncRNA與患者的生存呈正相關(guān)；*表示P<0.05）3胃癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的可視化與評(píng)估3.1胃癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的可視化

【參考文獻(xiàn)】：
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