目的:利用基因芯片技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法,鑒定鼻咽癌（Nasopharyngeal Carcinoma,NPC）發(fā)病相關(guān)的關(guān)鍵microRNAs（miRNAs）及其miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),探討miRNA在NPC中的分子調(diào)控機(jī)制。方法:1)從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）中搜索并下載與鼻咽癌相關(guān)的miRNA和mRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)。應(yīng)用“l(fā)imma”R包篩選NPC和正常組織中差異表達(dá)的miRNAs（DEMs）和差異表達(dá)的mRNAs（DEGs）。2)通過“Venny”R軟件包將各個miRNA數(shù)據(jù)集中的差異miRNAs相互重疊,任意兩個數(shù)據(jù)集的共同DEMs被視為關(guān)鍵miRNAs。3)通過多個靶基因預(yù)測網(wǎng)站預(yù)測關(guān)鍵miRNAs調(diào)控的靶基因。4)通過“Venny”R軟件包找出靶基因與DEGs的交集,這些基因被定義為交集基因。5)通過在線網(wǎng)站DAVID及R軟件對交集基因進(jìn)行基因本體論（GO）分析和通路富集（KEGG）分析。6)使用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建交集基因的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò),并使用Cytoscape軟件將PPI網(wǎng)絡(luò)可視化。7)利用Cytoscape軟件構(gòu)建了miRNA-m... 

【文章來源】：南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

鼻咽癌組織與正常鼻

13（E）韋恩圖示三個數(shù)據(jù)集的上調(diào)DEM（F）韋恩圖示三個數(shù)據(jù)集的下調(diào)DEM圖3.1鼻咽癌組織與正常鼻咽組織中差異DEM和DEG注：圖3.1（A~D）中紅點代表上調(diào)，藍(lán)點代表下調(diào)，黑點代表沒有顯著差異，F(xiàn)oldChange代表倍數(shù)變化。圖3.1（E~F）韋恩圖中每個圓圈代表一個數(shù)據(jù)集，圓圈之間的重疊對應(yīng)于數(shù)據(jù)集之間的重疊。3.3鑒定交集基因通過三個數(shù)據(jù)庫預(yù)測靶基因，獲得了16個DEM預(yù)測的818對miRNA-mRNA，其中包含737個mRNA。我們選取在GSE53819中的差異表達(dá)基因（DEG）與靶基因中共同出現(xiàn)的基因，獲得了160個交集基因。（A）韋恩圖示三個數(shù)據(jù)庫庫預(yù)測的靶基因匯總及交集（B）韋恩圖示差異表達(dá)基因（DEG）與共同靶基因的交集圖3.2預(yù)測靶基因及鑒定交集基因3.4GO和KEGG分析使用DAVID在線分析工具，通過對微陣列數(shù)據(jù)的綜合分析確定了鼻咽癌交集基因的生物學(xué)注釋，并獲得了P值<0.05的上調(diào)和下調(diào)基因的GO功能富集。GO根據(jù)其與生物學(xué)過程的關(guān)聯(lián)進(jìn)行分類，包括分子功能（MF），生物學(xué)過程

交集基因GO富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]miRNA-132通過靶向調(diào)控Bmi-1表達(dá)影響鼻咽癌細(xì)胞對放射治療敏感性[J]. 譚潔媚,李明毅,梁穎.  新醫(yī)學(xué). 2015(07)
[2]Treatment outcomes for different subgroups of nasopharyngeal carcinoma patients treated with intensity-modulated radiation therapy[J]. Sheng-Fa Su 1,2,3,Fei Han 1,2,Chong Zhao 1,2,Ying Huang 1,2,Chun-Yan Chen 1,2,Wei-Wei Xiao 1,2,Jia-Xin Li 1,2 and Tai-Xiang Lu 1,2 1 State Key Laboratory of Oncology in South China,Guangzhou,Guangdong 510060,P.R.China;2 Department of Radiation Oncology,Sun Yat-sen University Cancer Center,Guangzhou,Guangdong 510060,P.R.China;3 Department of Oncology,Guiyang Medical College Hospital,Tumor Hospital of Guizhou,Guiyang,Guizhou 550003,P.R.China..  癌癥. 2011(08)



本文編號：2935530