目的 應(yīng)用生物信息學(xué)的方法對(duì)骨肉瘤（Osteosarcoma,OS）基因表達(dá)譜芯片進(jìn)行分析,篩選OS關(guān)鍵候選基因和通路并加以分析,以期從分子水平探討OS的發(fā)病機(jī)制。構(gòu)建OS的諾模圖（nomogram）,以更加準(zhǔn)確而個(gè)體化的預(yù)測(cè)OS患者的總生存期,為患者提供個(gè)性化的預(yù)后信息,并輔助臨床醫(yī)生為患者制定有效的治療方案。方法 （1）從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫(kù)下載OS的基因芯片數(shù)據(jù)集的原始數(shù)據(jù),應(yīng)用生物信息學(xué)方法篩選差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）,隨后利用R語言enrichplot軟件包對(duì)差異基因進(jìn)行基因本體論（Gene ontology,GO）及《京都基因和基因組百科全書》（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析,通過STRING在線軟件、Cytoscape及其插件cytoHubba及NetworkAnalyzer對(duì)所分析出OS的顯著差異基因進(jìn)行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein protein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò)分... 

【文章來源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

骨肉瘤患者年齡分布圖[6]

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文骨肉瘤關(guān)鍵候選基因和通路的分析及構(gòu)建預(yù)測(cè)總生存期的諾模圖3系列染色體遺傳綜合征都顯示出與OS的發(fā)病有關(guān)，其中Bloom、Rothmund、Thompson和Werner綜合征均表現(xiàn)出RecQue解旋酶家族基因缺失的特點(diǎn)[16]。同時(shí)，OS是遺傳性視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤患者最常見的繼發(fā)性腫瘤，在這些患病人群中，OS發(fā)生率約為正常人群的500倍[17]。在RB1基因突變的個(gè)體中發(fā)生OS的頻率較群體發(fā)病率高，研究表明該病的發(fā)病機(jī)制中存在原代遺傳與基因的相互作用[18]。2016年的一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)，在生殖系抑癌基因TP53致病突變的個(gè)體中，骨肉瘤的而累計(jì)發(fā)病率達(dá)到5-11%[19]。轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子β（TGF-β）蛋白影響著細(xì)胞的生長(zhǎng)代謝，在高度惡性的OS中TGF-β1的表達(dá)明顯升高。胰島素生長(zhǎng)因子IGF-I和IGF-Ⅱ能夠結(jié)合相應(yīng)的受體以發(fā)揮作用，在OS中表現(xiàn)出過表達(dá)。OS中CCN3過表達(dá)與其不良預(yù)后有關(guān)。而甲狀旁腺激素（PTH）、甲狀旁腺激素相關(guān)肽（PTHrP）和甲狀旁腺激素受體（PTHR1）顯示出與骨肉瘤的進(jìn)展及轉(zhuǎn)移有關(guān)[16]。圖1-2骨肉瘤的發(fā)病機(jī)制[15]1.3骨肉瘤的發(fā)生部位OS可發(fā)生于任何部位的骨骼，但最常見的部位是股骨（42%，75%的腫瘤在股骨遠(yuǎn)端）、脛骨（19%，80%在脛骨近端）、肱骨（10%，90%在肱骨近端）；OS還可能發(fā)生在顱骨或頜骨（8%）以及骨盆(8%)；只有1.25%的OS位于肋骨[1]。

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文骨肉瘤關(guān)鍵候選基因和通路的分析及構(gòu)建預(yù)測(cè)總生存期的諾模圖4盡管OS最常見的部位依然在長(zhǎng)骨干骺端，但其在四肢骨骼中的發(fā)生趨勢(shì)隨著年齡的增長(zhǎng)而降低。年輕患者中OS位于長(zhǎng)骨干骺端的約占80%，而中老年患者中約27-43%[6]。在老年患者中，OS的分布更加可變，通常還包括軸向的骨骼以及頭骨[20]。圖1-3骨肉瘤的發(fā)生部位[1]1.4骨肉瘤的診斷OS具有高度的侵襲性且進(jìn)展迅速，在所有年齡組中，多達(dá)25%的患者在診斷時(shí)已發(fā)生轉(zhuǎn)移[15]，因而其早期診斷對(duì)于患者的遠(yuǎn)期預(yù)后十分必要。目前，OS的診斷主要依據(jù)仍然是患者的臨床表現(xiàn)、影像學(xué)檢查及活組織檢查。OS患者的主要臨床表現(xiàn)為患病部位的疼痛，并且疼痛進(jìn)行性加重，夜間為劇，由間歇性逐漸進(jìn)展為持續(xù)性[21]。超過90%患有OS的兒童和年輕人在診斷前出現(xiàn)受累區(qū)域疼痛[22]。還有患者因外傷引起病理性骨折而早期發(fā)現(xiàn)OS的存在[23]。OS的X線片能夠發(fā)現(xiàn)患病部位有成骨、溶骨或者混合性的骨破壞，顯示出特征性的“Codman三角”以及日光照射狀骨膜反應(yīng)，而CT檢查能夠評(píng)估OS骨的完整性及轉(zhuǎn)移情況[24]，MRI檢查可對(duì)OS的情況進(jìn)行精確的描述[21]�；罱M織檢查仍然是OS診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，目前認(rèn)為閉合活檢的安全性與準(zhǔn)確性都優(yōu)于切開活檢[21]。實(shí)驗(yàn)室價(jià)值尚未被證明有助于骨肉瘤的診斷。然而，有研究表明血清堿性磷酸酶（ALP）和乳酸脫氫酶（LDH）等實(shí)驗(yàn)室檢查可以作為OS患者預(yù)后的參考指標(biāo)[25]。血清堿性磷酸酶（ALP）和乳酸脫氫酶（LDH）在OS治療過程中

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：2920043