系統(tǒng)發(fā)生是通過追溯物種形成過程,分析物種之間的進化關(guān)系。最初,物種進化關(guān)系由系統(tǒng)發(fā)生樹表示。然而經(jīng)過深入研究發(fā)現(xiàn),物種進化過程中常常出現(xiàn)網(wǎng)狀事件(如雜交、重組和水平基因轉(zhuǎn)移),導致部分物種擁有多個父輩群體。這時樹形結(jié)構(gòu)無法描述它們之間的進化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)既可以表示網(wǎng)狀進化關(guān)系,又可以表示多個系統(tǒng)樹之間的沖突進化信息。而且系統(tǒng)發(fā)生樹可以看作是系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的一種特殊形式。因此系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建對生物進化研究具有重要的現(xiàn)實意義。本文研究了基于物種特征的系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法。主要內(nèi)容:⑴深入研究了系統(tǒng)發(fā)生樹這一特殊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的ENJ算法,它是鄰接法的一種改進。鄰接法是目前有效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹算法之一,它運算速度快,準確率高,且適用于大數(shù)據(jù)集。但是它會出現(xiàn)結(jié)果進化樹不唯一現(xiàn)象。ENJ算法可以有效合并三個鄰接節(jié)點,解決了鄰接法產(chǎn)生多個結(jié)果樹的問題。對比實驗中,相比INJ算法,ENJ算法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹與原始樹的差異更小,能更好的表示原始樹的信息。⑵深入研究了一般系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于有根系統(tǒng)樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的Frin算法,它是Cass算... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建算法
        1.2.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法
    1.3 內(nèi)容與結(jié)構(gòu)
    1.4 本章小結(jié)
第二章 背景知識介紹
    2.1 簇
        2.1.1 基本概念
        2.1.2 ST集
    2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹
        2.2.1 基本概念
        2.2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹的距離計算
    2.3 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)
        2.3.1 基本概念
        2.3.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的距離計算
        2.3.3 簇集與系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的關(guān)系
    2.4 本章小結(jié)
第三章 鄰接法及Cass算法
    3.1 鄰接法及其改進算法
        3.1.1 鄰接法
        3.1.2 INJ算法
        3.1.3 鄰接法的特點
    3.2 Cass算法及其改進算法
        3.2.1 Cass算法
        3.2.2 Lnetwork算法
        3.2.3 Cass算法的缺點
    3.3 本章小結(jié)
第四章 基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹算法
    4.1 ENJ算法
    4.2 算法比較與分析
    4.3 實驗設(shè)計與討論
        4.3.1 數(shù)據(jù)來源
        4.3.2對比實驗
    4.4 本章小結(jié)
第五章 基于有跟系統(tǒng)樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)算法
    5.1 Frin算法
    5.2 比較與分析
        5.2.1 算法比較
        5.2.2 算法分析
    5.3 實驗設(shè)計與討論
        5.3.1 數(shù)據(jù)來源
        5.3.2輸入數(shù)據(jù)順序影響實驗
        5.3.3網(wǎng)絡(luò)復(fù)雜度對比實驗
        5.3.4 禾本科植物上的應(yīng)用
    5.4 本章小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
    6.1 總結(jié)部分
    6.2 展望部分
參考文獻
攻讀碩士學位期間發(fā)表的學術(shù)論文
致謝



本文編號：2908229