系統(tǒng)發(fā)生是通過追溯物種形成過程,分析物種之間的進(jìn)化關(guān)系。最初,物種進(jìn)化關(guān)系由系統(tǒng)發(fā)生樹表示。然而經(jīng)過深入研究發(fā)現(xiàn),物種進(jìn)化過程中常常出現(xiàn)網(wǎng)狀事件(如雜交、重組和水平基因轉(zhuǎn)移),導(dǎo)致部分物種擁有多個(gè)父輩群體。這時(shí)樹形結(jié)構(gòu)無法描述它們之間的進(jìn)化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)既可以表示網(wǎng)狀進(jìn)化關(guān)系,又可以表示多個(gè)系統(tǒng)樹之間的沖突進(jìn)化信息。而且系統(tǒng)發(fā)生樹可以看作是系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的一種特殊形式。因此系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建對生物進(jìn)化研究具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。本文研究了基于物種特征的系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法。主要內(nèi)容:⑴深入研究了系統(tǒng)發(fā)生樹這一特殊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的ENJ算法,它是鄰接法的一種改進(jìn)。鄰接法是目前有效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹算法之一,它運(yùn)算速度快,準(zhǔn)確率高,且適用于大數(shù)據(jù)集。但是它會出現(xiàn)結(jié)果進(jìn)化樹不唯一現(xiàn)象。ENJ算法可以有效合并三個(gè)鄰接節(jié)點(diǎn),解決了鄰接法產(chǎn)生多個(gè)結(jié)果樹的問題。對比實(shí)驗(yàn)中,相比INJ算法,ENJ算法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹與原始樹的差異更小,能更好的表示原始樹的信息。⑵深入研究了一般系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建算法。本文提出了基于有根系統(tǒng)樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的Frin算法,它是Cass算... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建算法
        1.2.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建算法
    1.3 內(nèi)容與結(jié)構(gòu)
    1.4 本章小結(jié)
第二章 背景知識介紹
    2.1 簇
        2.1.1 基本概念
        2.1.2 ST集
    2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹
        2.2.1 基本概念
        2.2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹的距離計(jì)算
    2.3 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)
        2.3.1 基本概念
        2.3.2 系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的距離計(jì)算
        2.3.3 簇集與系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)的關(guān)系
    2.4 本章小結(jié)
第三章 鄰接法及Cass算法
    3.1 鄰接法及其改進(jìn)算法
        3.1.1 鄰接法
        3.1.2 INJ算法
        3.1.3 鄰接法的特點(diǎn)
    3.2 Cass算法及其改進(jìn)算法
        3.2.1 Cass算法
        3.2.2 Lnetwork算法
        3.2.3 Cass算法的缺點(diǎn)
    3.3 本章小結(jié)
第四章 基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹算法
    4.1 ENJ算法
    4.2 算法比較與分析
    4.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與討論
        4.3.1 數(shù)據(jù)來源
        4.3.2對比實(shí)驗(yàn)
    4.4 本章小結(jié)
第五章 基于有跟系統(tǒng)樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生網(wǎng)絡(luò)算法
    5.1 Frin算法
    5.2 比較與分析
        5.2.1 算法比較
        5.2.2 算法分析
    5.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與討論
        5.3.1 數(shù)據(jù)來源
        5.3.2輸入數(shù)據(jù)順序影響實(shí)驗(yàn)
        5.3.3網(wǎng)絡(luò)復(fù)雜度對比實(shí)驗(yàn)
        5.3.4 禾本科植物上的應(yīng)用
    5.4 本章小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
    6.1 總結(jié)部分
    6.2 展望部分
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號：2908229