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基于E-bayes的胚乳性狀QTL上位性的研究

發(fā)布時(shí)間:2020-08-12 19:57
【摘要】:禾谷類作物對(duì)于人類,尤其是亞洲大陸的居民來(lái)說(shuō)是不可缺的重要食材。而胚乳作為谷類作物種子的重要組成部分,其中含有豐富的蛋白質(zhì),氨基酸,淀粉等等一系列人體必須的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。因此進(jìn)行胚乳性狀的分析研究,對(duì)禾谷類作物產(chǎn)量提高和品質(zhì)改良是至關(guān)重要的。胚乳性狀的遺傳構(gòu)成與普通二倍體植物不同,是由兩個(gè)極核和一個(gè)精核結(jié)合發(fā)育形成的三倍體,因此胚乳的遺傳成分更為復(fù)雜。胚乳性狀QTL可分解出三種遺傳效應(yīng):加性效應(yīng),第一顯性效應(yīng)和第二顯性效應(yīng)。目前,雖然很多學(xué)者提出了各種QTL定位研究方法,然胚乳性狀QTL上位性研究還較少。本研究根據(jù)胚乳性狀三倍體倍性特點(diǎn),提出了兩種胚乳性狀QTL定位的研究方法,即:在谷類作物BC1.1(以F1為父本,P1為母本的回交一代),BC1.2(以F1為父本,P2為母本的回交一代)和F2群體中,基于多元方差分量模型對(duì)胚乳性狀QTL主效應(yīng)進(jìn)行研究;基于不同先驗(yàn)分布(逆卡方先驗(yàn)和指數(shù)先驗(yàn))的經(jīng)驗(yàn)貝葉斯(E-bayes)統(tǒng)計(jì)方法,對(duì)胚乳性狀QTL的上位性研究,并通過計(jì)算機(jī)模擬加以驗(yàn)證。主要內(nèi)容如下:1.對(duì)于胚乳性狀QTL主效應(yīng)分析,假設(shè)在同一環(huán)境下,隨機(jī)效應(yīng)(加性效應(yīng),第一顯性和第二顯性)具有相同的方差,且與環(huán)境方差成比例,由此提出基于多元方差分量模型。仿真模擬研究表明,基于多元方差分量模型能夠準(zhǔn)確地定位各個(gè)QTL位置,并且有效地對(duì)胚乳性狀QTL加性效應(yīng),兩類顯性效應(yīng)(第一顯性效應(yīng)和第二顯性效應(yīng))進(jìn)行無(wú)偏估計(jì)。2.對(duì)于胚乳性狀QTL的上位性分析,基于兩種不同先驗(yàn)分布的經(jīng)驗(yàn)貝葉斯(E-bayes)方法。第一種是利用逆卡方先驗(yàn)的E-Bayes方法進(jìn)行胚乳性狀QTL上位性分析,分別利用坐標(biāo)下降法和分塊下降法進(jìn)行研究。第二種利用指數(shù)先驗(yàn)的E-Bayes方法進(jìn)行胚乳性狀QTL上位性分析。研究結(jié)果表明,基于經(jīng)驗(yàn)貝葉斯方法的胚乳性狀QTL上位性研究,無(wú)論基于哪種先驗(yàn)分布,皆能準(zhǔn)確有效地定位各QTL,同時(shí)較好地估計(jì)出QTL的各種遺傳效應(yīng)。
【學(xué)位授予單位】:福建農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2015
【分類號(hào)】:Q943

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本文編號(hào):2790957

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