【摘要】：隨著生物信息學的飛速發(fā)展,出現(xiàn)了大量的未知功能的蛋白質序列,其中細胞凋亡蛋白質得到研究人員越來越多的關注。在生命體中,細胞凋亡蛋白質的異�？赡軐е露喾N疾病的發(fā)生。這些蛋白質的功能與它們在細胞中的位置緊密相關,因此,準確的預測出細胞凋亡蛋白質的亞細胞位置能更好的了解其功能。本文構建了新的細胞凋亡蛋白質數(shù)據(jù)集,其中包含單定位數(shù)據(jù)集、多定位數(shù)據(jù)集以及以單定位為標準的含mRNA信息的mRNA-蛋白質數(shù)據(jù)集。在單定位預測中,通過特征篩選提取了氨基酸物理化學特性、氨基酸粘性特征和進化信息,并結合了兩種mRNA信息:三閱讀框3-mer mRNA序列頻數(shù)信息、mRNA二級結構-序列模式信息,最后將各特征信息融合,利用支持向量機的算法,對四種不同亞細胞位置的細胞凋亡蛋白質進行預測。研究發(fā)現(xiàn)融合mRNA信息后預測效果更佳,在Jackknife檢驗下預測總精度達到82.18%,且獨立測試集預測總精度達到78.26%。結果表明,mRNA的序列和結構特性有助于提高細胞凋亡蛋白質的亞細胞定位預測精度。多定位預測中,考慮到序列相似性對預測的影響,采用CD-HIT軟件將單定位與多定位數(shù)據(jù)集的序列相似性降至80%以下,篩選出氨基酸二肽組分信息、蛋白質骨架信息、氨基酸物理化學特性和進化信息作為特征參數(shù),采用離散增量的算法對多定位細胞凋亡蛋白質進行預測,融合特征的總體位置準確率能達到 79.57%。
【學位授予單位】：內(nèi)蒙古大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：Q26

【參考文獻】

相關期刊論文 前2條

1 韓國勝;喻祖國;Anh Vo;;Predicting the subcellular location of apoptosis proteins based on recurrence quantification analysis and the Hilbert Huang transform[J];Chinese Physics B;2011年10期

2 屈二軍;胡建業(yè);陳蘭英;;細胞凋亡與疾病研究進展[J];臨床和實驗醫(yī)學雜志;2008年08期

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本文編號：2545990