【摘要】：隨著生物信息學(xué)的飛速發(fā)展,出現(xiàn)了大量的未知功能的蛋白質(zhì)序列,其中細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)得到研究人員越來越多的關(guān)注。在生命體中,細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的異�？赡軐�(dǎo)致多種疾病的發(fā)生。這些蛋白質(zhì)的功能與它們在細(xì)胞中的位置緊密相關(guān),因此,準(zhǔn)確的預(yù)測出細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞位置能更好的了解其功能。本文構(gòu)建了新的細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集,其中包含單定位數(shù)據(jù)集、多定位數(shù)據(jù)集以及以單定位為標(biāo)準(zhǔn)的含mRNA信息的mRNA-蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集。在單定位預(yù)測中,通過特征篩選提取了氨基酸物理化學(xué)特性、氨基酸粘性特征和進(jìn)化信息,并結(jié)合了兩種mRNA信息:三閱讀框3-mer mRNA序列頻數(shù)信息、mRNA二級結(jié)構(gòu)-序列模式信息,最后將各特征信息融合,利用支持向量機(jī)的算法,對四種不同亞細(xì)胞位置的細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測。研究發(fā)現(xiàn)融合mRNA信息后預(yù)測效果更佳,在Jackknife檢驗(yàn)下預(yù)測總精度達(dá)到82.18%,且獨(dú)立測試集預(yù)測總精度達(dá)到78.26%。結(jié)果表明,mRNA的序列和結(jié)構(gòu)特性有助于提高細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位預(yù)測精度。多定位預(yù)測中,考慮到序列相似性對預(yù)測的影響,采用CD-HIT軟件將單定位與多定位數(shù)據(jù)集的序列相似性降至80%以下,篩選出氨基酸二肽組分信息、蛋白質(zhì)骨架信息、氨基酸物理化學(xué)特性和進(jìn)化信息作為特征參數(shù),采用離散增量的算法對多定位細(xì)胞凋亡蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測,融合特征的總體位置準(zhǔn)確率能達(dá)到 79.57%。
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：Q26

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

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2 屈二軍;胡建業(yè);陳蘭英;;細(xì)胞凋亡與疾病研究進(jìn)展[J];臨床和實(shí)驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志;2008年08期

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本文編號(hào)：2545990