本文關(guān)鍵詞：改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組表達分析研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《數(shù)據(jù)采集與處理》 2015年05期

投稿

改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組表達分析研究

     

【摘要】：基于高通量測序的RNA-Seq(RNA-sequencing)是用于轉(zhuǎn)錄組研究的一種新技術(shù),針對該技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組表達分析研究中存在的讀段多源映射和讀段非均勻分布等難點,提出一個改進的轉(zhuǎn)錄組表達研究方法 LDASeqII(Improvement of latent Dirichlet allocation for sequencing data)。模型利用剪接異構(gòu)體結(jié)構(gòu)信息對參數(shù)進行約束并進行外顯子讀段數(shù)目歸一化處理,解決了讀段非均勻分布下的多源映射問題。通過引入"偽外顯子"和"偽轉(zhuǎn)錄本"分別處理接合區(qū)讀段和噪聲讀段。將模型應(yīng)用到真實數(shù)據(jù)集上,并與原LDASeq(Latent Dirichlet allocation for sequencing data)模型和目前流行的Cufflinks與RSEM(RNA-Seq by expectation maximization)方法進行對比。結(jié)果顯示,改進方法獲得了更為準確的轉(zhuǎn)錄本及基因表達水平計算結(jié)果。

【作者單位】： 南京航空航天大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】：
【基金】： 中央高�；究蒲袠I(yè)務(wù)費專項(CXZZ11_0217)資助項目
【分類號】：Q78
【正文快照】：

引言RNA-Seq(RNA sequencing)是基于高通量測序技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組進行研究的一種新方法,具有信噪比高、分辨率高和所需樣本少等優(yōu)勢,可以用來檢測和量化任何物種的轉(zhuǎn)錄片段[1-2],近年來在轉(zhuǎn)錄組研究中得到大量應(yīng)用。RNA-Seq數(shù)據(jù)處理過程主要分為3個方面:(1)將讀段映射到參考基因組

下載全文 更多同類文獻

PDF全文下載

CAJ全文下載

(如何獲取全文？ 歡迎：購買知網(wǎng)充值卡、在線充值、在線咨詢)

CAJViewer閱讀器支持CAJ、PDF文件格式，AdobeReader僅支持PDF格式

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 劉學(xué)軍;李蒙;張禮;;[J];中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報;2013年04期

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 井趙斌;魏琳;俞靚;程積民;;[J];草業(yè)科學(xué);2011年07期

2 曹盈;;[J];北京農(nóng)業(yè);2013年06期

3 Alexey Stupnikov;Galina V Glazko;Frank Emmert-Streib;;[J];Chinese Journal of Cancer;2015年10期

4 ;[J];Science China(Life Sciences);2011年12期

5 張禮;劉學(xué)軍;;[J];南京大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2013年04期

6 陳惠;辛麗麗;龔婕寧;;[J];環(huán)球中醫(yī)藥;2013年10期

7 劉金定;張贊;黃水清;李飛;;[J];應(yīng)用昆蟲學(xué)報;2013年05期

8 ZHOU YuanYuan;GONG Wei;XIAO JingFa;WU JiaYan;PAN LinLin;LI XiaoNuan;WANG XuMin;WANG WeiWei;HU SongNian;YU Jun;;[J];Science China(Life Sciences);2014年03期

9 周媛媛;龔未;肖景發(fā);吳佳妍;潘林林;李小暖;王緒敏;王偉偉;胡松年;于軍;;[J];中國科學(xué):生命科學(xué);2014年03期

10 周超平;李鑫輝;;[J];生物化學(xué)與生物物理進展;2013年12期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 寧娟;[D];中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所）;2013年

2 張楠;[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 陳庚;[D];華東師范大學(xué);2014年

4 楊亞坤;[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2014年

5 謝冬微;[D];東北農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

6 吳曉軍;[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

7 蘇斐;[D];上海交通大學(xué);2014年

8 李秋實;[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2015年

9 單春會;[D];江南大學(xué);2015年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 呂紅娟;[D];陜西師范大學(xué);2012年

2 朱明星;[D];寧夏醫(yī)科大學(xué);2013年

3 周峰;[D];陜西師范大學(xué);2013年

4 曹盈;[D];遼寧師范大學(xué);2013年

5 亓飛;[D];華東理工大學(xué);2014年

6 劉川;[D];西南大學(xué);2014年

7 羅鵬;[D];福建農(nóng)林大學(xué);2014年

8 劉翠翠;[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2014年

9 李蒙;[D];南京航空航天大學(xué);2014年

10 曾飄;[D];上海交通大學(xué);2014年

【二級參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王曦;汪小我;王立坤;馮智星;張學(xué)工;;[J];生物化學(xué)與生物物理進展;2010年08期

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 王穎;劉麟;;[J];科學(xué)通報;2013年33期

2 周超平;李鑫輝;;[J];生物化學(xué)與生物物理進展;2013年12期

3 趙霞;陳燦煌;倪青山;王競;胡福泉;譚銀玲;;[J];免疫學(xué)雜志;2013年04期

4 蘭道亮;熊顯榮;位艷麗;徐通;鐘金城;字向東;王永;李鍵;;[J];中國科學(xué):生命科學(xué);2014年03期

5 ;[J];;年期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 趙西西;王成成;陳國華;林劍青;賀竹梅;;[A];中國遺傳學(xué)會第九次全國會員代表大會暨學(xué)術(shù)研討會論文摘要匯編（2009-2013）[C];2013年

2 張玉剛;祝軍;梁美霞;戴洪義;;[A];中國園藝學(xué)會2011年學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2011年

3 于安民;楊錦芬;;[A];生態(tài)文明建設(shè)中的植物學(xué)：現(xiàn)在與未來——中國植物學(xué)會第十五屆會員代表大會暨八十周年學(xué)術(shù)年會論文集——第4分會場：資源植物學(xué)[C];2013年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 梁書利;[D];華南理工大學(xué);2012年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 石文芳;[D];北京林業(yè)大學(xué);2012年

2 毛笈華;[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2013年

3 蘇山春;[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

4 于安民;[D];廣州中醫(yī)藥大學(xué);2014年

5 張莉華;[D];天津醫(yī)科大學(xué);2014年

6 趙曉俊;[D];陜西師范大學(xué);2014年

7 張清瑞;[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

8 李娜;[D];蘇州大學(xué);2014年

9 亓飛;[D];華東理工大學(xué);2014年

  本文關(guān)鍵詞：改進的RNA-Seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組表達分析研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：231370