本文關(guān)鍵詞：蛋白質(zhì)羥基化的生物信息學(xué)方法研究

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【摘要】：蛋白質(zhì)羥基化是一種重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾過(guò)程,其對(duì)膠原蛋白三股螺旋結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性至關(guān)重要,還影響著很多細(xì)胞生物學(xué)功能,主要包括原纖維形成、交叉耦合及機(jī)制礦化。特別的蛋白質(zhì)羥基化影響新陳代謝紊亂,從而導(dǎo)致胃癌及肺癌等疾病的產(chǎn)生。對(duì)于展開羥基化修飾位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析,最基礎(chǔ)也是最根本的問(wèn)題是鑒定蛋白質(zhì)羥基化修飾位點(diǎn)。然而傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)的方法費(fèi)時(shí)費(fèi)力,生物信息學(xué)方法具有周期短、速度快、實(shí)驗(yàn)投入較小及可以進(jìn)行大規(guī)模的數(shù)據(jù)處理等優(yōu)點(diǎn)。利用計(jì)算機(jī)技術(shù)和數(shù)學(xué)原理相結(jié)合的生物信息學(xué)方法對(duì)蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)已經(jīng)成為研究熱點(diǎn)。本文旨在通過(guò)生物信息學(xué)的手段,對(duì)已知數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇相關(guān)的數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)學(xué)建模,借助計(jì)算機(jī)平臺(tái),開發(fā)出高效精準(zhǔn)的預(yù)測(cè)模型。脯氨酸和賴氨酸是蛋白質(zhì)中兩種主要的能被羥基化的氨基酸,基于這一點(diǎn),本文從Uniprot/Swiss-Prot等數(shù)據(jù)庫(kù)收集整理被實(shí)驗(yàn)測(cè)定的蛋白質(zhì)羥基化數(shù)據(jù),建立了包含265條含羥脯氨酸位點(diǎn)的蛋白和34條含羥賴氨酸位點(diǎn)的蛋白原始數(shù)據(jù)集。繼而以支持向量機(jī)為基礎(chǔ),整合改進(jìn)的雙邊貝葉斯特征提取方法,結(jié)合氨基酸理化指數(shù),建立了預(yù)測(cè)工具—OH-PRED預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)羥基化位點(diǎn)。結(jié)果表明OH-PRED在羥脯氨酸位點(diǎn)和羥賴氨酸位點(diǎn)的識(shí)別上優(yōu)于現(xiàn)有的其他預(yù)測(cè)模型。其對(duì)于未來(lái)的生物實(shí)驗(yàn)具有一定的指導(dǎo)性作用。鑒于模型OH-PRED良好的預(yù)測(cè)表現(xiàn),本文將建模方法推廣到了增強(qiáng)子的識(shí)別上,并且建立模型EnhancerPred和EnhancerPred2.0,實(shí)驗(yàn)證明推廣的模型對(duì)增強(qiáng)子的識(shí)別也取得了較好的結(jié)果。
【學(xué)位授予單位】：大連海事大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：Q51;Q811.4

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本文編號(hào)：1275620