本文關(guān)鍵詞：基于nSSUrRNA和mtSSUrRNA基因?qū)ξ仓惣肮芸陬惱w毛蟲分子系統(tǒng)的初探

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【摘要】：纖毛蟲(原生動(dòng)物,纖毛門)是單細(xì)胞真核生物中分化最復(fù)雜、最為高等的一類動(dòng)物。因其具有獨(dú)特的接合生殖方式、高度特化的細(xì)胞器結(jié)構(gòu)以及分司不同功能的兩種核型而在細(xì)胞生物學(xué)、真核生物遺傳學(xué)以及生物進(jìn)化等研究領(lǐng)域具有十分重要的研究?jī)r(jià)值和意義。但是長(zhǎng)期以來,由于鑒定資料的不完整、分子信息的嚴(yán)重缺乏以及樣品采集不足,使得作為纖毛蟲學(xué)一個(gè)重要分支的分子系統(tǒng)學(xué)研究在許多類群中仍處于局部性闡釋和片段資料的積累和探索階段。在過去3年中,在國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目等課題的資助下,本工作在目前工作基礎(chǔ)上,初步探究了系統(tǒng)地位存在大量混亂的尾柱類和管口類纖毛蟲的系統(tǒng)學(xué)以及與之相關(guān)的若干方法學(xué)問題。主要內(nèi)容包括：(1)以尾柱類纖毛蟲為例探討nSSUrRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)在纖毛蟲分子系統(tǒng)學(xué)研究中的適用性：目前纖毛蟲的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)分析主要依據(jù)nSSUrRNA基因的一級(jí)序列,而該基因的一些區(qū)域尤其高變區(qū)具有特異的二級(jí)結(jié)構(gòu),可能提供系統(tǒng)發(fā)生學(xué)或者形態(tài)分類學(xué)的有效信息。本工作以較為復(fù)雜高等但內(nèi)部系統(tǒng)仍然混亂的尾柱類纖毛蟲為對(duì)象,選取其中45個(gè)種的nSSUrRNA基因,篩選其中可能有系統(tǒng)分析價(jià)值的V2、V4、V7和V9高變區(qū)域,構(gòu)建二級(jí)結(jié)構(gòu)并利用二級(jí)結(jié)構(gòu)構(gòu)建系統(tǒng)樹,同時(shí)基于二級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)原有的一級(jí)序列構(gòu)建系統(tǒng)樹方法進(jìn)行了改進(jìn),同時(shí)評(píng)估了這些高變區(qū)域運(yùn)用于系統(tǒng)分析的實(shí)用性。分析結(jié)果表明,nSSUrRNA二級(jí)結(jié)構(gòu),尤其是高變區(qū)的二級(jí)結(jié)構(gòu)具有很大的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)分析價(jià)值。其中,V4區(qū)效果較好,能夠區(qū)分較低階元水平的關(guān)系,V9區(qū)在科以上的高級(jí)階元水平適用,V2區(qū)雖然比V9區(qū)有更高的結(jié)構(gòu)多樣性,由于過于保守,不能提供可靠的系統(tǒng)關(guān)系,而V7區(qū)由于長(zhǎng)度太短,不能提供有效信息。本工作通過加入二級(jí)結(jié)構(gòu)信息,利用二級(jí)結(jié)構(gòu)和序列綜合得到的比對(duì)序列構(gòu)建系統(tǒng)樹,為探究纖毛蟲的系統(tǒng)關(guān)系提供了一個(gè)新的角度,增進(jìn)了對(duì)尾柱類纖毛蟲內(nèi)部的系統(tǒng)關(guān)系的了解。(2)利用mtSSUrRNA基因探討管口類纖毛蟲的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系：目前大部分纖毛蟲系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究主要依據(jù)nSSUrRNA進(jìn)行分析,然而研究表明,單一基因構(gòu)建的系統(tǒng)樹總是與依據(jù)形態(tài)學(xué)信息得出的系統(tǒng)關(guān)系存在不一致,有時(shí)并不能反應(yīng)真實(shí)的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。基于核內(nèi)片段和線粒體基因等多基因進(jìn)行纖毛蟲系統(tǒng)發(fā)育重建的方法逐漸被采用。本工作聚焦于纖毛蟲中較為低等的管口類和合膜類纖毛蟲,新測(cè)定mtSSUrRNA基因50條,nSSUrRNA 10條,并分別基于mtSSUrRNA基因、nSSUrRNA及聯(lián)合基因構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果表明：1)mtSSUrRNA基因具有更高的變異率從而比nSSUrRNA基因更能反應(yīng)較低階元的系統(tǒng)關(guān)系；2)由mtSSUrRNA基因構(gòu)建的系統(tǒng)樹的某些節(jié)點(diǎn)的置信值較低,而聯(lián)合nSSUrRNA基因和mtSSUrRNA基因構(gòu)建的系統(tǒng)樹則可以彌補(bǔ)這一點(diǎn),反映更可靠的系統(tǒng)關(guān)系：3)Brooklynella屬的居間地位在加入mtSSUrRNA基因信息后得到證實(shí)；4)加入mtSSUrRNA基因信息后,我們推論Trithigmostoma屬應(yīng)該屬于Chilodonellidae科；5) Zosterodasys屬在mtSSUrRNA基因分析中呈現(xiàn)為非單元發(fā)生,與nSSUrRNA基因結(jié)果分析一致；6)該基因較高的遺傳變異有助于發(fā)現(xiàn)隱存種和更加深入地認(rèn)識(shí)纖毛蟲的多樣性。
【關(guān)鍵詞】：二級(jí)結(jié)構(gòu) 尾柱類纖毛蟲 管口類纖毛蟲 系統(tǒng)分析 高變區(qū) 大核核糖體小亞基基因 線粒體核糖體小亞基基因
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：Q953
【目錄】：

• 摘要5-7
• ABSTRACT7-10
• 引言10-13
• 材料與方法13-17
• 1 樣品采集15
• 2 細(xì)胞采集和DNA提取15-16
• 3 PCR擴(kuò)增和克隆測(cè)序16-17
• 第1章 以尾柱類纖毛蟲為例探討nSSUrRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)在纖毛蟲分子系統(tǒng)學(xué)研究中的適用性17-38
• 摘要17
• 引言17-19
• 材料與方法19-20
• 結(jié)果20-30
• 討論30-38
• 第2章 圍繞管口類纖毛蟲探討線粒體SSUrRNA基因在纖毛蟲系統(tǒng)關(guān)系分析中的應(yīng)用38-54
• 摘要38
• 引言38-40
• 材料與方法40-43
• 結(jié)果43-48
• 討論48-54
• 參考文獻(xiàn)54-60
• 致謝60-61
• 附錄61

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中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 王璞;基于nSSUrRNA和mtSSUrRNA基因?qū)ξ仓惣肮芸陬惱w毛蟲分子系統(tǒng)的初探[D];中國(guó)海洋大學(xué);2015年

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本文編號(hào)：1113207