耐輻射動球菌(Kineococcus radiotolerans,K.radiotolerans)是一種從核污染環(huán)境中分離出來的可在γ射線、強堿、高鹽、干旱、高金屬離子濃度、高滲透壓及高化學毒性等嚴酷環(huán)境中存活的革蘭氏陽性抗輻射菌。K.radiotolerans可應用于環(huán)境保護和生物修復等領域,但其分子基礎及作用機制尚未明確。通過具高效性和準確性的深度測序(RNA-seq)技術對K.radiotolerans未處理組(Wild-type Sample,WS)和 4.5 kGy 輻照劑量處理組(Radiation-induced Sample,RS)的轉錄組進行測序,明確該菌在輻射誘導之后相關基因的差異表達情況,初步探索其抗輻射的分子調控機理,并為其調控研究提供基礎數(shù)據(jù)。本研究分別選取WS和RS進行總RNA提取和cDNA文庫構建,通過Illumina Hiseq2000測序平臺對兩個樣本的轉錄組進行測序,利用TopHat軟件將測序結果中高質量的有效測序讀數(shù)與K.radiotolerans全基因組進行匹配,用DEGseq軟件計算并分析兩個樣本中各基因的標準表達量(FPKM值)及表達差異性,...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１耐輻射動球菌在ＰＴＹＧ平板上的形態(tài)

ｏ／ｅｒａｍ’，ｒａＪ／ｏ／ｏ／ｅｒａｍ’）ＳＲＳ３０２Ｉ６１?菌株?１〇�。唬玻埃埃材�??ＰＷｌｌｉｐｓ等１１１旨次從薩凡納河岸含Ｆｅ、Ａｌ、Ｓｉ、Ｃａ、Ｆ、Ｋ及其他堿性ｆｆｌ離ｆ？的強堿、高鹽和??放射性核素及其他一些核裂變產物等高放射性廢棄物中分離出來的一種耐輻射球菌。??....

圖２．２?ＰＣＲ富集產物電泳結果??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ??

浙江理Ｔ．人學碩．丨：學位論文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術的耐輻射動球菌在輻射脅迫下差異表達基因的篩選和驗ｉｊＨ??３．１．２凝膠電泳檢測??將提取的ＷＳ和ＲＳ總ＲＮＡ進行Ｉ％ＴＢＥ瓊脂糖凝膠電泳，丨－：樣Ｓ均為５００?ｎｇ，結??采如圖２．１。從電泳結果Ｗ出，人？總ＲＮＡ完整，無明....

圖２．１菌株ＷＳ和ＲＳ總ＲＮＡ凝膠電泳??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．１?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｉｎ?ＷＳ?ａｎｄ?ＲＳ??

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圖３．６丨ＧＶ分析差異表達基因（ｍｖｌ）??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．６?Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｇｅｎｅ?ｅ＼ｐｒｅｓｓｉｏｎ（ｒ＾ｃ＼４）?ｂｙ?ＩＧＶ??３１??

浙江理Ｔ：人學碩Ｉ：學位論文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術的耐輻射動球菌在輻射脅迫下差異表達基因的篩選和驗證??ｇｅｎｅｓ??ｌｅ－０５??；Ｖ??ＲＳ??ＷＳ?ｌｅ＋０１?ｌｅ＋ＯＢ?ｌｅ＋０５??圖３．５樣本間基因表達分布圖??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．５?Ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ....

本文編號：3973529