耐輻射動(dòng)球菌(Kineococcus radiotolerans,K.radiotolerans)是一種從核污染環(huán)境中分離出來的可在γ射線、強(qiáng)堿、高鹽、干旱、高金屬離子濃度、高滲透壓及高化學(xué)毒性等嚴(yán)酷環(huán)境中存活的革蘭氏陽性抗輻射菌。K.radiotolerans可應(yīng)用于環(huán)境保護(hù)和生物修復(fù)等領(lǐng)域,但其分子基礎(chǔ)及作用機(jī)制尚未明確。通過具高效性和準(zhǔn)確性的深度測(cè)序(RNA-seq)技術(shù)對(duì)K.radiotolerans未處理組(Wild-type Sample,WS)和 4.5 kGy 輻照劑量處理組(Radiation-induced Sample,RS)的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序,明確該菌在輻射誘導(dǎo)之后相關(guān)基因的差異表達(dá)情況,初步探索其抗輻射的分子調(diào)控機(jī)理,并為其調(diào)控研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。本研究分別選取WS和RS進(jìn)行總RNA提取和cDNA文庫構(gòu)建,通過Illumina Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)對(duì)兩個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序,利用TopHat軟件將測(cè)序結(jié)果中高質(zhì)量的有效測(cè)序讀數(shù)與K.radiotolerans全基因組進(jìn)行匹配,用DEGseq軟件計(jì)算并分析兩個(gè)樣本中各基因的標(biāo)準(zhǔn)表達(dá)量(FPKM值)及表達(dá)差異性,...

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１耐輻射動(dòng)球菌在ＰＴＹＧ平板上的形態(tài)

ｏ／ｅｒａｍ’，ｒａＪ／ｏ／ｏ／ｅｒａｍ’）ＳＲＳ３０２Ｉ６１?菌株?１〇��；２００２年??ＰＷｌｌｉｐｓ等１１１旨次從薩凡納河岸含Ｆｅ、Ａｌ、Ｓｉ、Ｃａ、Ｆ、Ｋ及其他堿性ｆｆｌ離ｆ？的強(qiáng)堿、高鹽和??放射性核素及其他一些核裂變產(chǎn)物等高放射性廢棄物中分離出來的一種耐輻射球菌。??....

圖２．２?ＰＣＲ富集產(chǎn)物電泳結(jié)果??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｐｒｏｄｕｃｔｓ??

浙江理Ｔ．人學(xué)碩．丨：學(xué)位論文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術(shù)的耐輻射動(dòng)球菌在輻射脅迫下差異表達(dá)基因的篩選和驗(yàn)ｉｊＨ??３．１．２凝膠電泳檢測(cè)??將提取的ＷＳ和ＲＳ總ＲＮＡ進(jìn)行Ｉ％ＴＢＥ瓊脂糖凝膠電泳，丨－：樣Ｓ均為５００?ｎｇ，結(jié)??采如圖２．１。從電泳結(jié)果Ｗ出，人？總ＲＮＡ完整，無明....

圖２．１菌株ＷＳ和ＲＳ總ＲＮＡ凝膠電泳??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．１?Ｔｈｅ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｉｎ?ＷＳ?ａｎｄ?ＲＳ??

浙江理Ｔ．人學(xué)碩．丨：學(xué)位論文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術(shù)的耐輻射動(dòng)球菌在輻射脅迫下差異表達(dá)基因的篩選和驗(yàn)ｉｊＨ??３．１．２凝膠電泳檢測(cè)??將提取的ＷＳ和ＲＳ總ＲＮＡ進(jìn)行Ｉ％ＴＢＥ瓊脂糖凝膠電泳，丨－：樣Ｓ均為５００?ｎｇ，結(jié)??采如圖２．１。從電泳結(jié)果Ｗ出，人？總ＲＮＡ完整，無明....

圖３．６丨ＧＶ分析差異表達(dá)基因（ｍｖｌ）??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．６?Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ?ｇｅｎｅ?ｅ＼ｐｒｅｓｓｉｏｎ（ｒ＾ｃ＼４）?ｂｙ?ＩＧＶ??３１??

浙江理Ｔ：人學(xué)碩Ｉ：學(xué)位論文?基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術(shù)的耐輻射動(dòng)球菌在輻射脅迫下差異表達(dá)基因的篩選和驗(yàn)證??ｇｅｎｅｓ??ｌｅ－０５??；Ｖ??ＲＳ??ＷＳ?ｌｅ＋０１?ｌｅ＋ＯＢ?ｌｅ＋０５??圖３．５樣本間基因表達(dá)分布圖??Ｆｉｇｕｒｅ．?３．５?Ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ....

本文編號(hào)：3973529