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基于分子模擬與微衛(wèi)星的微生物酶解木質(zhì)素機(jī)制及基因組特征研究

發(fā)布時(shí)間:2024-03-31 06:17
  微生物與環(huán)境保護(hù)及人類健康的關(guān)系是當(dāng)前研究的熱點(diǎn)。自然界中的微生物可劃分為與污染物降解有關(guān)的微生物及與污染物降解無(wú)關(guān)的微生物。與污染物降解有關(guān)的微生物可直接應(yīng)用于污染物的分解。一些與污染物降解無(wú)關(guān)的微生物例如大腸桿菌(Escherichia coli)可用于環(huán)境監(jiān)測(cè),而另外一些例如人類免疫缺陷病毒1型(Human Immunodeficiency Virus Type1,HIV-1)和丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)威脅人類的健康。研究微生物酶解污染物的機(jī)制、微生物基因組或其小RNA的組織規(guī)律或序列差異,可以從根本上提高我們對(duì)污染物降解進(jìn)程、微生物基因組進(jìn)化和調(diào)控的理解,對(duì)微生物降解污染物效率的提高、環(huán)境監(jiān)測(cè)過(guò)程中微生物的鑒定及微生物引發(fā)的疾病的治療、控制都具有非常重要的意義。 木質(zhì)素是一種極難降解的生物高聚物。它的累積引發(fā)了嚴(yán)重的環(huán)境污染問(wèn)題。微生物可通過(guò)分泌木質(zhì)素降解酶分解木質(zhì)素廢物。該降解能力與木質(zhì)素降解酶與木質(zhì)素之間的相互作用有關(guān)。木質(zhì)素降解酶主要包括漆酶(laccase,Lac)、木質(zhì)素過(guò)氧化物酶(lignin peroxidase, LiP)和錳過(guò)...

【文章頁(yè)數(shù)】:154 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:博士

【部分圖文】:

圖1.1本研究技術(shù)路線圖

圖1.1本研究技術(shù)路線圖

博士學(xué)位論文率較高,而CG/GC,CGA/AGC,AAC/CAA和GCT/TCG極少出現(xiàn)文結(jié)構(gòu)與主要內(nèi)容題背景界中的微生物分為兩類:與污染物降解有關(guān)的微生物及與污染物降物。自然界中與污染物降解有關(guān)的微生物種類繁多,有的與木質(zhì)素的與纖維素降解有關(guān),有的與農(nóng)藥降解有關(guān),有....


圖2.1底物在最優(yōu)的Lac-lignin,LiP-lignin和MnP-lignin復(fù)合物中的結(jié)合口袋及結(jié)合取向

圖2.1底物在最優(yōu)的Lac-lignin,LiP-lignin和MnP-lignin復(fù)合物中的結(jié)合口袋及結(jié)合取向

或Lac-lignin的可比。特別地,無(wú)論標(biāo)準(zhǔn)是基于MolDock評(píng)分函數(shù)還是Re-Ranking評(píng)分函數(shù),復(fù)合物L(fēng)iP-lignin和MnP-lignin的分值比復(fù)合物L(fēng)ac-lignin更低。Lac的對(duì)接取向與LiP和MnP的對(duì)接取向不同(圖2.1)。在復(fù)合物L(fēng)ac-li....


圖2.2木質(zhì)素降解酶與底物之間結(jié)合模式的3D模型(顏色:綠色,木質(zhì)素降解酶;藍(lán)色,底物)

圖2.2木質(zhì)素降解酶與底物之間結(jié)合模式的3D模型(顏色:綠色,木質(zhì)素降解酶;藍(lán)色,底物)

-28-2.2.2相互作用分析和分子動(dòng)力學(xué)模擬底物與三個(gè)木質(zhì)素降解酶的最佳結(jié)合模式如圖2.2所示。不同的木質(zhì)素降解酶降解木質(zhì)素的能力存在差異[8]。該差異在一定程度上與木質(zhì)素降解酶和木質(zhì)素之間不同的相互作用有關(guān)[9]。復(fù)合物L(fēng)ac-lignin,LiP-lignin和MnP....


圖2.3木質(zhì)素降解酶與底物之間聯(lián)系的數(shù)量Figure2.3Numberoflignin-enzymecontactsinthebestdockingLac-lignin,LiP-ligninandMnP-lignincomplexes.Analyzedligand–proteincontactsincludehydrogenbonding(Hb),

圖2.3木質(zhì)素降解酶與底物之間聯(lián)系的數(shù)量Figure2.3Numberoflignin-enzymecontactsinthebestdockingLac-lignin,LiP-ligninandMnP-lignincomplexes.Analyzedligand–proteincontactsincludehydrogenbonding(Hb),

圖2.3木質(zhì)素降解酶與底物之間聯(lián)系的數(shù)量ure2.3Numberoflignin-enzymecontactsinthebestdockingLac-lignin,LiP-ligninnP-lignincomplexes.Analyzedligan....



本文編號(hào):3943577

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