基于分子對接的漆酶和辣根過氧化物酶與酚類污染物相互作用機制的研究
發(fā)布時間：2021-11-19 02:15
利用污染物降解酶處理環(huán)境污染是高效和綠色的污染控制方法,是當(dāng)前環(huán)境保護研究的熱點。實驗研究為利用生物酶處理污染物提供了科學(xué)依據(jù),但是難以探究酶和污染物相互作用的分子機制。分子對接能研究分子間的微觀相互作用,因此將分子對接技術(shù)應(yīng)用于研究環(huán)境保護領(lǐng)域的污染物降解酶對污染物的作用機制,對于探討污染物降解酶和污染底物的結(jié)合模式和相互作用,深入理解污染物的酶解過程非常重要,是解決環(huán)境問題的新方法和新思路。分子對接技術(shù)起初應(yīng)用于醫(yī)藥領(lǐng)域的虛擬篩選和藥物設(shè)計,是一種可以對受體和配體的結(jié)合模式進行預(yù)測和優(yōu)化的方法。分子對接運算速度快而且結(jié)果可靠,不僅可以揭示受體和配體結(jié)合的合理分子機制,還能節(jié)省科研經(jīng)費和實驗精力。本研究利用分子對接方法,選取典型的污染物降解酶Trametes versicolor（T.versicolor）漆酶和辣根過氧化物酶（horseradish peroxidase,HRP）,分別研究了T.versicolor漆酶與壬基酚（NP）、辛基酚（OP）和氯酚（CP）以及HRP與CP的相互作用情況,從結(jié)合模式、空間相互作用、總相互作用、結(jié)合親和力、氫鍵、疏水作用等方面研究了污染降解酶和...
【文章來源】：湖南大學(xué)湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：166 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
T.versicolor漆酶與壬基酚對接示意圖
57. 6 T. versicolor 漆酶和壬基酚同分異構(gòu)體對接復(fù)合物中的氫鍵和疏水B，C，D，E，F(xiàn)，G，H，I，J 和 K 分別表示 LAC-2NP，LAC-3NP，L
酶蛋白結(jié)構(gòu)經(jīng)過 MVD 軟件的分子準(zhǔn)備功能進行評估和優(yōu)化處理。3.2.2 辛基酚同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)（1）辛基酚結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)備OPs 結(jié)構(gòu)來自于 PubChem 數(shù)據(jù)庫 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/。OP 同分異構(gòu)體性質(zhì)來自 CAS 數(shù)據(jù)庫 http://www.cas.org/，詳細(xì)信息如表 3.1 和表 3.2。（2）辛基酚結(jié)構(gòu)能量最小化處理OP 同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)運用 Austin Model1 方法進行能量最小化處理[149]。3.2.3 Trametes versicolor 漆酶與辛基酚同分異構(gòu)體的分子對接分析方法本研究通過分子對接方法，探討了 T. versicolor 漆酶與 OPs 結(jié)合的相互作用情況，根據(jù) T. versicolor 漆酶和 OPs 對接構(gòu)象通過打分函數(shù)排序，得出最佳對接構(gòu)像。通過考察 T. versicolor 漆酶和 OPs 結(jié)合的復(fù)合物構(gòu)像輪廓和結(jié)合取向、空間作用能量、結(jié)合親和力、氫鍵、疏水作用等，多角度分析漆酶和 OPs 相互作用的機制。T. versicolor 漆酶與 OPs 的對接示意圖如圖 3.1。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]超順磁性氧化石墨烯復(fù)合材料固定辣根過氧化物酶催化去除氯酚（英文）[J]. 常青,江國棟,唐和清,李娜,黃佳,吳來燕. 催化學(xué)報. 2015(07)
[2]南極假絲酵母在納米聚苯乙烯上的共價固載及其在微波輔助酯化反應(yīng)中的應(yīng)用（英文）[J]. Attaullah Bukhari,Ani Idris,Madiha Atta,Teo Chee Loong. 催化學(xué)報. 2014(09)
[3]漆酶/香草醛體系生物降解毒死蜱影響因素的研究[J]. 汪敏敏,趙林果,謝慧芳. 環(huán)境污染與防治. 2012(08)
[4]Photocatalytic degradation of 4-chlorophenol under P-modified TiO2/UV system: Kinetics, intermediates, phytotoxicity and acute toxicity[J]. Kais Elghniji,Olfa Hentati,Najwa Mlaik,Ayman Mahfoudh,Mohamed Ksibi. Journal of Environmental Sciences. 2012(03)
[5]漆酶催化氧化水中有機污染物[J]. 李陽,蔣國翔,牛軍峰,王穎,呼麗娟. 化學(xué)進展. 2009(10)
本文編號：3504079
【文章來源】：湖南大學(xué)湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：166 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
T.versicolor漆酶與壬基酚對接示意圖
57. 6 T. versicolor 漆酶和壬基酚同分異構(gòu)體對接復(fù)合物中的氫鍵和疏水B，C，D，E，F(xiàn)，G，H，I，J 和 K 分別表示 LAC-2NP，LAC-3NP，L
酶蛋白結(jié)構(gòu)經(jīng)過 MVD 軟件的分子準(zhǔn)備功能進行評估和優(yōu)化處理。3.2.2 辛基酚同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)（1）辛基酚結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)備OPs 結(jié)構(gòu)來自于 PubChem 數(shù)據(jù)庫 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/。OP 同分異構(gòu)體性質(zhì)來自 CAS 數(shù)據(jù)庫 http://www.cas.org/，詳細(xì)信息如表 3.1 和表 3.2。（2）辛基酚結(jié)構(gòu)能量最小化處理OP 同分異構(gòu)體結(jié)構(gòu)運用 Austin Model1 方法進行能量最小化處理[149]。3.2.3 Trametes versicolor 漆酶與辛基酚同分異構(gòu)體的分子對接分析方法本研究通過分子對接方法，探討了 T. versicolor 漆酶與 OPs 結(jié)合的相互作用情況，根據(jù) T. versicolor 漆酶和 OPs 對接構(gòu)象通過打分函數(shù)排序，得出最佳對接構(gòu)像。通過考察 T. versicolor 漆酶和 OPs 結(jié)合的復(fù)合物構(gòu)像輪廓和結(jié)合取向、空間作用能量、結(jié)合親和力、氫鍵、疏水作用等，多角度分析漆酶和 OPs 相互作用的機制。T. versicolor 漆酶與 OPs 的對接示意圖如圖 3.1。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]超順磁性氧化石墨烯復(fù)合材料固定辣根過氧化物酶催化去除氯酚（英文）[J]. 常青,江國棟,唐和清,李娜,黃佳,吳來燕. 催化學(xué)報. 2015(07)
[2]南極假絲酵母在納米聚苯乙烯上的共價固載及其在微波輔助酯化反應(yīng)中的應(yīng)用（英文）[J]. Attaullah Bukhari,Ani Idris,Madiha Atta,Teo Chee Loong. 催化學(xué)報. 2014(09)
[3]漆酶/香草醛體系生物降解毒死蜱影響因素的研究[J]. 汪敏敏,趙林果,謝慧芳. 環(huán)境污染與防治. 2012(08)
[4]Photocatalytic degradation of 4-chlorophenol under P-modified TiO2/UV system: Kinetics, intermediates, phytotoxicity and acute toxicity[J]. Kais Elghniji,Olfa Hentati,Najwa Mlaik,Ayman Mahfoudh,Mohamed Ksibi. Journal of Environmental Sciences. 2012(03)
[5]漆酶催化氧化水中有機污染物[J]. 李陽,蔣國翔,牛軍峰,王穎,呼麗娟. 化學(xué)進展. 2009(10)
本文編號：3504079
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