本文選題：生物信息學(xué)　切入點：基因芯片　出處：《科學(xué)技術(shù)與工程》2017年31期

【摘要】：ahd A1c基因是鞘氨醇單胞菌降解多環(huán)芳烴中的關(guān)鍵基因。為了解鞘氨醇單胞菌ahd A1c基因基本特性,運(yùn)用生物信息學(xué)方法預(yù)測分析其氨基酸理化性質(zhì)、同源性、蛋白二三級結(jié)構(gòu)、KEGG通路等。結(jié)果表明,ahd A1c基因編碼區(qū)全長1 263 bp,編碼420個氨基酸,與xylk基因、bph A1c基因的同源性均在90%以上;同源性較高;ahd A1c蛋白具有親水性和穩(wěn)定性,有31個磷酸化位點,2個保守區(qū)域,有跨膜區(qū),無規(guī)則卷曲是二三級結(jié)構(gòu)中最主要結(jié)構(gòu)元件;KEGG分析表明ahd A1c蛋白編碼水楊酸羥化酶。為進(jìn)一步研究多環(huán)芳烴的降解機(jī)理奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Ahd A1c is a key gene of Sphingomonas degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons in solution. In order to basic characteristics of Sphingomonas sp. ahd A1c gene, using bioinformatics prediction and analysis of the physicochemical properties of amino acid, protein homology method, two or three stage structure, KEGG pathway. The results show that the ahd encoding region of A1c gene was 1263 BP, encoding 420 amino acids, and xylk gene, the homology was more than 90% BPH A1c gene; homology; ahd A1c protein is hydrophilic and stability, there are 31 phosphorylation sites, 2 conserved regions, a transmembrane region, random coil is the main structural elements of two or three level structure; KEGG analysis showed that ahd A1c protein encoding salicylate hydroxylase. Lay the foundation for further study on the mechanism of degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons.

【作者單位】： 中北大學(xué)化工與環(huán)境學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年基金(41401355) 山西省青年科技研究基金(2014021034-2,2015021053)資助
【分類號】：X172

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本文編號：1696133