基因邏輯網(wǎng)絡(luò)是國(guó)際上引人注目的新興領(lǐng)域,已經(jīng)滲透到數(shù)理、生命、工程等眾多領(lǐng)域。數(shù)據(jù)分析和理論方法成為理論生物學(xué)研究中探索生物機(jī)理的重要途徑,也是人類認(rèn)識(shí)自然科學(xué)世界的重要工具。特別是對(duì)于基因復(fù)雜的功能系統(tǒng),建立基因網(wǎng)絡(luò)這種理論方法的意義更為突出。 2004年,Bowers在蛋白質(zhì)相互作用的分析中引入了高階邏輯關(guān)系,從而建立了系統(tǒng)發(fā)生譜數(shù)據(jù)的邏輯分析(LAPP)的系統(tǒng)方法,可以揭示網(wǎng)絡(luò)中元素之間的一些更深入的邏輯關(guān)系。LAPP和傳統(tǒng)建立基因邏輯網(wǎng)絡(luò)模型的方法不同,它給出了一個(gè)從復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的元素(或部件)的表達(dá)數(shù)據(jù)出發(fā),通過(guò)邏輯分析,找到元素之間的邏輯關(guān)聯(lián)性的建模方法。這種方法能夠從蛋白質(zhì)表達(dá)譜數(shù)據(jù)出發(fā),利用信息熵的算法發(fā)現(xiàn)兩種蛋白對(duì)一種蛋白的聯(lián)合作用,對(duì)于發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)之間的新的作用機(jī)理有重要意義。它對(duì)網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的發(fā)展有相當(dāng)?shù)囊饬x。 本文借鑒Bowers的LAPP方法,構(gòu)建了擬南芥芽部基因在不同刺激下的邏輯網(wǎng)絡(luò),并對(duì)網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)力學(xué)進(jìn)行了分析,具體如下: 理論上,改進(jìn)原有發(fā)掘邏輯關(guān)系的U值算法,給出支持度的概念,以此得到更精確的結(jié)果。給出用基因邏輯網(wǎng)絡(luò)解決實(shí)際問(wèn)題的一般步驟。 ...

【文章頁(yè)數(shù)】：60 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 基因邏輯網(wǎng)絡(luò)
    1.2 系統(tǒng)發(fā)生譜的邏輯分析方法（LAPP）
    1.3 高階邏輯方法
        1.3.1 貝葉斯方法
        1.3.2 概率方法
        1.3.3 數(shù)據(jù)挖掘方法
        1.3.4 三階邏輯
        1.3.5 與取值有關(guān)的邏輯關(guān)系
    1.4 基因邏輯網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用
    1.5 擬南芥邏輯網(wǎng)絡(luò)
    1.6 本文的工作
第2章 擬南芥逆向基因網(wǎng)絡(luò)的建立與分析
    2.1 樣本和數(shù)據(jù)來(lái)源
    2.2 擬南芥相關(guān)（互信息）網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    2.3 基于LAPP 方法的擬南芥邏輯網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.3.1 數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.3.2 擬南芥芽部基因邏輯網(wǎng)絡(luò)
        2.3.3 基因高、低階邏輯關(guān)系類型
        2.3.4 邏輯網(wǎng)絡(luò)的顯著性檢驗(yàn)
    2.4 結(jié)論與討論
第3章 擬南芥基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的布爾動(dòng)力學(xué)分析
    3.1 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)與布爾動(dòng)力學(xué)簡(jiǎn)介
    3.2 擬南芥芽部基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)力學(xué)分析
    3.3 擬南芥芽部基因網(wǎng)絡(luò)的調(diào)控路徑
    3.4 結(jié)論和討論
第4章 結(jié)論與進(jìn)一步研究方向
    4.1 結(jié)論
    4.2 進(jìn)一步研究方向
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號(hào)：4034037