系統(tǒng)發(fā)生學的研究已經(jīng)有幾十年的歷史了。目前,大部分的研究都是基于DNA或者蛋白質(zhì)序列進行系統(tǒng)發(fā)生分析的,并且針對不同物種演示它們的進化歷史。這些方法最終都將產(chǎn)生一棵系統(tǒng)發(fā)生樹,樹的節(jié)點代表物種,而節(jié)點間的連邊代表物種間的進化關(guān)系。由于基因序列數(shù)據(jù)的不足,通過分析不同物種的代謝網(wǎng)絡(luò)可以更深層次的發(fā)現(xiàn)這些物種的進化和類別關(guān)系。代謝網(wǎng)絡(luò)的拓撲結(jié)構(gòu)可以用酶圖來表示,本文提出一種新的酶圖間距離的計算方法,用圖的頂點間相似度和圖的結(jié)構(gòu)關(guān)系來定義圖的距離。使用這樣的方法,可以比較包含一類網(wǎng)絡(luò)或一組網(wǎng)絡(luò)的不同物種,得到的距離矩陣可以用來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。在不同物種的檸檬酸代謝網(wǎng)絡(luò)中應(yīng)用這種方法,實驗得到的系統(tǒng)發(fā)生樹與真實的結(jié)果十分接近,而且還能顯示它們的進化關(guān)系。 

【文章頁數(shù)】：47 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的研究歷史和現(xiàn)狀
    1.3 本文的主要研究內(nèi)容和論文結(jié)構(gòu)
第二章 系統(tǒng)發(fā)生樹的簡介
    2.1 系統(tǒng)發(fā)生樹的定義和分類
    2.2 系統(tǒng)發(fā)生樹的性質(zhì)
第三章 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的方法
    3.1 問題描述和分子數(shù)據(jù)
    3.2 基于距離的系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建算法
        3.2.1 最小二乘法
        3.2.2 連鎖聚類方法及非加權(quán)分組平均法
        3.2.3 距離變換法
        3.2.4 鄰近歸并法
    3.3 基于特征的系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建算法
        3.3.1 最大簡約法
        3.3.2 最大似然法
    3.4 系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性
        3.4.1 自舉檢驗
        3.4.2 參數(shù)檢驗
第四章 基于代謝網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建
    4.1 基本概念及問題描述
    4.2 從代謝網(wǎng)絡(luò)中提取酶圖
    4.3 頂點相似性計算
        4.3.1 任意兩個頂點間相似性
        4.3.2 二分圖匹配
        4.3.3 匹配頂點間相似性
    4.4 圖相似性計算
    4.5 改進的圖相似性計算
    4.6 基于距離矩陣構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹
    4.7 結(jié)果分析與比較
第五章 總結(jié)與期望
致謝
參考文獻
攻讀碩士期間發(fā)表的文章



本文編號：3662194