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聚類算法研究及其在網(wǎng)絡模塊性分析中的應用

發(fā)布時間:2021-11-20 10:49
  隨著信息化社會的發(fā)展,大多數(shù)復雜系統(tǒng)都可以建模成一個網(wǎng)絡模型(圖模型),通過對該網(wǎng)絡模型的研究,可以有利地幫助我們理解復雜系統(tǒng)的功能。復雜系統(tǒng)的一個重要特性就是“模塊性”(Modularity),這種特性表現(xiàn)為模塊內(nèi)部的節(jié)點連接比較稠密,模塊間的節(jié)點連接比較稀疏。在社會網(wǎng)絡中稱之為“社團結(jié)構(gòu)”(Community Structure),生物網(wǎng)絡中稱之為“功能模塊”(Functional Modules)。通過對這種特性的研究可以更好的幫助我們理解復雜系統(tǒng)的機能和特性,且對復雜系統(tǒng)的控制、預測、變化和發(fā)展都具有至關重要的意義。針對復雜網(wǎng)絡系統(tǒng)的模塊性,本文著重研究網(wǎng)絡模塊性分析的聚類算法及其在真實網(wǎng)絡中的應用:(1)提出一種基于模糊聚類的網(wǎng)絡模塊性分析方法。與現(xiàn)有算法不同之處在于,該算法不再通過一個圖模型上的遍歷搜索來尋找模塊,即社團結(jié)構(gòu),而是把網(wǎng)絡建模成一個模糊關系模型,通過模糊關系的運算(模糊關系的合成)來達到識別社團結(jié)構(gòu)的目的;谏鐖F結(jié)構(gòu)與等價類的共性(自反性、對稱性、傳遞性),建立起兩者間的一一對應關系,即把社團結(jié)構(gòu)映射為滿足某一等價關系的等價類。在人工網(wǎng)絡與真實網(wǎng)絡中的測試結(jié)... 

【文章來源】:西安電子科技大學陜西省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:114 頁

【學位級別】:博士

【部分圖文】:

聚類算法研究及其在網(wǎng)絡模塊性分析中的應用


社團結(jié)構(gòu)的示意圖,用虛線表示,(a)非重疊社團;(b)重疊社團[1,2,7,23]

組織結(jié)構(gòu)圖,研究思路,疾病,共表達


第一章 緒論 塊做為候選的疾病相關模塊優(yōu)于 MCL 算法與 MCODE 算法,同時還發(fā)現(xiàn)數(shù)疾病相關模塊都由 Tissue-Specific Genes 組成,且只在少部分人類組uman Tissues)共表達(Co-Expressed),少數(shù)疾病相關模塊由 House Keepenes (Maintenance Genes)組成,且在大部分人類組織共表達。文數(shù)據(jù)庫 2011年 第12期 基礎科學輯 A

交互網(wǎng)絡,模糊關系,社團,等價類


聚類算法研究及其在網(wǎng)絡模塊性分析中的應用 圖3.1 模糊聚類算法識別社團結(jié)構(gòu)的過程;(a) 交互網(wǎng)絡;(b) 交互網(wǎng)絡到模糊關系的映射(自反的,對稱的);(c) 模糊關系的傳遞閉包;(d) 整個網(wǎng)絡被看成是一個等價類,也就是一個非重疊的社團結(jié)構(gòu); (e) 6個等價類,每一個節(jié)點是一個非重疊的社團結(jié)構(gòu);(f) 4個等價類;(g) 3個重疊社團的骨架;(h) 3個重疊社團,并用不同的顏色標明。黑色虛線圓圈表示的是等價類,且對應非重疊的社團,黑線表示交互網(wǎng)絡里的邊,紅色有向虛線表示節(jié)點間的模糊關系第12期 孫鵬崗:聚類算法研究及其在網(wǎng)絡模塊性分析中的應用 A003-1-29

【參考文獻】:
期刊論文
[1]實際網(wǎng)絡的復雜特征分析[J]. 魏秋紅,王紅.  信息技術與信息化. 2009(01)
[2]蛋白質(zhì)相互作用的研究方法[J]. 陳謀通,劉建軍.  生物技術通報. 2009(01)
[3]復雜網(wǎng)絡聚類方法[J]. 楊博,劉大有,金弟,馬海賓.  軟件學報. 2009(01)
[4]蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡進化分析研究進展[J]. 劉中揚,李棟,朱云平,賀福初.  生物化學與生物物理進展. 2009(01)
[5]蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫及其應用[J]. 余鑫煜,許正平.  中國生物化學與分子生物學報. 2008(03)
[6]大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用研究方法進展[J]. 關薇,王建,賀福初.  生命科學. 2006(05)
[7]復雜網(wǎng)絡中的社團結(jié)構(gòu)分析算法研究綜述[J]. 解(亻芻),汪小帆.  復雜系統(tǒng)與復雜性科學. 2005(03)



本文編號:3507165

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