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聚類算法研究及其在網(wǎng)絡(luò)模塊性分析中的應(yīng)用

發(fā)布時(shí)間:2021-11-20 10:49
  隨著信息化社會(huì)的發(fā)展,大多數(shù)復(fù)雜系統(tǒng)都可以建模成一個(gè)網(wǎng)絡(luò)模型(圖模型),通過對(duì)該網(wǎng)絡(luò)模型的研究,可以有利地幫助我們理解復(fù)雜系統(tǒng)的功能。復(fù)雜系統(tǒng)的一個(gè)重要特性就是“模塊性”(Modularity),這種特性表現(xiàn)為模塊內(nèi)部的節(jié)點(diǎn)連接比較稠密,模塊間的節(jié)點(diǎn)連接比較稀疏。在社會(huì)網(wǎng)絡(luò)中稱之為“社團(tuán)結(jié)構(gòu)”(Community Structure),生物網(wǎng)絡(luò)中稱之為“功能模塊”(Functional Modules)。通過對(duì)這種特性的研究可以更好的幫助我們理解復(fù)雜系統(tǒng)的機(jī)能和特性,且對(duì)復(fù)雜系統(tǒng)的控制、預(yù)測(cè)、變化和發(fā)展都具有至關(guān)重要的意義。針對(duì)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)的模塊性,本文著重研究網(wǎng)絡(luò)模塊性分析的聚類算法及其在真實(shí)網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用:(1)提出一種基于模糊聚類的網(wǎng)絡(luò)模塊性分析方法。與現(xiàn)有算法不同之處在于,該算法不再通過一個(gè)圖模型上的遍歷搜索來尋找模塊,即社團(tuán)結(jié)構(gòu),而是把網(wǎng)絡(luò)建模成一個(gè)模糊關(guān)系模型,通過模糊關(guān)系的運(yùn)算(模糊關(guān)系的合成)來達(dá)到識(shí)別社團(tuán)結(jié)構(gòu)的目的;谏鐖F(tuán)結(jié)構(gòu)與等價(jià)類的共性(自反性、對(duì)稱性、傳遞性),建立起兩者間的一一對(duì)應(yīng)關(guān)系,即把社團(tuán)結(jié)構(gòu)映射為滿足某一等價(jià)關(guān)系的等價(jià)類。在人工網(wǎng)絡(luò)與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)中的測(cè)試結(jié)... 

【文章來源】:西安電子科技大學(xué)陜西省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:114 頁

【學(xué)位級(jí)別】:博士

【部分圖文】:

聚類算法研究及其在網(wǎng)絡(luò)模塊性分析中的應(yīng)用


社團(tuán)結(jié)構(gòu)的示意圖,用虛線表示,(a)非重疊社團(tuán);(b)重疊社團(tuán)[1,2,7,23]

組織結(jié)構(gòu)圖,研究思路,疾病,共表達(dá)


第一章 緒論 塊做為候選的疾病相關(guān)模塊優(yōu)于 MCL 算法與 MCODE 算法,同時(shí)還發(fā)現(xiàn)數(shù)疾病相關(guān)模塊都由 Tissue-Specific Genes 組成,且只在少部分人類組uman Tissues)共表達(dá)(Co-Expressed),少數(shù)疾病相關(guān)模塊由 House Keepenes (Maintenance Genes)組成,且在大部分人類組織共表達(dá)。文數(shù)據(jù)庫 2011年 第12期 基礎(chǔ)科學(xué)輯 A

交互網(wǎng)絡(luò),模糊關(guān)系,社團(tuán),等價(jià)類


聚類算法研究及其在網(wǎng)絡(luò)模塊性分析中的應(yīng)用 圖3.1 模糊聚類算法識(shí)別社團(tuán)結(jié)構(gòu)的過程;(a) 交互網(wǎng)絡(luò);(b) 交互網(wǎng)絡(luò)到模糊關(guān)系的映射(自反的,對(duì)稱的);(c) 模糊關(guān)系的傳遞閉包;(d) 整個(gè)網(wǎng)絡(luò)被看成是一個(gè)等價(jià)類,也就是一個(gè)非重疊的社團(tuán)結(jié)構(gòu); (e) 6個(gè)等價(jià)類,每一個(gè)節(jié)點(diǎn)是一個(gè)非重疊的社團(tuán)結(jié)構(gòu);(f) 4個(gè)等價(jià)類;(g) 3個(gè)重疊社團(tuán)的骨架;(h) 3個(gè)重疊社團(tuán),并用不同的顏色標(biāo)明。黑色虛線圓圈表示的是等價(jià)類,且對(duì)應(yīng)非重疊的社團(tuán),黑線表示交互網(wǎng)絡(luò)里的邊,紅色有向虛線表示節(jié)點(diǎn)間的模糊關(guān)系第12期 孫鵬崗:聚類算法研究及其在網(wǎng)絡(luò)模塊性分析中的應(yīng)用 A003-1-29

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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[4]蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化分析研究進(jìn)展[J]. 劉中揚(yáng),李棟,朱云平,賀福初.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2009(01)
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[6]大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用研究方法進(jìn)展[J]. 關(guān)薇,王建,賀福初.  生命科學(xué). 2006(05)
[7]復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的社團(tuán)結(jié)構(gòu)分析算法研究綜述[J]. 解(亻芻),汪小帆.  復(fù)雜系統(tǒng)與復(fù)雜性科學(xué). 2005(03)



本文編號(hào):3507165

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