在細胞存活和發(fā)育中,關(guān)鍵蛋白質(zhì)起著不可或缺的作用,可用生物學(xué)實驗方法和計算方法識別關(guān)鍵蛋白質(zhì),前者的優(yōu)點是能夠準確識別關(guān)鍵蛋白質(zhì),但是其不足之處是存在耗時、昂貴且效率低下等;后者的優(yōu)點是能夠快速識別關(guān)鍵蛋白質(zhì)。為了克服生物實驗方法的缺點,許多計算方法先后被提出,這些方法基本可以分為兩類:基于拓撲的計算方法和融合蛋白質(zhì)生物信息的計算方法。前者使用蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓撲特征,后者使用融合蛋白質(zhì)復(fù)合物等多數(shù)據(jù)源來識別關(guān)鍵蛋白質(zhì)。由于蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)不完善等原因,導(dǎo)致現(xiàn)有的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法準確率較低,因此如何提高識別精度,仍是具有挑戰(zhàn)性的工作。本文基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓撲特性,融合蛋白質(zhì)生物信息,提出識別關(guān)鍵蛋白質(zhì)的PSHC、PSLC有效方法。PSHC是一種基于結(jié)構(gòu)洞理論和蛋白質(zhì)復(fù)合物信息,提出的多數(shù)據(jù)源融合關(guān)鍵蛋白識別方法。首先,PSHC方法首次把結(jié)構(gòu)洞理論引入到了關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法中;其次,融合了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和蛋白質(zhì)復(fù)合物兩種數(shù)據(jù)源用于識別關(guān)鍵蛋白質(zhì)。在DIP和Krogan兩個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集上的實驗結(jié)果表明,與其他傳統(tǒng)方法相比,PSHC方法可以識別更多關(guān)鍵蛋白質(zhì),識別準確率更高...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖3 PSHC與其他方法在DIP數(shù)據(jù)集上識別正確的關(guān)鍵蛋白質(zhì)數(shù)量

對于圖3所示的DIP數(shù)據(jù)集,在前100,200,300,400,500,600個關(guān)鍵蛋白質(zhì)候選集上,PSHC方法分別識別了80,155,224,277,329,369個關(guān)鍵蛋白質(zhì),與其他識別方法相比,PSHC方法識別的關(guān)鍵蛋白質(zhì)數(shù)量最多。當(dāng)選擇前100個作為候選關(guān)鍵蛋白質(zhì)時,PS....

圖2.1MINT數(shù)據(jù)庫

山東工商學(xué)院碩士學(xué)位論文圖2.1MINT數(shù)據(jù)庫下載的MITAB格式文件中，第一列信息代表蛋白質(zhì)A的唯一標(biāo)識符、第二列信息代表蛋白質(zhì)B的唯一標(biāo)識符、第十四列信息代表蛋白質(zhì)A與蛋白質(zhì)B之間的相互作用標(biāo)識符。除此之外，該文件中還包含了許多其他列的信息，例如蛋白質(zhì)對應(yīng)的物種、蛋白質(zhì)對應(yīng)的....

圖3.1結(jié)構(gòu)洞示例圖

山東工商學(xué)院碩士學(xué)位論文圖3.1結(jié)構(gòu)洞示例圖3.2.2拓撲約束指數(shù)根據(jù)“中心性-致死性”法則，節(jié)點度值的高低反映了對應(yīng)節(jié)點在網(wǎng)絡(luò)中的影響能力，度值越高，其對應(yīng)蛋白質(zhì)越傾向于是關(guān)鍵蛋白質(zhì)。但相關(guān)研究發(fā)現(xiàn)，既存在部分度值較高的蛋白質(zhì)不是關(guān)鍵蛋白質(zhì)，也存在部分度值較低的蛋白質(zhì)是關(guān)鍵蛋白....

圖3.2拓撲結(jié)構(gòu)圖

山東工商學(xué)院碩士學(xué)位論文圖3.2拓撲結(jié)構(gòu)圖3.2.3關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法PSHC通過拓撲約束指數(shù)（SD）和蛋白質(zhì)復(fù)合物的度中心性（IDC）的線性加權(quán)組合，提出一種新的方法PSHC。PSHC包含兩點：（1）以節(jié)點的度和其鄰居信息為參數(shù)的拓撲關(guān)鍵性指數(shù)SD。（2）以蛋白質(zhì)復(fù)合物中蛋白質(zhì)....

本文編號：4024980