白細(xì)胞介素-12(IL-12)是IL-12家族中非常重要的一員,是一種多功能性細(xì)胞因子,在脊椎動(dòng)物機(jī)體的先天性和獲得性免疫方面都發(fā)揮著重要作用。IL-12是由p35和p40亞基組成的異源二聚體,在微生物感染、自身免疫疾病和癌癥中發(fā)揮作用。獲得性免疫最早出現(xiàn)在低等的魚類,特別地,魚類經(jīng)過(guò)了特異性全基因組復(fù)制后,il12p35和il12p40出現(xiàn)了多個(gè)旁系基因,但il12(il12p35和il12p40)基因在物種中的進(jìn)化地位也尚不明確,這為進(jìn)一步研究IL-12的進(jìn)化與功能機(jī)制帶來(lái)了很大的阻礙。因此探究il12基因在脊椎動(dòng)物中,特別是魚類中的基因信息演變對(duì)IL-12的研究至關(guān)重要。本研究通過(guò)選取脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)的近20種物種,利用這些物種已公布的全基因組數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)生物信息學(xué)的原理和方法對(duì)il12進(jìn)行基因定位、基因結(jié)構(gòu)分析、以及構(gòu)建IL-12p35和IL-12p40蛋白分子的系統(tǒng)進(jìn)化樹,尋找il12基因在進(jìn)化過(guò)程中存在的普適性與特殊性;明確了不同脊椎動(dòng)物il12基因在物種進(jìn)化中的地位;追蹤il12p35和il12p40基因的起源;以物種1R、2R、3R和4R全基因組復(fù)制為時(shí)間軸,首次提出了...

【文章頁(yè)數(shù)】：73 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 白細(xì)胞介素-12(il12)相關(guān)研究
        1.1.1 IL-12 家族概述
        1.1.2 IL-12 的結(jié)構(gòu)和功能
        1.1.3 魚類IL-12的研究進(jìn)展
    1.2 重復(fù)基因與生物進(jìn)化的關(guān)系
    1.3 全基因組復(fù)制(WGD)的研究現(xiàn)狀
        1.3.1 動(dòng)植物全基因組復(fù)制的研究現(xiàn)狀
        1.3.2 魚類特異性全基因組復(fù)制的功能意義
    1.4 本論文的研究?jī)?nèi)容及意義
第二章 生物信息學(xué)分析方法
    2.1 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析
        2.1.1 核酸及蛋白序列的獲取
        2.1.2 氨基酸序列的多序列比對(duì)
        2.1.3 系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建方法
    2.2 對(duì)目的基因進(jìn)行共線性分析
    2.3 基因結(jié)構(gòu)分析
    2.4 氨基酸序列及蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
    2.5 蛋白質(zhì)3D模型構(gòu)建
第三章 il12p35基因信息的進(jìn)化研究
    3.1 實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)
        3.1.1 進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種的確定及其il12p35基因信息的獲取
        3.1.2 進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種IL-12p35的系統(tǒng)進(jìn)化樹
            3.1.2.1 IL-12p35氨基酸序列比對(duì)
            3.1.2.2 IL-12p35蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
            3.1.2.3 構(gòu)建IL-12p35系統(tǒng)進(jìn)化樹
        3.1.3 il12p35基因共線性分析
            3.1.3.1 il12p35基因在其基因組中定位方法
            3.1.3.2 il12p35基因的基因結(jié)構(gòu)分析
        3.1.4 草魚IL-12p35蛋白三維結(jié)構(gòu)建模
    3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及其分析
        3.2.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p35基因信息結(jié)果分析
            3.2.1.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p35基因信息鑒定
            3.2.1.2 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p35基因結(jié)構(gòu)分析
        3.2.2 構(gòu)建IL-12p35系統(tǒng)進(jìn)化樹
            3.2.2.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種IL-12p35氨基酸序列分析
            3.2.2.2 脊椎動(dòng)物IL-12p35系統(tǒng)進(jìn)化樹
        3.2.3 共線性分析il12p35基因的保守性
        3.2.4 草魚IL-12p35蛋白三維結(jié)構(gòu)建模
    3.3 討論
第四章 il12p40基因信息的進(jìn)化研究
    4.1 實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)
        4.1.1 進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p40基因信息的獲取
        4.1.2 進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種IL-12p40系統(tǒng)進(jìn)化樹
            4.1.2.1 IL-12p40氨基酸序列比對(duì)
            4.1.2.2 IL-12p40蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析
            4.1.2.3 構(gòu)建IL-12p40系統(tǒng)進(jìn)化樹
        4.1.3 il12p40基因共線性分析
            4.1.3.1 il12p40基因在基因組中定位方法
            4.1.3.2 il12p40基因的基因結(jié)構(gòu)分析
        4.1.4 草魚IL-12p40蛋白三維結(jié)構(gòu)建模
    4.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及其分析
        4.2.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p40基因信息結(jié)果分析
            4.2.1.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p40基因信息鑒定
            4.2.1.2 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種il12p40基因結(jié)構(gòu)分析
        4.2.2 構(gòu)建IL-12p40系統(tǒng)進(jìn)化樹
            4.2.2.1 脊椎動(dòng)物進(jìn)化節(jié)點(diǎn)物種IL-12p40蛋白結(jié)構(gòu)分析
            4.2.2.2 脊椎動(dòng)物IL-12p40系統(tǒng)進(jìn)化樹
        4.2.3 共線性分析il12p40基因的保守性
        4.2.4 草魚IL-12p40蛋白三維結(jié)構(gòu)建模
    4.3 討論
第五章 IL-12 兩亞基的基因進(jìn)化模型及異構(gòu)體結(jié)構(gòu)分析
    5.1 實(shí)驗(yàn)方法和技術(shù)
        5.1.1 異源異構(gòu)體蛋白三維結(jié)構(gòu)建模
        5.1.2 蛋白結(jié)合能力預(yù)測(cè)分析
    5.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        5.2.1 脊椎動(dòng)物中il12p35和il12p40基因的進(jìn)化模型
        5.2.2 草魚IL-12六種異源異構(gòu)體三維結(jié)構(gòu)建模
        5.2.3 草魚中IL-12p35a/b與IL-12p40a/b/c結(jié)合能力分析
    5.3 討論
第六章 結(jié)論與展望
致謝
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間取得的成果



本文編號(hào)：4004785