CRISPR-Cas系統(tǒng)是細(xì)菌和古菌的RNA介導(dǎo)的適應(yīng)性免疫系統(tǒng),可以針對(duì)性切割外源核酸序列,目前已發(fā)展為使用最為普遍的基因編輯工具。II型CRISPR-Cas的部分亞型(如A、B、C)依賴(lài)于反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)干擾入侵序列及使pre-crRNA成熟。經(jīng)RNA酶III處理后,tracrRNA與crRNA復(fù)合體激活CRISPR相關(guān)核酸內(nèi)切酶Cas9(Csn1)切割位點(diǎn)特異性同源的靶DNA。因此識(shí)別tracrRNA對(duì)于研究開(kāi)發(fā)新的CRISPR-Cas系統(tǒng)的基因組編輯工具有著重要的作用。本文收集了54條已知的tracrRNA構(gòu)成陽(yáng)性訓(xùn)練集,對(duì)已知的tracrRNA隨機(jī)改組,構(gòu)造具有tracrRNA結(jié)構(gòu)特征并且與已有tracrRNA具有相同核苷酸組成的“假tracrRNA”數(shù)據(jù)集,構(gòu)成陰性訓(xùn)練集。通過(guò)偽核苷酸組分PseKNC方法表征原始訓(xùn)練集,作為訓(xùn)練分類(lèi)器的特征數(shù)據(jù)集。采用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法構(gòu)造分類(lèi)器,在訓(xùn)練過(guò)程中,使用留一法交叉檢驗(yàn)評(píng)估分類(lèi)器的性能,使用基于方差分析的特征選擇技術(shù)進(jìn)行特征優(yōu)化,去除模型構(gòu)建過(guò)程中包含的不相關(guān)的冗余特征,最終獲得基于最優(yōu)PseKNC參數(shù)...

【文章頁(yè)數(shù)】：51 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1CRISPR-Cas系統(tǒng)的組織，展示六種主要CRISPR-Cas型的代表操縱子

圖1-1CRISPR-Cas系統(tǒng)的組織，展示六種主要CRISPR-Cas型的代表操縱子。僅存在于某些亞型中的基因以虛線(xiàn)輪廓顯示，參與干擾的基因?yàn)榧t色，參與crRNA的生物發(fā)生的基因?yàn)辄S色，參與適應(yīng)的基因?yàn)樗{(lán)色。顯示tracrRNA相關(guān)基因在II型CRISP....

圖1-2II型CRISPR-Cas9系統(tǒng)示意圖，展示tracrRNA的加工和干擾作用[15]

圖1-1CRISPR-Cas系統(tǒng)的組織，展示六種主要CRISPR-Cas型的代表操縱子。僅存在于某些亞型中的基因以虛線(xiàn)輪廓顯示，參與干擾的基因?yàn)榧t色，參與crRNA的生物發(fā)生的基因?yàn)辄S色，參與適應(yīng)的基因?yàn)樗{(lán)色。顯示tracrRNA相關(guān)基因在II型CRISP....

圖1-3II型干擾復(fù)合物

圖1-3II型干擾復(fù)合物。顯示各核酸的互補(bǔ)區(qū)段，莖環(huán)(SL)，三螺旋等特征[15]。原核生物基因組中tracrRNA的相關(guān)特征和功能是CRISPR-Cas系統(tǒng)研究的組成部分。tracrRNA在結(jié)構(gòu)上具有多樣性，可以形成短莖環(huán)結(jié)構(gòu)(3-6bp)和非規(guī)范堿基對(duì)(eg.....

圖2-12型偽核苷酸PseKNC中特征的關(guān)聯(lián)模式示意圖，顯示

偽核苷酸PseKNC中特征的關(guān)聯(lián)模式示意圖，顯示定a），間隔一組基礎(chǔ)組分的雙組分組（b），間隔兩組基本組分標(biāo)的P等價(jià)于前述文中的基礎(chǔ)組分X，在引文中稱(chēng)之為K-元)和()表示二聯(lián)體堿基對(duì)RiRi+1和Ri+m。含三個(gè)不確定參數(shù)。....

本文編號(hào)：3972959