近年來(lái),蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)規(guī)模快速增長(zhǎng),而由于實(shí)驗(yàn)技術(shù)限制,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的測(cè)定相對(duì)較慢,這使得大量序列信息已知蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)依然是未知的。為解決這一問(wèn)題,很多蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法被研發(fā)出來(lái)。近年來(lái),殘基接觸信息預(yù)測(cè)精度的不斷提高為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)提供了新的思路�；诖�,本文提出了一種新的基于模板的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法CATHER,該算法結(jié)合了傳統(tǒng)的線性信息和深度學(xué)習(xí)算法預(yù)測(cè)出的殘基接觸信息,并根據(jù)目標(biāo)蛋白質(zhì)在模板庫(kù)中的所有比對(duì)結(jié)果,對(duì)模板的排序進(jìn)行了優(yōu)化。在一個(gè)獨(dú)立的測(cè)試集test480和CASP12數(shù)據(jù)集上,本文將CATHER與四種其他預(yù)測(cè)算法進(jìn)行了嚴(yán)格的比較與分析,比較結(jié)果說(shuō)明,CATHER在預(yù)測(cè)難度較高的目標(biāo)蛋白質(zhì)上的預(yù)測(cè)效果明顯優(yōu)于僅使用一種信息的其他四種算法。此外,對(duì)殘基接觸信息貢獻(xiàn)的研究表明,殘基接觸信息不僅可以優(yōu)化目標(biāo)蛋白質(zhì)與與模板結(jié)構(gòu)的比對(duì),還可以優(yōu)化比對(duì)結(jié)果的排序,且殘基接觸圖的預(yù)測(cè)精度越高,效果提升就越明顯。在CASP13比賽中,基于CATHER的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器Yang-server在所有參賽的39支服務(wù)器隊(duì)伍中,在32個(gè)FM蛋白質(zhì)上的預(yù)測(cè)結(jié)果排名前10。基于該算法,本文搭...

【文章頁(yè)數(shù)】：44 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    第一節(jié) 蛋白質(zhì)基礎(chǔ)知識(shí)
    第二節(jié) 蛋白質(zhì)殘基接觸圖
    第三節(jié) 課題研究目的和意義
第二章 材料和方法
    第一節(jié) 數(shù)據(jù)集
        2.1.1 模板庫(kù)
        2.1.2 訓(xùn)練和測(cè)試使用的數(shù)據(jù)集
    第二節(jié) 評(píng)價(jià)指標(biāo)
    第三節(jié) 算法輸入
    第四節(jié) 目標(biāo)蛋白質(zhì)和模板結(jié)構(gòu)的比對(duì)得分
    第五節(jié) 比對(duì)算法流程
    第六節(jié) 排序優(yōu)化
第三章 結(jié)果與討論
    第一節(jié) 參數(shù)選擇
    第二節(jié) CATHER和其他算法的比較
        3.2.1 test480上的比較結(jié)果
        3.2.2 CASP12上的結(jié)果
        3.2.3 CATHER在 CASP13 中的表現(xiàn).
    第三節(jié) 殘基接觸信息的貢獻(xiàn)
    第四節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器CATHER
        3.4.1 服務(wù)器的輸入
        3.4.2 服務(wù)器的輸出
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：3962501