癌癥是由控制細胞功能的基因發(fā)生某些突變而引起的,尤其是控制細胞生長和分裂的基因發(fā)生變化。特定類型突變的檢測有助于癌癥診斷,診斷后也可利用突變來追蹤患者對治療的反應�；蛲蛔儥z測方法有全基因組測序、全外顯子組測序、雜交捕獲以及擴增子捕獲技術。擴增子技術是利用特異性引物對感興趣區(qū)域進行擴增形成富集的DNA文庫,該技術實驗流程的簡化極大的降低了操作人員的專業(yè)門檻,徹底解放人手不足的風險。和擴增子測序技術相比,全基因組和全外顯子組測序費用高,雜交捕獲的實驗過于復雜,過多的人工干預步驟可能會給實驗結果帶來很多的不可控因素,這對于臨床而言是非常致命和不允許的。目前,擴增子捕獲技術已被證明是一個快速、有效的技術,并在新一代高通量測序中發(fā)揮獨特之處,已經產生了許多令人興奮的發(fā)現(xiàn)。隨著多擴增子測序(Multi-Amplicon Sequence,MAS)在遺傳變異檢測中的廣泛應用,需要一種有效的工具來去除reads的引物序列,以確保下游分析的可靠性。雖然目前有一些工具如cur Primers,cutadapt,Alientrimmer,但是它們在去除大規(guī)模的引物在高通量目標基因組測序中的效率和準確性需要...

【文章頁數】：47 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1擴增子測序整體路線，先準備樣本，然后進行文庫構建和靶向區(qū)域的富

大連醫(yī)科大學碩士學位論文11第一章擴增子測序技術的背景介紹1.1什么是擴增子捕獲技術在分子生物學實驗中，擴增子是一段DNA或RNA，是擴增或復制事件的來源或產物4。它可以由人工產生，也可以通過基因復制自然形成。擴增子捕獲測序技術是一種目標區(qū)域高通量測序技術，能夠分析特定基因組區(qū)域....

圖1-1擴增子區(qū)域結構

大連醫(yī)科大學碩士學位論文13則將修剪reads。已開發(fā)的軟件去除大樣本多引物比較困難，主要是處理reads的速度很慢，并經常導致程序中途中斷處理失敗，另外有的軟件只能去除部分引物。其他從reads中清除多余序列的工具，例如Trimmomatic15，則用于去除接頭序列，不適用于去....

圖2-1兩種情況下的reads

大連醫(yī)科大學碩士學位論文14增子的長度低于測序儀的讀長，這種情況下，不僅序列的5"端會出現(xiàn)引物序列，同時序列的3"端還會出現(xiàn)部分或者全部對側引物的反向互補序列。第二種是“正常情況”，由于擴增子的長度大于測序儀的讀長只在序列的5"端會出現(xiàn)引物。本研究的目的是去除這兩種情況下序列上的....

圖2-1，“引物對”框中同一顏色的代表一對引物（前引物和后引物），“外顯子”

大連醫(yī)科大學碩士學位論文15區(qū)域引入錯配或插入（1-堿基）或缺失（1-堿基）的可能性為5％．ii)包含位于2157對擴增子區(qū)域之外的約4.22％非目標區(qū)域的NGSreads。2.2.2測試數據引物引物測試數據集包括2157對引物，引物覆蓋48個癌癥相關基因的外顯子區(qū)域，覆蓋度高達....

本文編號：3959754