碳酸根陰離子自由基(CO3·-)是生物體內(nèi)重要的活性氧物質(zhì)之一,因其具有較強(qiáng)的氧化性,近年來它對DNA的氧化損傷研究越來越受到人們的高度關(guān)注。CO3·-與2’-脫氧鳥苷(2’-dGuo)的反應(yīng)機(jī)理至今還未被理論研究闡明。因此,本論文運(yùn)用密度泛函理論和計(jì)算動(dòng)力學(xué)方法研究了 CO3·-對2’-dGuo的初級氧化損傷機(jī)理,考慮了三種可能的反應(yīng)機(jī)理:自由基加合物形成(RAF)、氫轉(zhuǎn)移(HT)和連續(xù)的電子質(zhì)子轉(zhuǎn)移(SEPT)。1、CO3·-在2’-dGuo堿基部分的C8位的加成反應(yīng)是有利的,而在C4和C5位的加成反應(yīng)可以忽略不計(jì)。CO3·-加到C8位的反應(yīng)速率常數(shù)是1.06×103 dm3 mol-1s-1。在C4、C5和C8位形成的加合物自由基中,C8位加合物自由基的能量最低,也最穩(wěn)定。2、CO3·-主要在2’-dGuo的脫氧核糖部分發(fā)生奪氫反應(yīng)。CO3·-從脫氧核糖部分的C5到位奪取氫原子是最有利的,其速率常數(shù)是1.11×105 dm3 mol.1s-1,其次是C3’位,對應(yīng)的速率常數(shù)是1.90×103 dm3 mol-1s-1。CO3·-很難奪取堿基部分上的氫,速率常數(shù)在1.36×10-9...

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．１?２＾ｄＧｕｏ的優(yōu)化結(jié)構(gòu)及原子編號（鍵長：Ａ）??－

化值。ＡＧｓ（，ｈ是在ＳＭＤ溶劑模型下及Ｍ０５－２Ｘ／６－??３１Ｇ（ｄ）＿水平下計(jì)算得到的溶劑化自由能值。??各反應(yīng)路徑的能壘（ＡＧ＃）是過渡態(tài)與反應(yīng)物的吉布斯自由能（＆。｜）的差值，反應(yīng)吉??布斯自由能（ＡＧ）是產(chǎn)物與反應(yīng)物的Ｇｍ的差值。利用傳統(tǒng)的過渡態(tài)理論（ＴＳＴ）［２ａ?....

圖３．２加成反應(yīng)（ＲＡ１至ＲＡ３）的過渡態(tài)和加合物自由基的優(yōu)化構(gòu)型及相應(yīng)過渡態(tài)的??虛頻（ｃｍ＿ｌ）（鍵長：Ａ：鍵角：°）??１９??

ｄＧｕｏＣ４６ＴＳ等等）和加合物自由基（ｄＧｕｏＣ４ａ．，ｄＧｕｏＣ？等等）的優(yōu)化構(gòu)型如圖３．２所??示。對于加成路徑ＲＡ１和ＲＡ２，ＣＯ，位于２＇－ｄＧｕｏ的鳥嘌呤環(huán)的丨：方，過渡態(tài)??（ｄＧｕｏＣ４ａＴＳ?至?ｄＧｕｏＣ５６ＴＳ）和加合物自由基（ｄＧｕｏＣ４ａ？至（＾１１〇０....

圖４．１?Ｃ〇３？—與２ｆ－ｄＧｕｏ之間的十一條ＨＴ反應(yīng)路徑（ＲＨｌ？ＲＨ８）??Ｃ〇３？從１－ｄＧｕｏ的堿基部分和脫氧核糖部分奪取氫原了的各反應(yīng)路徑丨：反應(yīng)物??復(fù)合物（ＲＣ）、過渡態(tài)（ＴＳ）和產(chǎn)物復(fù)合物（ＰＣ）的優(yōu)化構(gòu)型如圖４．２和圖４＿３所示

么?ｂｃ°?＾Ｈ？?＾Ｔｍ?ｈ－?ｎ４?ｎ?５＇?ｏｈ?？０?Ｋｌｌ？＊?；?ｈＡ－?＂４Ｈｃ??ＨｒｉＨ?ｎ禮’ｂ?。?ＣＨｉ??ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｎ１－?〇?丨藝＇?＾?°Ｈ?＇＜＂〇?°?ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｃ２＂??Ｈ?Ｎ［ｋ＾?／Ｒｌ，８＜，?Ｋｌ，７?ｈ＼Ｊ．??”眾?Ｈ？....

圖４．２?Ｃ〇３？－Ｗ７－ｄＧｕｏ的堿基部分奪取氫原子的各反應(yīng)路徑上（ＲＨ１？ＲＨ３）反應(yīng)物復(fù)合??物（ＲＣ）、過渡態(tài)（ＴＳ）和產(chǎn)物復(fù)合物（ＰＣ）的優(yōu)化構(gòu)型

??ｊ９?＃？?＾?ｓ?７?ｊ＃?Ｊ?＾?Ｊ?〇?＃?＃?－４－?＾??為鷲…Ｊ』寧…氣：。身??ｄＧｕｏ（－Ｈ）ＩＮ２ｒｔＲＣ?ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｎ２ａＴＳ?（－１３３６）?ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｎ２ａＰＣ??象，嘴兮??■ｓ?？?＾??ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｎ２６ＲＣ?ｄＧｕｏ（－Ｈ）Ｎ２....

本文編號：3949307