主要組織相容性復合物(MHC)在脊椎動物的免疫系統(tǒng)中起著重要的作用,MHC-DOA基因是MHCⅡ類的非經(jīng)典基因,其外顯子2多態(tài)性豐富。豚鹿Axis porcinus是我國極度瀕危的動物。本研究以成都動物園圈養(yǎng)的38頭豚鹿為研究對象,提取豚鹿血液總RNA,反轉(zhuǎn)錄合成cDNA為模板,利用PCR方法克隆到豚鹿MHC-DOA序列;同時利用PCR方法擴增38頭豚鹿的MHC-DOA基因外顯子2基因并測序,再進行多態(tài)性分析。結(jié)果顯示:豚鹿MHC-DOA基因開放閱讀框長753 bp,編碼250個氨基酸殘基;蛋白質(zhì)同源性分析表明,豚鹿MHC-DOA基因與東歐馬鹿Cervus elaphus hippelaphus的同源性最高(98.4%);38頭豚鹿的MHC-DOA外顯子2共有10種單倍型,整體遺傳多樣性水平中等;MHC-DOA外顯子2部分序列中發(fā)生了核苷酸的缺失和插入,進而引起DOA蛋白序列發(fā)生改變。豚鹿MHC-DOA多態(tài)性的研究對豚鹿種群遺傳結(jié)構(gòu)調(diào)查、遺傳資源的保護具有重要意義。

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圖3豚鹿MHC-DOA外顯子2的多態(tài)性

圖2不同物種MHC-DOA蛋白進化樹分析2.5豚鹿MHC-DOA基因外顯子2序列多樣性與致病性分析

圖1豚鹿與其他物種MHC-DOA蛋白序列的比對

對MHC-DOA基因進行擴增,電泳檢測在750bp左右有明顯條帶,與預(yù)期大小一致。結(jié)果表明,豚鹿的MHC-DOA基因有2種單倍型,一種單倍型在295bp發(fā)生了堿基的改變。MHC-DOA基因長度為753bp,編碼250個氨基酸殘基(GenBank登錄號:MN125544)。豚....

圖2不同物種MHC-DOA蛋白進化樹分析

38頭豚鹿MHC-DOA基因外顯子2測序結(jié)果顯示,豚鹿MHC-DOA外顯子2全長221bp,其中,T為24.9%,C為25.3%,A為21.3%,G為28.5%。共有10種等位基因,其中,DOA1等6個克隆為c.306C>G,DOA4和DOA43為c.295T>A,DOA2....

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