發(fā)布時(shí)間：2024-02-22 03:43

　　從基因組學(xué)到蛋白質(zhì)組學(xué),人們對(duì)于生命的理解不斷深入。許多生命活動(dòng)由蛋白質(zhì)間的相互作用來(lái)完成,其中多肽介導(dǎo)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是其中的重要組成部分,在細(xì)胞中普遍存在并且影響著生理健康。復(fù)合物的結(jié)構(gòu)決定了它的功能,為了研究蛋白質(zhì)-多肽相互作用的機(jī)制,有必要先了解其結(jié)構(gòu)。然而,由于多肽介導(dǎo)的特性及實(shí)驗(yàn)技術(shù)上的局限性,目前只有很少的蛋白質(zhì)-多肽實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)。因此,在這一領(lǐng)域發(fā)展了許多的計(jì)算方法來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)-多肽復(fù)合物結(jié)構(gòu),其中分子對(duì)接是基于結(jié)構(gòu)的方法中最有效的計(jì)算工具之一。分子對(duì)接方法在設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)多肽類(lèi)藥物方面也發(fā)揮著關(guān)鍵作用。蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接方法的挑戰(zhàn)之一是多肽的柔性,現(xiàn)有的對(duì)接方法對(duì)這個(gè)問(wèn)題的處理都比較耗時(shí)。本文采用集合對(duì)接來(lái)考慮多肽柔性,開(kāi)發(fā)了一種分層式的多肽柔性對(duì)接算法HPepDock,將多肽結(jié)構(gòu)快速生成程序MODPEP產(chǎn)生的1000個(gè)多肽結(jié)構(gòu)剛性對(duì)接到結(jié)合位點(diǎn)上。我們修改了蛋白質(zhì)-配體對(duì)接方法MDock,用于搜索多肽的結(jié)合構(gòu)象,并使用基于知識(shí)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)迭代打分函數(shù)ITScore-PP評(píng)估采樣到的多肽構(gòu)象。在LEADS-PEP數(shù)據(jù)集上的53種復(fù)合物測(cè)試結(jié)果顯示,HPepDock算...

【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖3-1MODPEP程序從多肽序列（Sequence）出發(fā)產(chǎn)生結(jié)構(gòu)（Structure）示意圖

隱馬爾可夫模型衍生的結(jié)構(gòu)字母表形式的局部構(gòu)象，的貪心算法程序來(lái)組裝預(yù)測(cè)的片段。PEP-FOLD有網(wǎng)頁(yè)到PEP-FOLD3[87]，PEP-FOLD3不僅可預(yù)測(cè)氨基酸長(zhǎng)度預(yù)測(cè)出近天然態(tài)的蛋白質(zhì)-多肽復(fù)合物。PEP-FOLD3可預(yù)測(cè)出結(jié)構(gòu)。模算法MODPEP的分層式的蛋白質(zhì)....

圖3-2MODPEP建立的三個(gè)庫(kù)，a:單字母庫(kù)；b:苯丙氨酸雙字母旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫(kù)；c:16個(gè)氨基酸長(zhǎng)度的螺旋片段庫(kù)[68]

華中科技大學(xué)碩士學(xué)位論文到了2731個(gè)非冗余多肽結(jié)構(gòu)。隨機(jī)選擇約三分之二（1821）個(gè)結(jié)構(gòu)作為訓(xùn)練集來(lái)構(gòu)建旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫(kù)和螺旋片段庫(kù)。剩余的910個(gè)結(jié)構(gòu)作為測(cè)試集以驗(yàn)ODPEP算法。MODPEP算法在構(gòu)建多肽結(jié)構(gòu)時(shí)，需要用到兩個(gè)骨架獨(dú)立的旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體....

圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對(duì)接，考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性，

圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對(duì)接，考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性，圖片來(lái)源：ATutorialofMDock。圖3-4多肽的粗�；Ｐ停�1ELW復(fù)合物D鏈），每個(gè)殘基由兩個(gè)偽原子表示。

圖3-4多肽的粗粒化模型（1ELW復(fù)合物D鏈），每個(gè)殘基由兩個(gè)偽原子表示

18圖3-4多肽的粗�；Ｐ停�1ELW復(fù)合物D鏈），每個(gè)殘基由兩個(gè)偽原子表示。.2基于知識(shí)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)迭代打分函數(shù)ITScore-PP蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用對(duì)于生命活動(dòng)至關(guān)重要。隨著蛋白質(zhì)組學(xué)的快速發(fā)

本文編號(hào)：3906339