發(fā)布時(shí)間：2024-02-15 19:02

　　目的:將高通量靶向測(cè)序運(yùn)用于實(shí)驗(yàn)動(dòng)物DNA單核苷酸多態(tài)性檢測(cè),為監(jiān)測(cè)大鼠遺傳質(zhì)量與品系鑒定提供一種新的方法。方法:利用多重PCR技術(shù),以不同品系大鼠為研究對(duì)象,選取了21條染色體上的90個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn),構(gòu)建擴(kuò)增子文庫(kù),并通過(guò)二代測(cè)序儀進(jìn)行高通量測(cè)序,以生物信息學(xué)手段分析SNP位點(diǎn)狀態(tài)。結(jié)果:對(duì)SHR、WKY、GK、F344共4個(gè)近交系及SD封閉群大鼠進(jìn)行SNP分型,不僅能夠檢測(cè)出近交系大鼠純合子的情況,還能很好的區(qū)分出不同品系的大鼠。結(jié)論:本實(shí)驗(yàn)建立了一條高通量測(cè)序管道,實(shí)現(xiàn)了常見(jiàn)近交系大鼠快速、高通量的基因分型,可用于遺傳質(zhì)量檢測(cè)和品系鑒定。

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【部分圖文】：

圖1所選取SNP位點(diǎn)在大鼠基因組上的分布

DNA提取采用TianGEN（天根生化科技有限公司）組織基因組抽提試劑盒，操作步驟依說(shuō)明書進(jìn)行。吸取1mL抽提好的DNA，在0.8%瓊脂糖凝膠電泳中檢測(cè)其濃度，然后將所有的DNA樣本標(biāo)化到濃度為30ng/mL,-20℃儲(chǔ)存?zhèn)溆谩?.5引物設(shè)計(jì)

圖2兩步法Hi-SNP建庫(kù)流程

所有的測(cè)序數(shù)據(jù)用FASTX-Toolkit[8]根據(jù)每一條序列的索引序列分配到不同的樣本中，再將索引序列和接頭序列用Cutadapt[9]軟件去除。所得到的干凈序列使用bwa[10]軟件和參考基因組比對(duì)得到sam格式的文件。所得的sam格式文件通過(guò)samtools[11]軟件得到....

圖3測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程

圖2兩步法Hi-SNP建庫(kù)流程2結(jié)果與討論

圖4大鼠擴(kuò)增子測(cè)序深度

隨后，每個(gè)擴(kuò)增子深度對(duì)平均深度進(jìn)行了歸一化，如此則可直接觀察到平均測(cè)序深度對(duì)每個(gè)擴(kuò)增子的影響，即可評(píng)價(jià)總體均一度。從圖5可以看出，大部分的數(shù)據(jù)分布于平均深度的10倍范圍以內(nèi)，有較高的總體均一度，從而使總體測(cè)序量得以降低。圖5擴(kuò)增子相對(duì)深度累計(jì)曲線

本文編號(hào)：3900191