枇杷(Eriobotrya japonica)在坐果前后,小果花萼由開放狀態(tài)轉(zhuǎn)為閉合狀態(tài)。為獲得這一過程中促進(jìn)果實(shí)發(fā)育膨大的相關(guān)基因,本研究以‘火炬’、‘田中’和‘白玉’開萼和閉萼的果實(shí)為試驗(yàn)材料,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析。共獲取40 Gb測序數(shù)據(jù),每個(gè)樣本的數(shù)據(jù)量在6.67～6.88 Gb之間,平均為6.75 Gb。對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行重頭拼接后獲得37 129個(gè)Unigene。分離鑒定到了518個(gè)共性差異表達(dá)基因。根據(jù)注釋信息篩選出16個(gè)基因可能與枇杷開閉萼前后促進(jìn)果實(shí)發(fā)育有關(guān)。其中包括6大類:WOX基因、赤霉素相關(guān)基因、生長素結(jié)合蛋白相關(guān)基因、擴(kuò)張蛋白基因、脫落酸相關(guān)基因和乙烯相關(guān)基因。前4類與細(xì)胞分裂和增大直接相關(guān),在坐果后發(fā)生顯著上調(diào)表達(dá)。后2類中脫落酸和乙烯均與落果有關(guān),在授粉后,這些基因被顯著抑制。每個(gè)大類選擇1～2個(gè)基因進(jìn)行熒光定量驗(yàn)證,結(jié)果顯示這些基因的熒光定量結(jié)果和轉(zhuǎn)錄組的FPKM值趨勢吻合。該研究為枇杷坐果提供重要的分子理論指導(dǎo),相關(guān)的差異基因的挖掘有助于枇杷坐果的分子機(jī)制解析。

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【部分圖文】：

圖1六個(gè)樣品聚類分析

使用Tophat軟件計(jì)算每個(gè)Unigene的FPKM值并分離差異基因。‘田中’的開萼閉萼果樣本間比較后(圖2A)，上調(diào)基因有692個(gè)，下調(diào)基因有1814個(gè)。‘火炬’的上調(diào)基因有1256個(gè)，下調(diào)基因有1185個(gè)�！子瘛纳险{(diào)基因有410個(gè)，下調(diào)基因有2309個(gè)。韋恩圖顯示....

圖2差異表達(dá)基因分析

根據(jù)上述16個(gè)基因的分類情況，每個(gè)大類選擇1到2個(gè)基因，共計(jì)8個(gè)基因進(jìn)行熒光定量PCR，例如CL4198Contig1(WOX基因)，CL30077Contig1(脫落酸8"-羥化酶)等(圖3)。結(jié)果顯示無論是上調(diào)還是下調(diào)基因，F(xiàn)PKM值和QPCR計(jì)算出的表達(dá)量的趨勢一致，說....

圖38個(gè)基因的qPCR驗(yàn)證

使用Trinity對CleanReads進(jìn)行序列組裝，最終獲得目的枇杷的轉(zhuǎn)錄本文庫。使用Tophat對轉(zhuǎn)錄本中Unigene的表達(dá)量進(jìn)行計(jì)算，得到FPKM(Fragmentsperkilobaseoftranscriptpermillionfragmentsm....

圖4枇杷開萼閉萼果實(shí)樣品

使用熒光定量檢測候選基因在6個(gè)樣本中的相對表達(dá)量，每個(gè)樣本含有3次生物學(xué)重復(fù)，共計(jì)18個(gè)樣品。各取1μg總RNA，使用TaKaRa公司的PrimeScriptTMRTreagentKitwithgDNAEraser(RR047Q)進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄成cDNA。然后使用TB....

本文編號：3896754