目的:利用生物信息學(xué)對卵巢漿液性癌的差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選及分析,探索漿液性卵巢癌的潛在治療靶點。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載卵巢癌數(shù)據(jù)集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R篩選差異表達(dá)基因,DAVID數(shù)據(jù)庫進(jìn)行GO及KEGG富集分析,String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò),同時利用Cytoscape獲取關(guān)鍵基因,GEPIA數(shù)據(jù)庫分析關(guān)鍵基因的表達(dá)情況,UCSC Xena對關(guān)鍵基因進(jìn)行分層聚類分析,并通過cBioPortal分析關(guān)鍵基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果:篩選獲得114個差異表達(dá)基因,包括41個下調(diào)基因及73個上調(diào)基因。主要涉及調(diào)整細(xì)胞周期、有絲分裂、染色體分離等細(xì)胞學(xué)過程,富集于細(xì)胞周期、p53信號通路、細(xì)胞衰老等信號通路。從差異表達(dá)基因篩選出49個關(guān)鍵基因,在卵巢癌中均呈高表達(dá),其中21個基因的表達(dá)與卵巢癌分期相關(guān),BIRC5基因的表達(dá)與卵巢癌患者的總生存期相關(guān)。結(jié)論:利用生物信息學(xué)對卵巢漿液性癌差異表達(dá)基因功能及信號通路的相關(guān)研究,為改善卵巢漿液性癌的預(yù)后提供了治療靶點。

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圖4關(guān)鍵基因在卵巢癌Ⅱ-Ⅳ期中的表達(dá)情況

圖3BIRC5在卵巢癌中的表達(dá)情況及總體生存期曲線圖5關(guān)鍵基因分層聚類分析

圖5關(guān)鍵基因分層聚類分析

圖4關(guān)鍵基因在卵巢癌Ⅱ-Ⅳ期中的表達(dá)情況本研究尚有局限性,所選取的數(shù)據(jù)集樣本僅對是否為腫瘤組織進(jìn)行區(qū)分,未對腫瘤分期做進(jìn)一步分類,同時BIRC5的表達(dá)情況對卵巢癌或輸卵管癌患者OS的影響有待于組織學(xué)驗證。因此對OC患者不同分期的基因功能分析及OC中BIRC5功能的組織學(xué)驗證是下....

圖1PPI網(wǎng)絡(luò)、關(guān)鍵基因及其共表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò)

在本研究中我們從GEO數(shù)據(jù)庫篩選得到GSE10971,GSE54388,GSE14407三個數(shù)據(jù)集,組織樣本類型為漿液性卵巢癌或輸卵管癌對比正常卵巢或輸卵管。通過GEO2R分析數(shù)據(jù)集,根據(jù)篩選標(biāo)準(zhǔn)得到114個DEGs。GO功能富集分析顯示,BP主要集中在細(xì)胞周期負(fù)調(diào)節(jié)、有絲分裂、....

圖2關(guān)鍵基因在卵巢癌中表達(dá)比較

表2卵巢癌樣本DEGsKEGG通路富集分析Tab.2KEGGpathwayenrichmentanalysisofDEGsinovariancancersamplesTermDescriptionObservedgenecountPhsa04....

本文編號：3893340