重復序列是植物基因組的主要組成部分,在基因組結構變異中起著重要作用。利用NCBI數(shù)據庫中459種植物的基因組,對全部基因組基于最新的DFAM和repbase數(shù)據庫重新注釋了串聯(lián)重復序列和轉座子(Transposable Element,TE),并發(fā)布了植物重復序列的新數(shù)據庫:PlantRep。通過植物系統(tǒng)演化的基因組重復序列的比較,揭示了不同植物類群中存在重復序列對基因組的貢獻的異同。通過對重復序列亞家族的深入比較,發(fā)現(xiàn)在植物演化的類群中存在從低等植物向高等植物遞增的分布和只存在于部分物種的特異分布。比較不同植物類群重復序列拷貝的核苷酸序列,發(fā)現(xiàn)了植物不同類群之間核苷酸分歧率存在差異。結合基因注釋,研究了在基因不同區(qū)域重復序列的分布頻率。PlantRep揭示了不同植物類群重復序列的分布特征,并為植物重復序列的比較基因組研究提供了數(shù)據基礎。

【文章頁數(shù)】：96 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
主要符號對照表
第一章 緒論
    1.1 重復序列概述
    1.2 植物基因組進化研究的基礎
    1.3 重復序列進化假說
        1.3.1 基因組大小的進化
        1.3.2 基因組和重復序列之間的關系
    1.4 重復序列進化速率的研究
    1.5 重復序列與基因關系的研究
    1.6 重復序列的系統(tǒng)演化
        1.6.1 重復序列演化研究現(xiàn)狀
        1.6.2 植物重復序列進化的研究現(xiàn)狀
    1.7 本研究的目的和意義
第二章 材料和方法
    2.1 基因數(shù)據、基因組數(shù)據和數(shù)據庫
    2.2 植物分類
    2.3 重復序列家族基本特征的統(tǒng)計
    2.4 重復序列超家族的存在和缺失
    2.5 重復序列家族的分歧率計算
    2.6 LTR插入時間的計算
        2.6.1 Intact LTR的篩選
        2.6.2 插入時間的計算
    2.7 基因內部及其側翼的重復序列分析
第三章 結果
    3.1 重復序列家族基本特征的統(tǒng)計
        3.1.1 基因組中重復序列的總比例
        3.1.2 重復序列對不同植物群基因組的相對貢獻
        3.1.3 LTR
        3.1.4 TIR
        3.1.5 LINE和 SINE
        3.1.6 簡單重復序列
        3.1.7 Rolling Circle
    3.2 重復序列亞家族的存在和缺失
        3.2.1 LTR
        3.2.2 DNA轉座子
        3.2.3 LINE
        3.2.4 水平轉移
    3.3 重復序列在不同類群中的擴增及多樣化演化
        3.3.1 LTR的核苷酸差異
        3.3.2 植物LTR爆發(fā)時間
        3.3.3 LINE與 SINE的核苷酸差異
        3.3.4 TIR的核苷酸差異
    3.4 基因內部和其側翼的重復序列分析
        3.4.1 LTR
        3.4.2 LINE
        3.4.3 SINE
        3.4.4 DNA轉座子
        3.4.5 簡單重復序列
第四章 討論
第五章 結論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷



本文編號：3860720