利用生物信息學方法,對西瓜(Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum.&Nakai) JmjC基因家族的成員進行鑒定,對該基因家族的染色體定位、基因結構、蛋白結構域、選擇壓力和酶活位點進行分析,并對該基因家族與其它物種的系統(tǒng)進化及共線性關系進行研究。結果顯示:西瓜全基因組含有17個JmjC候選基因,核苷酸序列長度為1209～5541 bp;這些基因均含有JmjC結構域,分別位于9條染色體上,歸屬8個亞族。系統(tǒng)進化、選擇壓力以及共線性分析結果表明,西瓜與黃瓜(Cucumis sativus L.)親緣關系較近,JmjC家族基因數(shù)量相同,其中14個成員呈現(xiàn)一對一的共線性關系;而西瓜與擬南芥(Arabidopsis thaliana (L.) Heynh)親緣關系較遠,但西瓜和擬南芥同一亞族中JmjC基因間Ka/Ks的比值均小于1,推測西瓜各個亞族成員的編碼蛋白功能與同一亞族的擬南芥成員功能極為相似。酶活位點分析結果表明西瓜JmjC基因家族中有10個成員具有潛在的組蛋白去甲基化酶活性。

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 西瓜Jmj C基因家族成員的鑒定和分析
    1.2 西瓜Jmj C基因家族的系統(tǒng)進化分析
    1.3 西瓜Jmj C基因家族的選擇壓力和共線性分析
    1.4 西瓜Jmj C基因家族的酶活關鍵位點分析及三級結構預測
2 結果與分析
    2.1 西瓜Jmj C基因家族成員鑒定和分析
    2.2 Jmj C基因家族成員的系統(tǒng)進化分析
    2.3 西瓜和黃瓜、擬南芥Jmj C基因共線性分析
    2.4 西瓜Jmj C基因家族各亞族成員的選擇壓力分析
    2.5 西瓜Jmj C基因家族的關鍵酶活位點和三級結構預測
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