跨膜蛋白質(zhì)在細(xì)胞生命活動中扮演著至關(guān)重要的角色,它可以作為通道連接細(xì)胞內(nèi)外進(jìn)行物質(zhì)運(yùn)輸,也可以作為受體進(jìn)行信號識別,還可以作為藥物靶標(biāo)參與藥物反應(yīng)。研究跨膜蛋白質(zhì)功能有助于加深對于生物體生命活動的理解,而蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能之間存在密不可分的關(guān)系,因此解析蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)就可以在很大程度上幫助進(jìn)一步了解跨膜蛋白質(zhì)在生命活動中起到的作用。目前解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的主要手段仍然是單晶體X射線衍射技術(shù)。使用X射線衍射法,首先是要對待研究的蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)晶實(shí)驗,但是此實(shí)驗不僅需要昂貴的試劑,而且需要不斷的優(yōu)化實(shí)驗條件以獲取高質(zhì)量的晶體。此外,研究表明并不是所有的蛋白質(zhì)都能形成晶體,而對于結(jié)構(gòu)特殊的跨膜蛋白質(zhì),獲得其結(jié)晶的難度更大。為了最大程度地減少實(shí)驗的消耗和有效地提高實(shí)驗效率,目前已經(jīng)開發(fā)了一系列可用于蛋白質(zhì)結(jié)晶傾向性預(yù)測的工具,但是專門用來預(yù)測跨膜蛋白質(zhì)結(jié)晶傾向性工具數(shù)量十分有限,且準(zhǔn)確性不高。為了解決這一個問題,本論文中我們提出了新的預(yù)測跨膜蛋白質(zhì)結(jié)晶傾向性的預(yù)測方法,并通過特征的優(yōu)化進(jìn)一步提高了工具的性能。我們首先參考了已有的蛋白質(zhì)結(jié)晶預(yù)測工作所使用的特征,對跨膜蛋白質(zhì)的生物學(xué)特征進(jìn)行量化,包括氨...

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 研究背景
        1.2.1 跨膜蛋白質(zhì)簡介
        1.2.2 跨膜蛋白質(zhì)結(jié)晶方法概述
        1.2.3 機(jī)器學(xué)習(xí)簡介
        1.2.4 不平衡數(shù)據(jù)處理方法概述
        1.2.5 蛋白質(zhì)序列特征簡介
        1.2.6 特征選擇方法概述
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.4 本文研究主要內(nèi)容及創(chuàng)新點(diǎn)
    1.5 論文的結(jié)構(gòu)
第二章 基于蛋白質(zhì)序列特征的跨膜蛋白質(zhì)結(jié)晶傾向性預(yù)測方法
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 數(shù)據(jù)收集
        2.2.2 序列特征量化
        2.2.3 特征值歸一化
        2.2.4 特征選擇
        2.2.5 預(yù)測模型構(gòu)建
        2.2.6 模型評價指標(biāo)
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 特征重要性評估
        2.3.2 分類算法的選擇
        2.3.3 與其他方法的比較
    2.4 本章小結(jié)
第三章 基于相對溶劑可及表面積的跨膜蛋白質(zhì)結(jié)晶傾向性預(yù)測方法
    3.1 引言
    3.2 特征工程
        3.2.1 相對溶劑可及表面積等特征的編碼
        3.2.2 特征選擇
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 特征重要性分析
        3.3.2 不同機(jī)器學(xué)習(xí)算法的比較
        3.3.3 與其他相關(guān)方法的比較
    3.4 本章小結(jié)
結(jié)論
    1 本文總結(jié)
    2 未來工作展望
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號：3807622