【目的】考察秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)基因組編碼區(qū)(Coding sequences,CDSs)的堿基使用特點(diǎn),并提煉出能夠區(qū)分CDSs與非編碼區(qū)的堿基成分偏移特征參數(shù)�！痉椒ā吭谘芯繅A基成分偏移特性基礎(chǔ)上,定義一個(gè)新的參數(shù)d,探索d值的分布規(guī)律;采用從秀麗隱桿線蟲基因組6類不同的DNA序列中隨機(jī)抽樣的方式,分析并驗(yàn)證該指標(biāo)作為基因組CDSs特征參數(shù)的可行性。【結(jié)果】參數(shù)d經(jīng)過線性變換后近似服從對(duì)數(shù)正態(tài)分布;抽樣分析顯示分別有81.6%的CDSs、70.7%的外顯子、21.8%的內(nèi)含子、4.7%的隨機(jī)序列、17.8%的5′非翻譯區(qū)和31.4%的3′非翻譯區(qū)落在d值變換后的特征取值區(qū)間內(nèi),即被預(yù)測(cè)為基因組CDSs�！窘Y(jié)論】堿基成分偏移指數(shù)d可以作為表征基因組編碼區(qū)的特征參數(shù),它的特定取值區(qū)間能很好地區(qū)分CDSs(或開放閱讀框及它的子片段)和其他非編碼區(qū)。

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)和問題的定義
        1.1.1 秀麗隱桿線蟲全基因組序列數(shù)據(jù)的獲取
        1.1.2 秀麗隱桿線蟲基因組CDSs的數(shù)學(xué)特征參數(shù)d
    1.2 用于特征參數(shù)d估算的C語言程序設(shè)計(jì)
    1.3 基因組序列編碼區(qū)的統(tǒng)計(jì)分析
    1.4 參數(shù)d的檢驗(yàn)與CDSs預(yù)測(cè)效果的評(píng)價(jià)
2 結(jié)果
    2.1 秀麗隱桿線蟲基因組中密碼子的使用和組成
    2.2 秀麗隱桿線蟲基因組的參數(shù)D和d值的分布規(guī)律
    2.3 基于d值的CDSs的預(yù)測(cè)驗(yàn)證
3 討論



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