序列相似性分析是生物信息學(xué)中的一個重要研究內(nèi)容。近些年來,數(shù)據(jù)庫中生物序列的數(shù)量增長迅速,如何存儲、解讀、提取這些序列中的有用信息,就變得尤為重要。一般的序列分析方法有兩類,傳統(tǒng)的比對分析方法存在很多問題:占用內(nèi)存、耗費時間,難以處理大規(guī)模的數(shù)據(jù);對于突變率高,元素重組頻繁,和發(fā)生水平基因轉(zhuǎn)移、基因復(fù)制與基因缺失的序列來說準確率較低;多序列比對的精確計算是一個NP-hard難題,多元序列比對的方法不能統(tǒng)一等。為了解決這些問題,近三十年來,一些非比對分析法被大量提出。與DNA序列相比蛋白質(zhì)序列更為復(fù)雜,因此,關(guān)于蛋白質(zhì)序列的非比對分析方法相對較少。本文的研究方向為蛋白質(zhì)序列的非比對分析,基于氨基酸的物理化學(xué)性質(zhì)提出了兩種不同的分析蛋白質(zhì)序列的新方法:1、根據(jù)20種氨基酸的疏水性、極性、側(cè)鏈的化學(xué)組成、等電點、平均質(zhì)量和范德華體積等六個典型的物理化學(xué)性質(zhì)將氨基酸分類,并用十七種符號重新定義,基于分類后的氨基酸的頻率、平均位置和位置方差,定義了一個51維的數(shù)值向量來刻畫蛋白質(zhì)序列。在此基礎(chǔ)上,選用向量之間的標準化歐式距離來計算蛋白質(zhì)序列之間的相似性距離,進一步對蛋白質(zhì)序列進行判別分析和系統(tǒng)進... 

【文章頁數(shù)】：49 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景及意義
    1.2 研究現(xiàn)狀
        1.2.1 非比對分析法
        1.2.2 蛋白質(zhì)序列非比對分析方法
    1.3 本文的主要工作及結(jié)構(gòu)安排
第二章 基于氨基酸物化性質(zhì)的蛋白質(zhì)序列非比對分析法及應(yīng)用
    2.1 引言
    2.2 基于氨基酸物化性質(zhì)的蛋白質(zhì)序列分析
        2.2.1 蛋白質(zhì)序列特征
        2.2.2 蛋白質(zhì)序列的數(shù)值向量
        2.2.3 序列間的距離計算
        2.2.4 相似性評價方法
    2.3 方法應(yīng)用
        2.3.1 判別分析
        2.3.2 系統(tǒng)進化分析
    2.4 本章小結(jié)
第三章 蛋白質(zhì)序列的2D非簡并圖形表示及其應(yīng)用
    3.1 引言
    3.2 基于氨基酸物化性質(zhì)的蛋白質(zhì)序列圖形表示
        3.2.1 蛋白質(zhì)序列的2D非簡并圖形表示
        3.2.2 相似性分析
    3.3 方法應(yīng)用
    3.4 本章小結(jié)
第四章 結(jié)論與討論
參考文獻
致謝
個人簡歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)序列分析模型[J]. 劉瓏龍,馬蒙,劉毛娟.  中國海洋大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2016(07)

博士論文
[1]DNA序列比較中非比對方法的研究及應(yīng)用[D]. 錢琨.山東大學(xué) 2018
[2]生物序列的分析方法及其進化模型研究[D]. 解小莉.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2012

碩士論文
[1]生物序列比較算法的研究[D]. 郭曉冬.杭州電子科技大學(xué) 2012



本文編號：3726602