隨著DNA測序技術(shù)的發(fā)展,生物信息學(xué)的基因測序數(shù)據(jù)呈現(xiàn)出了爆炸式的增長趨勢,隨著研究人員對生物基因信息研究的逐漸加深,隨之出現(xiàn)了大量的基因組測序數(shù)據(jù)。大量的基因組測序數(shù)據(jù)為生物信息的研究提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ),但是后續(xù)的分析和處理上仍然存在挑戰(zhàn)。對于沒有經(jīng)驗(yàn)、沒有足夠生物信息學(xué)技能的用戶來說,通過讀數(shù)分析使測序數(shù)據(jù)合理地用于微生物鑒定,尤其是細(xì)菌鑒定,仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。而在過去的幾十年里,真菌導(dǎo)致的病害引起了廣泛關(guān)注。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,對真菌測序分析成為了真菌研究的一個(gè)新的方向,但是隨著真菌數(shù)據(jù)的逐漸增多,現(xiàn)在缺乏充足功能的分析工作流。尤其是基于真菌的染色體基因組的鑒定和注釋。正如人們所知的那樣,歷史上的許多病毒都導(dǎo)致了大量的普通人感染和許多感染者的死亡。除了這些會(huì)對人類產(chǎn)生巨大危害的病毒外,許多癥狀輕微的病毒也需要得到人類的關(guān)注。并且隨著時(shí)間推移,病毒往往在不斷的變異。在現(xiàn)在人類對于病毒的研究還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠,甚至病毒的完整基因組測序數(shù)據(jù)仍然很少,所以對病毒的鑒定和分析仍存在挑戰(zhàn)。為了改善應(yīng)用微生物基因組信息受阻于有效分析結(jié)果的生物信息學(xué)挑戰(zhàn)的局面,本文開發(fā)了一種名為PBGI的自動(dòng)化生物信息學(xué)分析... 

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 課題背景及研究的目的和意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 國外研究現(xiàn)狀
        1.2.2 國內(nèi)研究現(xiàn)狀
        1.2.3 國內(nèi)外的一些測序數(shù)據(jù)處理工具
    1.3 本文的主要研究內(nèi)容
        1.3.1 基于第二代測序技術(shù)和第三代測序技術(shù)的細(xì)菌種類鑒別和功能注釋
        1.3.2 基于第二代測序技術(shù)和第三代測序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
        1.3.3 基于第二代測序技術(shù)和第三代測序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
    1.4 章節(jié)安排
第2章 基于第二代測序技術(shù)和第三代測序技術(shù)的細(xì)菌種類鑒別和功能注釋
    2.1 引言
    2.2 序列預(yù)處理
    2.3 重測序分析
    2.4 從頭測序分析
    2.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.5.1 利用短讀長的細(xì)菌基因組進(jìn)行評(píng)估
        2.5.2 利用長讀長的細(xì)菌基因組進(jìn)行評(píng)估
        2.5.3 使用測序梭菌菌株進(jìn)行評(píng)估
    2.6 本章小結(jié)
第3章 基于第二代測序技術(shù)和第三代測序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
    3.1 引言
    3.2 序列預(yù)處理
    3.3 參考基因組鑒定
    3.4 基因注釋
    3.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.5.1 使用真菌短讀長序列測試
        3.5.2 使用長讀長真菌測序數(shù)據(jù)的測試
        3.5.3 參考基因組鑒定分析
    3.6 本章小結(jié)
第4章 基于深度學(xué)習(xí)的病毒種類鑒別和功能注釋
    4.1 引言
    4.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    4.3 輸入序列預(yù)處理
    4.4 病毒種類鑒定方法
    4.5 序列注釋功能
    4.6 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.6.1 利用短讀長的病毒基因組進(jìn)行評(píng)估
        4.6.2 利用長讀長的病毒基因組進(jìn)行評(píng)估
    4.7 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]3萬億美元:全球經(jīng)濟(jì)或?yàn)榧仔虷1N1流感買單[J]. 顧列銘.  觀察與思考. 2009(10)
[2]SARS影響國民經(jīng)濟(jì)的短期與長期分析[J]. 李正全.  經(jīng)濟(jì)科學(xué). 2003(03)



本文編號(hào)：3714553