多種雄性生殖性疾病和精子發(fā)生的過(guò)程息息相關(guān),探究精子發(fā)生的分子調(diào)控機(jī)理具有重要的研究?jī)r(jià)值。長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long noncoding RNA,lncRNA）是一類長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸的非編碼RNA,其表達(dá)在不同的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程以及組織、細(xì)胞類型中具有時(shí)空特異性。已有研究表明,一些lncRNA在睪丸組織中特異性表達(dá),預(yù)示其在精子發(fā)生過(guò)程中可能具有潛在的調(diào)控功能。然而,其中只有小部分lncRNA有功能上或者機(jī)制上的研究,尚缺乏針對(duì)其在精子發(fā)生過(guò)程中的系統(tǒng)性分析。近年來(lái)有研究發(fā)現(xiàn),lncRNA可作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA）參與基因的表達(dá)調(diào)控。其通過(guò)與miRNA結(jié)合,從而充當(dāng)miRNA的分子“海綿”,消除miRNA對(duì)相應(yīng)靶基因的抑制和降解效果,在細(xì)胞發(fā)育、分化和疾病等生物學(xué)現(xiàn)象中扮演重要的調(diào)控角色。然而,精子發(fā)生過(guò)程中特異性表達(dá)的lncRNA是否會(huì)作為ceRNA發(fā)揮調(diào)控作用尚不明確。因此,本研究基于小鼠精子發(fā)生過(guò)程中的RNA-seq數(shù)據(jù),構(gòu)建小鼠精子發(fā)生過(guò)程中的lncRNA作為ceRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),探索ceRNA網(wǎng)絡(luò)和精子發(fā)生轉(zhuǎn)錄調(diào)控的關(guān)系。1.基于RNA-seq數(shù)據(jù)分析小鼠精子發(fā)生... 

【文章頁(yè)數(shù)】：59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 精子發(fā)生過(guò)程簡(jiǎn)述
    1.2 小鼠精子發(fā)生過(guò)程中的關(guān)鍵基因
    1.3 精子發(fā)生過(guò)程中的非編碼RNA
        1.3.1 精子發(fā)生過(guò)程中的microRNA
        1.3.2 精子發(fā)生過(guò)程中的長(zhǎng)鏈非編碼RNA
    1.4 ceRNA研究現(xiàn)狀
    1.5 本論文的研究目的
第二章 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)的收集和整理
        2.1.1 小鼠參考基因組文件及注釋文件
        2.1.2 小鼠microRNA數(shù)據(jù)和注釋的獲取
        2.1.3 小鼠轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)的獲取
        2.1.4 小鼠精子發(fā)生過(guò)程中高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的收集與處理
        2.1.5 miRNA和基因間的相互作用
    2.2 方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)流程
        2.2.2 小鼠精子發(fā)生過(guò)程中的microRNA
        2.2.3 精子發(fā)生過(guò)程中的lncRNA和 mRNA
        2.2.4 篩選精子發(fā)生過(guò)程中的ceRNAs
第三章 結(jié)果
    3.1 精子發(fā)生過(guò)程中的miRNA與靶基因的相互作用
    3.2 RNA-seq數(shù)據(jù)的分析
    3.3 lncRNA作為ceRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        3.3.1 lncRNA-mRNA關(guān)系的魯棒性分析
        3.3.2 ceRNA網(wǎng)絡(luò)的優(yōu)化
    3.4 精子發(fā)生過(guò)程特異的ceRNA網(wǎng)絡(luò)
        3.4.1 階段特異表達(dá)的基因與精子發(fā)生的功能密切相關(guān)
        3.4.2 基于差異基因的ceRNA網(wǎng)絡(luò)
    3.5 ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析
        3.5.1 ceRNA網(wǎng)絡(luò)展示
        3.5.2 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的度
        3.5.3 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的轉(zhuǎn)錄因子
        3.5.4 ceRNA網(wǎng)絡(luò)與組織特異性
        3.5.5 ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析小結(jié)
    3.6 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的mRNA呈動(dòng)態(tài)表達(dá)
    3.7 高表達(dá)miRNA相關(guān)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)
    3.8 高置信度的ceRNA關(guān)系對(duì)篩選
        3.8.1 ceRNA關(guān)系對(duì)的Fisher精確檢驗(yàn)
        3.8.2 基于表達(dá)的ceRNA關(guān)系對(duì)打分
第四章 討論與結(jié)論
    4.1 討論
    4.2 結(jié)論
    4.3 主要特色
附錄
    附錄A 兩種情況下的富集分析結(jié)果
致謝
作者簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3714408