ATP（三磷酸腺苷）是一種不可或缺的物質(zhì),可以為細(xì)胞提供能量從而保證了各種生物生命活動(dòng)能夠有序地進(jìn)行。ATP與蛋白質(zhì)的相互作用就是通過ATP與蛋白質(zhì)上的ATP綁定位點(diǎn)結(jié)合實(shí)現(xiàn)的,蛋白質(zhì)就是利用ATP所提供的動(dòng)力去執(zhí)行各種生物功能。因此能夠準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)出蛋白質(zhì)-ATP綁定位點(diǎn)對(duì)我們研究蛋白質(zhì)的功能以及其他生物學(xué)領(lǐng)域都有著重大的意義。隨著計(jì)算機(jī)學(xué)科的不斷發(fā)展,深度學(xué)習(xí)逐漸走入人們的視線,并且成為了熱門的領(lǐng)域,很多復(fù)雜的問題,都可以通過深度學(xué)習(xí)的方法得到解決。原始數(shù)據(jù)中存在許多我們無法察覺但是又十分重要的聯(lián)系同時(shí)也會(huì)存在一些無用的信息,所以發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)中內(nèi)部關(guān)聯(lián),建立一種能夠緊湊表達(dá)原始數(shù)據(jù)的形式這也對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果有一定的提升。我們運(yùn)用卷積自編碼器來提取數(shù)據(jù)中的重要關(guān)聯(lián),對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行新的緊湊表達(dá)。卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)由于它的良好性能,很多位點(diǎn)的預(yù)測(cè)問題都采用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)來進(jìn)行預(yù)測(cè),在本文中我們采用融合多尺寸卷積核的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)作為我們的分類器。本文建立了一個(gè)由自編碼器和卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)成的深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)模型,這個(gè)預(yù)測(cè)模型在數(shù)據(jù)的輸入形式上采用了二維數(shù)據(jù)的格式,經(jīng)過這個(gè)深度學(xué)習(xí)的預(yù)測(cè)模型將會(huì)得到最終的類別標(biāo)簽。本文在... 

【文章來源】：東北師范大學(xué)吉林省211工程院校教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

氨基酸的結(jié)構(gòu)通式

綠色植物在進(jìn)行呼吸作用時(shí)可以提供能量使得ATP的合成能夠順進(jìn)行光合作用時(shí)，光能可以轉(zhuǎn)化成合成 ATP 所需的能量。P 的 化 學(xué) 式 為 ： O ， 它 的 結(jié) 構(gòu) 簡(jiǎn) 式（OH） （ H） ，從化學(xué)式中可以看出它是由五種化學(xué)元與細(xì)胞的生命活動(dòng)，例如捕獲、存儲(chǔ)以及釋放能量，并且在這些過程中的作用。ATP 與蛋白質(zhì)的相互作用[13]就是通過 ATP 與蛋白質(zhì)上的 ATP 現(xiàn)的，蛋白質(zhì)—ATP 發(fā)生水解作用時(shí)釋放化學(xué)能，蛋白質(zhì)就是利用這種動(dòng)力然后去執(zhí)行各種生物功能。因此可以知道，ATP 與蛋白質(zhì)殘基結(jié)合體中的各種活動(dòng)任務(wù)，所以對(duì)于蛋白質(zhì)-ATP 綁定位點(diǎn)的預(yù)測(cè)研究對(duì)于的功能就顯得十分重要。ATP 能夠?yàn)樾玛惔x提供能量，是這一生命活源提供者，因此 ATP 被稱為參與細(xì)胞能量代謝和生命活動(dòng)的“通用貨脂肪自身分解提供能量給人體的時(shí)候，都需要在 ATP 中儲(chǔ)存他們分解后再通過 ATP 高能磷酸鍵的水解釋放能量，然后再被人體所利用。AT如下圖所示：

他們提取蛋白質(zhì)序列的 PSSM 矩陣以及氨基酸的理化屬作為預(yù)測(cè)器進(jìn)行預(yù)測(cè)，這種方法取得了較好的結(jié)果。這個(gè)團(tuán)隊(duì)個(gè)叫做 ATPint[24]的預(yù)測(cè)平臺(tái)。KeChen 等又在 2011 年時(shí)提出te[25]，將預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確度又提升了一些。2013 年于東軍的實(shí)驗(yàn)te 平臺(tái)[26]，利用圖像思維以及新的預(yù)測(cè)方法，為研究該問題提出了不錯(cuò)的預(yù)測(cè)結(jié)果。圖 1-3 展示的就是蛋白質(zhì)—ATP 的結(jié)合狀

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碩士論文
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